在“圣三位一体”号之后，米兰-伊格纳西奥所承建的最后一艘巨舰，“圣-弗朗西斯科”号也开工建造（也有资料认为该舰在17世纪80年代便开工建造）。该舰于1695年在坎塔布里亚的阿松河岸下水，并与“圣三位一体”号一起在1699年完工。
一艘17世纪末西班牙80门炮级别的三层甲板战列舰模型。从当时西班牙海军列装情况来看，该舰可能就是“圣-弗朗西斯科”号
比起两艘前辈，“圣-弗朗西斯科”号的尺寸明显小了一圈。不过关于该舰的尺寸已没有详细记录，只知道其龙骨长60.5肘（约34.77米），船宽20肘（约11.5米），设计轻载排水量1200吨，建成后大约为1300吨。设计舷侧炮眼可能有80个（这也差不多是17世纪末最小的三层甲板战列舰的规格），但实际配备只有70门，并一直维持在这个数字。因此其虽名为三层甲板战列舰，但论其战斗力，始终只是一艘双层甲板战列舰的水平而已。
1699年9月9日，“圣-弗朗西斯科”号正式入役，全称为“圣-弗朗西斯科·哈维尔”号（San Francisco Javier），在舰队司令马修·拉亚的指挥下，与“圣三位一体”号等战舰一起来到加的斯港。(www.xing528.com)
在加的斯港，“圣-弗朗西斯科”号和它的两艘姐妹舰被指派参加美洲远征舰队以粉碎苏格兰人在巴拿马殖民地达里安的阴谋。后来计划变更，为保存实力，“圣母康塞普西翁-安尼玛斯”号与“圣三位一体”号被抽调至本土舰队，但远征舰队总司令佩德罗·费尔南德斯·纳瓦雷特仍打算以小型三层甲板战列舰“圣-弗朗西斯科”号作为自己的旗舰前往达里安。不过令他失望的是，“圣-弗朗西斯科”号此时的状态相当糟糕，甚至已经到了无法航行的地步。纳瓦雷特于是派加洛蒂全面检查了该舰，最终得到的结论是：即便立即开始抢修，“圣-弗朗西斯科”号也休想在1700年内出航。在这种情况下，纳瓦雷特只得打消了使用“圣-弗朗西斯科”号的念头。而这艘倒霉透顶的战舰不仅被废弃并在年底前被拆毁。就这样，“圣-弗朗西斯科”号不幸成为“圣-费利佩”级3艘战列舰中最短命的一艘……
“圣-弗朗西斯科”号的船尾草绘图。此图可能出自加斯塔涅塔之手
由不知名画家绘制的“圣-弗朗西斯科”号战斗假想图。然而现实中这艘倒霉的战舰却没能参加过一次战斗，也没有发射过一发炮弹
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