对上述问题确认时，税务机关的检查人员一般会围绕以下内容进行重点检查：
（1）通过对营业执照中公司性质的检查，确认其属于子公司还是属于分公司。属于子公司的，应当在子公司注册地申报缴纳企业所得税；如果属于分公司，则需要检查其收入和所得是否并入总公司计算缴纳企业所得税，并对其完税情况进行审核和检查。有关具体业务按以下原则处理：
1）总机构设立具有独立生产经营职能的部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
2）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
3）上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
4）新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
5）撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税税款由总机构缴入中央国库。
6）企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业在计算分期预缴的企业所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。(www.xing528.com)
7）总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
8）总机构和分支机构在2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。
（2）检查纳税人在工商行政管理部门进行登记时所确认的经营主体的性质，即检查其营业执照的内容。重点检查股东的构成情况和企业的性质，如果属于有限责任公司就是企业所得税的纳税人，应当督促有关企业申报缴纳企业所得税。在具体操作时还可以通过企业的名称进行分辨，如看企业的名称中是否有“公司”字样。凡有“公司”字样的企业都应当按《公司法》的法律规定进行管理，要求投资人按企业所得税法计算缴纳企业所得税，对其投资分红则还要计算缴纳个人所得税。
（3）检查境内企业的境外投资、境外投资人在境内设立机构或者视同设立机构的收入和所得的纳税情况。对该事项的检查需要到企业的生产和经营场所的现场进行调查。主要检查有关企业的注册地点、实际生产和经营场所以及管理和控制的场所，察看有关企业的内部控制和管理的业务流程，有关业务合同、账册凭证的记载等情况，从而明确其纳税业务。
（4）检查纳税人在企业所得税认定和缴纳方面的情况。通过对有关税务认定手续的检查，如对软件企业的资质认证手续、高新技术企业的认定、小型企业的所得税预缴手续的检查和确认，从而明确纳税人对纳税义务的履行情况是否正确。
（5）到企业的现场察看企业的生产和经营情况是否与投资规模相适应，了解投入资产的构成和运行情况，以便确认投资人是否利用不相关的资产作虚假的投资注册等。
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