1784年8月初，“圣母无原罪”号接到命令在护卫舰“圣-赫特鲁迪斯”号（Santa Gertrudis）的护航下驶往加的斯港。8月8日，在它们的航行至距离萨克拉蒂夫角4西班牙海里时，“圣母无原罪”号舰长胡安·兰德丘（Juan Landecho）望风时发现有一艘行迹可疑的帆船；护卫舰舰长何塞·胡斯图（José Justo）也从种种迹象认定这是一艘阿尔及利亚船只，两位舰长不约而同地采取行动，抢风调向马不停蹄地行驶了一长段距离确保本舰处于敌船的下风方向。当敌船驶至它们的船尾时，两艘西班牙战舰又逆风调头向其逼近，这使得敌船失去了原本有利的前进位置。10日上午，敌船企图撞击破坏“圣-赫特鲁迪斯”号的船首以求逃脱，但却被“圣母无原罪”号庞大的身躯拦住去路，于是束手就擒。经盘查，胡斯图发现这艘敌船叫“加纳利亚”号，是一艘私掠船。船上配备有4门6磅火炮，2门臼炮和10门小口径速射炮；并有10名土耳其和41名摩尔籍船员。在这51人中有15人在刚刚的遭遇战中伤亡（7死8伤），而西班牙方面只有护卫舰上有一人被燧发枪打成轻伤，损失甚微。经调查发现，这艘私掠船于7月30日和两艘小型双桅帆船一起离开阿尔及尔，但后来却失散了。那两艘小型双桅帆船都返回了阿尔及尔，但“加纳利亚”号却不幸成为了西班牙人的猎物。在扣押了该船后，“圣母无原罪”号与“圣-赫特鲁迪斯”号进入了加的斯港。
1786年，“圣母无原罪”号的舰长更换为佩德罗·德·卡德纳斯（Pedro de Cárdenas），在这位舰长的在任期间，“圣母无原罪”号基本未参加任何战斗，只是在卡塔赫纳和加的斯港之间往返执行过数次巡航任务。1789年，法国大革命爆发，西班牙站在英国一边与法国革命军为敌。1793年，“圣母无原罪”号加入英西地中海联合舰队，准备配合地面部队参加围攻土伦港的军事行动。10月2日，舰长被更换为弗朗西斯科·圣地亚斯特班（Francisco Santiesteban）。事实上，在封锁土伦港的舰队行动中，“圣母无原罪”号被作为第二梯队的后备力量，并未真正参战。
一幅描绘“圣母无原罪”号驶入加的斯港的油画
在土伦战役结束后，“圣母无原罪”号返回卡塔赫纳。1795年，该舰与“圣三位一体”号驶抵加的斯的卡拉卡造船厂接受船体升级改造。在这里，“圣三位一体”号被改装为当时绝无仅有的四层甲板战舰；而考虑到“圣母无原罪”号原本优秀的航速和灵活的操控性，此次改装仍围绕提升这一特性而展开。在改造过程中，为了获得更好的流线型，“圣母无原罪”号在加长了甲板长度的基础上反而缩短了龙骨长度；船首吃水线以下的船廓得到改进；船宽被增加的同时减小了吃水深度。完成改造后的参数如下所列：甲板长220尺6寸，龙骨长186尺，船宽58尺4寸，（尾部）最小吃水26尺，舯部最大吃水28尺9寸，轻载吨位为2771.5吨（也有说是3012吨）。
这里值得一提的，尽管升级后的船体尺寸与“圣三位一体”号不分伯仲（仅仅是船壁低于后者），“圣母无原罪”号仍保持了原先额定的120门，载炮规格。只是在火炮配置上略有区别：36磅炮32门，24磅炮34门，12磅炮34门，8磅炮20门，并且与“圣三位一体”号以及法国“海洋”级一样在下层炮甲板的最前端开设了第17个炮窗，但炮窗从未使用过。不仅如此，“圣母无原罪”号甚至维持了其一贯的112门炮搭载方案，因此此次改装并未使其在火力上有任何提升。
改装后处于终极状态的“圣母无原罪”号彩绘图。除了没有第四层全炮甲板，该舰的侧面已经与“圣三位一体”号非常相似(https://www.xing528.com)
1796年6月26日，刚刚完成改装不久的“圣母无原罪”号在锚地由于意外引发了一场火灾，所幸在船员们的全力抢救下未遭到太大损失。火灾在风帆时代对于一艘巨舰来说绝对是致命的威胁。出于对此事件的警戒，第五任舰长路易斯·德·比拉布里加（Luis de Villabriga y Rozas）被撤职，何塞·埃斯卡诺（Escaño）接替了他的职务。至于那些在扑火行动中表现出色的船员则受到了重重的奖赏。
随着西班牙重新与法国结盟，英国人再次成为西班牙人的敌人。“圣母无原罪”号被编入莫拉雷斯伯爵的地中海分舰队，这支舰队于1797年初又被编入小科尔多瓦的舰队，从而成为当时欧洲纸面实力最为强大的一支舰队，一共拥有7艘一级战舰，分别为：“圣三位一体”号、“圣母无原罪”号、“圣-何塞”号、“阿斯图里亚亲王”号、“雷格拉伯爵”号、“墨西哥”号与“萨尔瓦多-德-蒙多”号。而“圣母无原罪”号则是由莫拉雷斯伯爵亲自坐镇的分舰队旗舰。这支舰队从卡塔赫纳启程，目的地是加的斯港。然而就在接近目的地时，原本一帆风顺的舰队却因突变的风向而无法进港。2月14日，当舰队被风驱至圣文森特角附近时，碰到了英国舰队……
完成改造后与“圣三位一体”号一同在费罗尔港沐浴阳光的“圣母无原罪”号。这两艘是当时西班牙乃至世界最大的战舰
随后发生的圣文森特角之战对于西班牙人来说是一场彻头彻尾的灾难。尽管小科尔多瓦对这场失利难辞其咎，但其下属分舰队在战时的拙劣表现也是导致失利的主要原因之一。这其中就包括莫拉雷斯伯爵，此君不仅无视小科尔多瓦的命令，更在与英国人交战的情况下率领自己的分舰队加速逃逸（莫拉雷斯伯爵的分舰队位于整个舰队的前列），使身后的主力舰队落入水深火热之中。由于并未参加最激烈的战斗，此战“圣母无原罪”号上总共只有8人战死，21人受伤；船体损失也极为轻微。令人唏嘘不已的是，“圣母无原罪”号的高航速挽救了伯爵的性命，却与整支舰队一起被打上了耻辱的烙印。战后军事法庭认为莫拉雷斯伯爵的表现严重失职而剥夺了其海军上将的军衔。
一幅反映1797年在地中海编队航行的西班牙舰队的油画。画面正中是“圣三位一体”号，右侧为“圣母无原罪”号，左侧可能是一艘双层甲板战列舰
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