随着拿破仑将西班牙王位纳入囊中，半岛战争正式爆发。在陆上，法国开始派出军队侵占西班牙国土；在海上，法国也开始加紧收编西班牙舰只为己用，然而不甘心被法国人奴役的西班牙海军将领们以自己的行动对抗着拿破仑的暴权。
在1808年法国入侵西班牙后，西班牙最后一艘在建的“圣-安娜”级战舰，“皇室家族”号被迫中断工程并被拆毁；已经有40多年舰龄的“圣-卡洛斯”号也被解除武装，沦为一艘废船；而在特拉法尔加之战中严重损坏的“圣-安娜”号因未能及时修复也无法使用；再加上之前早已处于报废状态的“墨西哥”号与“雷格拉伯爵”号，到半岛战争爆发时，西班牙只有“圣母无原罪”“玛利亚-路易莎王后”和“阿斯图里亚亲王”号这3艘一级战舰能够出海作战。然而，在法国人的封锁下，它们的处境也变得极为凶险。
1808年，法国军队侵入西班牙本土后，在布雷斯特常驻了8年之久的“圣母无原罪”号悄然离开了这座法国港口，经停费罗尔返回了加的斯。1810年2月5日，加的斯港开始遭到法国人围攻，作为泊在港内的西班牙最大军舰，“圣母无原罪”号也投入战斗，炮击在近海的法国军队并阻止法国军舰靠近海岸。然而3月7日晚间突如其来的一场暴风雨将这艘战斗到最后一刻的巨人彻底摧毁，将其吹至法国人占领的海岸。2天后，失去动力的该舰被法国人焚毁……
在特拉法尔加之战中受创的“阿斯图里亚亲王”号战后很快被修复，之后一直驻扎在加的斯港。1808年6月9日，在加的斯外海，“阿斯图里亚亲王”号（和一些英国及西班牙战舰）击退了一支法国舰队的入侵。但后来随着法国人包围并占领了加的斯港，为了不落入敌手，“阿斯图里亚亲王”号以及其他一些西班牙舰只（包括一直未修理好的“圣-安娜”号）被转移到哈瓦那，并在那里度过了自己的余生……(https://www.xing528.com)
长期驻扎在卡塔赫纳的“玛利亚-路易莎王后”号于1808年5月为避免被法国俘虏而驶至马翁港避难。次年，它被更名为“费尔南多七世”号，以此来向法国人示威：只有费尔南多才是西班牙真正的国王。该舰生存到了半岛战争结束。不过不幸的是，该舰在1815年12月离开马翁返回卡塔赫纳的途中遭遇暴风而失事……
至此，西班牙三层甲板战舰完全从海军现役序列表中移除，这标志着西班牙海军一个光辉时代的结束，尽管这个时代在现在看来是那么的短暂。以“圣三位一体”号为首的西班牙巨舰们，就这样如风一般悄然逝去
保存至今的曾在“阿斯图里亚亲王”号上使用过的将旗。可能是格拉维纳的旗帜
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