当小科尔多瓦的舰队遭遇英国人时，“圣-何塞”号正位于舰队末尾的第6分队，按照小科尔多瓦的命令，这个分队的任务是掩护主力舰队撤退。“圣-何塞”号是第6分队的旗舰，由海军上将弗朗西斯科·哈维尔·温杜希（Francisco Javier Winthuyse）亲自坐镇指挥。除了“圣-何塞”号，这支殿后分队还有4艘74门炮战列舰、2艘40门炮大型护卫舰和4艘武装商船（盖伦船）。
在战役开始后不久，“圣-何塞”号所在的殿后分队便遭到英国人的攻击。而体型庞大的“圣-何塞”号始终处于最猛烈的炮火之下。它的前桅和后桅均被折断，船壁也满是破洞。英军依靠战术上的优势很快便将杂乱无章的西班牙舰队分割开（小科尔多瓦下达的作战阵形指令并未得到很好地执行），由于阵型混乱，处于第6分队的“圣-何塞”号与第4分队（即主力舰队）的“圣三位一体”号和“圣-尼古拉斯”号航行在一起，慌乱中，它甚至与友舰“圣-尼古拉斯”号发生了碰撞，这也直接导致纳尔逊抓住时机率领海军陆战队强行登上了该舰。
在纳尔逊登舰后，由于已不可能逃脱，为了避免遭到更多不必要的伤亡，舰长皮内达不得不下令降旗投降。纳尔逊带着手下在船上四处检查，当来到医疗舱时，纳尔逊惊讶地发现分队司令弗朗西斯科·哈维尔·温杜希已经死亡，而这位年迈的上将死时手中还紧握着战刀。纳尔逊不愿取下战刀，并准备把刀和遗体一起运回温杜希的家中，甚至在这之后纳尔逊亲手在自己的座舰上升起一面西班牙国旗来哀悼这位勇敢的将领。
一幅描绘纳尔逊捕获西班牙“圣-尼古拉斯”号的油画。在“圣-尼古拉斯”号后面的三层甲板战舰就是“圣-何塞”号
战役结束后，经清点，“圣-何塞”号上一共有46人死亡，96人重伤。纳尔逊发现，在“圣-何塞”号与“圣-尼古拉斯”号发生碰撞之前，其甲板上已经伤亡惨重，这是由于英军猛烈的炮火所致。由于船身严重受损，在战斗结束后，被俘获的“圣-何塞”号被一艘英国战列舰拖走。在返航途中，“圣-何塞”号由于暴风雨而无法继续航行。英国人在驱走船员后本打算放火烧掉该舰，但随后风力逐渐转弱，“圣-何塞”号最终得以保存下来，于2月16日抵达英国港口。
英国人在俘获“圣-何塞”号之后发现该舰性能优良、建造坚固，遂将其编入自己的舰队使用。一同编入英国舰队还有同时被俘获的“圣-安娜”级的4号舰“萨尔瓦多-德-蒙多”号。在之后的1800年左右，纳尔逊曾将“圣-何塞”号作为自己的旗舰。该舰一直在英国皇家海军服役至1837年才从一线去除，改装为水兵训练舰。最终，“圣-何塞”号于1846年正式退役。1849年，在接到拆解通知后，这艘存活了66年的老舰结束了自己的生命。值得一提的是，“圣-何塞”号在拆解之前留下了自己一生中唯一一张照片，从而成为西班牙建造过的全部三层甲板战舰中唯一一艘拥有照片存世的幸运儿……
弗朗西斯科·哈维尔·温杜希（Francisco Javier Winthuyssen，1731—1797）的画像。他是西班牙海军一名经验丰富的将领，在圣文森特角之战中英勇殉国(www.xing528.com)
停泊在英国港口的“圣-何塞”号。此时该舰已经被修整一新并加入了英国海军
尽管在西班牙海军服役期间没有什么战绩，但“圣-何塞”号精良的设计和建造，尤其是在戈蒂埃吸取了“圣母无原罪”号的缺陷后所做出的改进使之成为当时西班牙最好的战舰之一。这一点从该舰被英国俘获后也能得到很好的体现：同样是战利品，法国“海洋”级首舰“马赛商业”号在被俘获后由于船体质量不佳，甚至都未在英国皇家海军服役过，直接沦落为仓库船，并于1802年被拆毁；反之“圣-何塞”号在被俘获后不仅继续服役了40年之久，更曾担任过舰队旗舰（纳尔逊的座舰）。
由于与海军部官员交恶而被迫辞职，戈蒂埃于1783年不得不离开西班牙。“圣-何塞”号成为这位船舶设计大师在西班牙的绝唱。弗朗西斯科-戈蒂埃体系是西班牙18世纪四大造船体系中留下舰船最少的一个，然而它鲜明的设计特点是不会被人们所轻易忘记的，尤其是“圣母无原罪”级，堪称风帆时代的“战列巡洋舰”
1849年摄于英国德文港内的“圣-何塞”号，行将被拆毁的它留下了整个风帆时代西班牙三层甲板战列舰中唯一一张历史照片，尤显得弥足珍贵
有幸保存至今的“圣-何塞”号上的铜质船钟，在圣文森特角之战结束后其被作为奖赏赐给了纳尔逊
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