唐·胡安本来还想对逃跑的乌尔奇·阿里·帕夏追击到底——无奈己方士兵都已十分疲惫，并且乌云密布的天气也显示傍晚时极有可能有一场暴雨——在科罗纳等人的劝说下终于收兵返航。至此，勒班陀之战以神圣同盟的大获全胜而告终。据史料记载，这次战役神圣同盟舰船损失较小—共有10～15艘被击沉，被俘的船只除一艘被乌尔奇·阿里·帕夏带走之外，其余全部在战斗中被夺回。而人员损失则较为惨重——共有8000人在战斗中死亡，另有21000人负伤。并且这些伤者有很多在转运到医院时死在了路上。至于奥斯曼帝国方面的损失则高得令人吃惊。除了乌尔奇·阿里·帕夏的分舰队得以逃脱外，舰队几乎全军覆灭——共有113艘被击沉，117艘被俘获，人员伤亡高达30000，另有3000人被俘获。
毋庸置疑，勒班陀之战是基督教神圣同盟获得的一场伟大的胜利。后世的许多文人学者都对这场战斗大加赞赏，称其捍卫了基督教文明，遏制了奥斯曼帝国扩张的势头，并摧毁了这个帝国的基础，保证了欧洲文艺复兴的继续进行。但是如果抛开宗教色彩而仅以这场战役对当时地中海军事政治形势的影响来看，其实并没有那么夸张。
勒班陀之战后，奥斯曼帝国大宰相索库鲁·梅米特·帕夏（Sokullu Mehmed Pasha）曾在战后对威尼斯使者说道：“你们只是微微烧焦了我的胡须（指奥斯曼帝国舰队），而我却砍掉了你们的臂膀（指塞浦路斯）。我的胡须还可以长出来—恐怕你们就没这个福分了。”对照当时的局势，这位大宰相的话其实不无道理——仅仅过了一个冬天，新任奥斯曼帝国舰队总司令乌尔奇·阿里·帕夏就打造出一支新的舰队——并且规模甚至比在勒班陀被歼灭的舰队还要庞大，但是在勒班陀之战中损失的优秀海军人才却是再也无法弥补的。此后奥斯曼海军一直采取战略性守势——事实证明，这个曾经横跨欧亚非大陆的庞大帝国正是从那时起开始走向下坡路。
同时我们不能忽略勒班陀之战的另一个重要意义——那就是这是历史上最后一次在重大海战中完全以划桨战舰为主力的战斗。在此之后划桨战舰虽然一直存活至18世纪，但即使是在地中海也不再是海战的主要武器。我们可以把勒班陀之战看作是“划桨时代的终曲”，也许这才是这场海战对后世最具有意义的影响。(www.xing528.com)
19世纪一张反映勒班陀之战的羊毛地毯。神圣同盟与勒班陀战役的故事被后人广为流传，不过它的实际影响却小于人们对其的称颂
勒班陀之战中威尼斯舰队装备的加利亚斯式战舰的全涂装模型。这种“海上怪兽”可谓是划桨战舰的终极之作
而对于费利佩二世和西班牙海军来说，勒班陀之战胜利的意义则是较为明显的——它进一步巩固了西班牙在当时基督教世界的至高地位，并提升了费利佩二世的威望——这位踌躇满志的国王已经开始计划称霸整个欧洲了。他那强有力的双手将首先掐住“邻居”的脖子——这个“邻居”就是曾经的海上霸主葡萄牙……
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