对于纳税人而言，加计扣除是一种具有间接鼓励性质的税收优惠政策。对有关企业享受加计扣除税收优惠情况审核存在一定的技术难度，其主要原因是加计扣除的政策性强，在实务过程中难以操作。在这个环节中纳税人也比较容易出现问题，所以，加计扣除已成为目前税务机关审核企业所得税的重点内容之一。
（一）开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用加计扣除
开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用（简称“三新”开发费用）加计扣除政策落实存在一定的难度，因为“三新”开发费用的列支涉及企业的生产管理的全过程。对有关企业“三新”开发费用审核的重点主要体现在以下几个方面：
（1）企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
（2）自主、委托、合作研究开发项目计划书，需根据《领域》详细说明至具体项目。
（3）研究开发费预算，需说明资金来源。
（4）属于委托、合作研究开发项目的，应提供合同或协议书。
（5）自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
（6）自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表；对委托开发的项目，应提供受托方出具的该研发项目的费用支出明细情况。
（7）研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料，包括知识产权证书、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告，以及其他相关证明材料。
（8）属于高新技术企业、国家重点扶持的106户试点企业集团的成员企业、省级技术中心，省自主创新“双百工程”中的企业及项目的，提供相应的证书或证明文件原件。(www.xing528.com)
而对“三新”开发费用在企业所得税前加计扣除的确认审核，则需要侧重于相关事项发生的真实性、合理性以及会计核算的具体情况。
（二）安置残疾人员及国家鼓励安置的其他就业人员所支付的工资加计扣除
对有关企业安置残疾人员及国家鼓励安置的其他就业人员的涉税政策落实情况的审核，虽然技术要求不高，但是政策性强，应通过下列内容的审核确认相关事项的真实性：
（1）残疾职工花名册及《中华人民共和国残疾人证》或《中华人民共和国残疾军人证（1～8级）》原件。
（2）与残疾职工签订的1年以上（含1年）的劳动合同或服务协议副本。
（3）残疾职工工作安排表。
（4）为残疾职工按月足额缴纳企业所在区县人民政府根据国家政策规定的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和工伤保险等社会保险的记录或凭证。
（5）定期通过银行等金融机构向安置的每位残疾人实际支付了不低于企业所在区县适用的经省级人民政府批准的最低工资标准的工资的证明材料。
（6）安置残疾人上岗工作的基本设施的情况说明。
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