我们常常认为科学与世俗主义、宽容包容的价值观有关。但真若如此，我们绝对难以想象科学革命竟出现在早期的现代欧洲。在哥伦布、哥白尼和牛顿的时代，欧洲的宗教狂热者全球密度最高，而容忍度又是全球最低。科学革命中那些杰出人物生活的社会，驱逐了犹太人和穆斯林，烧死了成批的异端分子，把每个爱猫的老太太都当作女巫，每月满月之日都要发起一场新的宗教战争。
如果你在约公元1600年前往开罗或伊斯坦布尔，看到的是拥有多元文化和充满宽容的大都市，逊尼派、什叶派、东正教基督徒、天主教徒、亚美尼亚人、科普特人、犹太人，甚至偶尔还有印度教徒，比邻而居，和平共处。虽然也有意见分歧和争端骚乱，奥斯曼帝国也经常出现宗教歧视，但和欧洲相比，这里仍然是自由主义的天堂。如果你再去当时的巴黎或伦敦，看到的会是城市里充斥着宗教极端主义，只有主流教派得以生存——在伦敦他们杀害天主教徒，在巴黎他们杀害新教徒，犹太人长期被驱逐，而穆斯林连进城都是一种奢望。然而，科学革命却始于伦敦和巴黎，而非开罗或伊斯坦布尔。
讲到现代性的历史，一般把它视为一场科学与宗教之争。理论上，科学和宗教都是为了追求真理，而因为各自推崇不同的真理，也就注定有所冲突。但事实上，科学或宗教都不那么在乎真理，因此两者十分容易妥协、共存甚至合作。(www.xing528.com)
宗教最在乎的其实是秩序，宗教的目的就是创造和维持社会结构；而科学最在乎的则是力量，科学的目的是通过研究得到力量，以治疗疾病、征伐作战、生产食物。就个人而言，科学家和神职人员可能很在意真理；但就整体而言，科学和宗教对真理的喜好远不及秩序和力量。因此，两者一拍即合。对于真理毫不妥协的追求，其实是一次灵性之旅，在宗教或科学机构之内却很少见。
因此，对于现代历史更准确的一种看法，其实是科学与特定宗教（也就是人文主义）达成协议的过程。现代社会相信人文主义教条，而科学的用途不是为了质疑这些教条，而是为了实现它们。就算在21世纪，也不太可能有纯粹的科学理论取代人文主义教条，但让两者目前携手同行的契约可能会瓦解，取而代之的是科学与其他后人文主义宗教之间截然不同的契约。接下来的两章，将会谈谈科学与人文主义之间的现代契约。至于本书的第三部分，也是最后一部分，将会解释这项契约为何正在瓦解，又将由什么新的契约取而代之。
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