首先，以《突发事件应对法》为核心的我国应对紧急状态的相关立法，需进一步明确限权范围、权利救济途径等内容，对公民权利保护予以更多的关注。在探讨比例原则的“三阶理论”时，无论是适当性、必要性还是狭义的比例原则都对手段与目的之间的联系给予了充分关注。政府一旦克减行为越界使公民权利遭受不必要的减损，公民将如何寻求司法保护也是紧急状态立法体系构建中应予以重点关注的问题。[28] 紧急状态中的公权力行使和权利保护活动并非独立进行的，无论是既存的、基于政府效能建立的公权运行规定，还是对于紧急状态下不可克减权利进行一次性列举的“清单式”规定，都在一定程度上忽视了应急措施与公民权利之间互为因果的关系。
其次，紧急状态下的立法体系结构设计不够周延，对于部分关键性问题的规定过于模糊。当前《突发事件应对法》在本次疫情中暴露出灵活性不足等缺陷，传统的科层制在应对紧急状态时的效率是有限的。该法囊括了自然灾害、事故灾难、公共卫生事件和社会安全事件这四类突发事件，但是并没有针对不同突发事件进行具体问题具体分析。由于四类突发事件本身的差异较大，制定统一的静态应急方案意义不大。而根据《传染病防治法》第3 条规定：“新型传染病暴发、流行情况和危害程度决定是否将其纳入传染病范畴里”[29]，也体现出我国用以应对紧急状态的部分法律制度存在一定的僵化。不够灵活的应急机制可能会造成危机发生时政府应对存在滞后的情况，紧急状态的启动、结束与延期的程序和条件等也均须法律予以明确。[30](www.xing528.com)
最后，紧急状态的立法体系呈现出一种松散的状态，各相关部门之间缺乏明确的职能划分。制度结构设计的缺陷将直接反映在各部门职能发挥的过程中，合理分工、有效衔接才能使各部门协同运作形成一个完整的工作系统。现行的《突发事件应对法》统率力不足，《破坏性地震应急条例》等专门性规定也无法补足应对紧急状态的相关法律规定的空白与模糊。法律制度的不完整将导致在实践中很难使国家克减行为被约束于必要限度之内，此种情形下公民权利保护是难以落到实处的。
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