1601年，在爱尔兰爆发独立运动之际，费利佩三世派出一支舰队护送一批陆军前往登陆支援爱尔兰人，意图借此削弱英国的力量，但这支舰队在离开爱尔兰后便被歼灭，留在那里的西班牙陆军也因孤立无援而很快投降。
1604年，英国斯图亚特王朝第一位君主詹姆斯一世与西班牙讲和。荷兰七省联盟继续与实力不断下降的西班牙海军交战。1607年4月25日，一支由26艘帆船（大部分都是轻载排水量不足300吨的小船）组成的荷兰舰队在雅各布·范·希姆斯克尔克的指挥下向驻守在直布罗陀湾的一支西班牙分舰队发起攻击。
驻守在直布罗陀湾的西班牙分舰队指挥官是唐·胡安·阿尔瓦雷斯（Don Juan Álvarez de Ávila），他手中拥有22艘帆船，包括10艘盖伦式战舰和12艘小型船只。其中10艘盖伦船均为费利佩二世时期建造的陈年老货，旗舰为“圣-奥古斯丁”号（San Augustin），另有两艘副旗舰“维加夫人”（Nuestra Señoradela Vega）与“上帝之母”号（Madre de Dios）。西班牙舰队停泊在港湾内，原本在岸炮的保护范围之内，但战斗开始后（为了能与荷兰战舰交火）却驶离了岸炮的射程，因此在此次战斗中西班牙岸炮并没有起到任何作用。
范·希姆斯克尔克留下少数船只在港湾入口处以防止西班牙船只逃跑。大约有20艘船对西班牙10艘盖伦船发起猛攻。剩下的则攻击西班牙舰队中较小的船只。战斗开始不久，在西班牙盖伦式战舰的第一轮逼近炮击时，范·希姆斯克尔克被一枚加农炮炮弹打断了腿，后因流血过多而亡。但主帅的死去反而激励了部下更加拼死去战斗，不多时，西班牙方面有多艘盖伦式战舰起火，其中的一艘可能因为被引燃了弹药库而发生剧烈爆炸沉没。西班牙旗舰“圣·奥古斯丁”号也被俘获（唐·胡安·阿尔瓦雷斯在旗舰被俘获前已经阵亡），不过荷兰人在掳掠了船上物资后将其随波逐流。这场战斗的过程与近两个世纪后的尼罗河之战（1798）十分相似，英国海军名将霍雷肖·纳尔逊几乎完全复制范·希姆斯克尔克的作战方式，歼灭了阿布基尔港内的法国舰队。
一幅反映直布罗陀湾之战中被荷兰船只包围的西班牙战舰正进行殊死抵抗的油画
雅各布·范·希姆斯克尔克（Jacob van Heemskerk，1567—1607）的肖像。在直布罗陀湾，他为荷兰七省联盟带来了一场纳尔逊式的大捷(www.xing528.com)
年轻的费利佩四世肖像，作于1623年。其在位期间西班牙国力继续下降，最终于1659年签订比利牛斯条约后彻底失去了欧洲强国的地位
战斗结束后，直布罗陀湾内的西班牙分舰队几乎全军覆灭，根据荷兰方面的统计，唐·胡安·阿尔瓦雷斯麾下10艘盖伦式战舰损失了7～10艘，12艘小型船只损失了9～12艘，人员损失高达4000；不过根据西班牙人自己的统计，损失了5艘盖伦式战舰和9艘小型船只，人员损失为350，另有110名囚犯乘乱逃走。不过不管真相究竟如何，西班牙舰队再一次遭遇惨败却是不争的事实。
从史书中有记载的费利佩三世时期发生的主要海上战斗来看，西班牙海军在1600—1620年间竟没有赢过一场，这也难怪费利佩二世感慨上帝没有给自己一个成器的儿子。在连战连败的局面下，固然西班牙通过新法令使造船业有所起色，却依然无法挽回其海上影响力江河日下的现实……
1621年3月31日，费利佩三世在马德里去世，把一个已经十分虚弱的国家留给了儿子费利佩。费利佩即位后称为费利佩四世，此时他只有16岁。
一幅反映直布罗陀湾之战的油画。画中一艘西班牙大型盖伦式战舰发生剧烈爆炸，其爆炸产生的冲击波甚至把水手抛至高空，场面十分骇人
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