《吴廷琛列传》最终没能被收入《清史稿》，应当与《清史稿》修纂时前后人员变动较大、稿件的移交处理等有直接关系。清史馆于1914年3月9日遵时任大总统的袁世凯之命成立，“延聘清朝遗臣赵尔巽（1844—1927）为馆长，聘请通儒百余人，分任编纂”，“为了方便取得资料，并承继清代纂修国史的成果，馆址就设置在东华门内前清国史馆旧址，于九月一日正式开馆修史，至民国十六年底《清史稿》正式付印出版”[19]。据张尔田（孟劬，又名采田）《清史馆员录》、朱师辙《清史述闻》的记载可知，“清史馆成立十五年，聘请总纂、纂修、协修前后都百余人，而实际到馆者仅及其半”。其撰人经历有三次变迁，在这三次变迁中，“以第一期为最复杂，第二期稍有头绪，第三期最为整齐，而所撰功课皆可实考”[20]。那么，陈能怡在这三期人事变迁中的具体情况又如何呢？经检索可知，在第一期中，陈能怡为协修，“任列传，又有‘货殖’杨斯盛、叶成衷传，清史无‘货殖’，二传归入‘孝义’”[21]。而在第二期、第三期撰职人员中，再未见到陈能怡之名。二、三期中，嘉庆、道光朝的列传均由担任总纂的夏孙桐（闰枝）负责，在第二期人员变更中，纂修王大钧（伯荃）“佐夏闰老任嘉、道列传”[22]。而在第三期中，担任总纂的夏孙桐之职责为：
总阅列传，自嘉、道以后咸、同、光、宣皆归之，后光、宣无暇顾及，由校刻之人以原稿付印，汇传则“循吏”“艺术”二传皆其所撰，“忠义”初亦拟有条例，后交章式之整理，第一期中多撰嘉、道等列传及汇传，第二期中专任修正嘉、道两朝列传，又撰“艺术传”。[23]
引文中所言章式之，即章钰，第三期担任纂修，“忠义传”归其整理，第一、二期编辑“艺文志”。
以上文献或可说明，陈能怡在第一期所承担的工作及其文稿，皆在第二期、第三期转由夏孙桐负责处理，而因特殊情况，曾又由王大钧、章钰协助撰著或整理，而且，在第三期时，嘉、道两朝的列传，又有朱师辙助修。[24]按照这一顺序推理，陈能怡应该是在第一期后即退出了《清史稿》工程，所撰列传也仅有其在第一期中担任协修时完成的三篇（吴廷琛、杨斯盛、叶成忠）。因而，在《清史稿》将“始终其事”“用力最多”的“成书之人”“单行特书于前”的十四位分职人员名单中，再未见有陈能怡之名。[25]
《清史稿》于1927年年底正式付印出版，1928年7月，故宫博物院奉国民政府令就近接管清史馆，这是故宫与清史馆结缘之始，也是现存“国立故宫博物院”史馆档的来由。[26]自然也是《吴廷琛列传》稿现存台北故宫博物院史馆档的来由。清史馆从开始运作，到被故宫博物院接管的这段历史，正是近代中国极其混乱的时代，清史馆的修纂工作也便是在这政局动荡、经费奇缺、人心惶惶中艰难地持续进行了十三年。就其大概，冯明珠有过清晰描述。“民国十六年八月，北伐军已接近北京，局势更为混乱，馆长赵尔巽见初稿大至完备，自己年高八十四，生命垂危，极思将《清史》付印，遂于八月二日撰就《发刊词》……‘于万不获已之时，乃有发刊《清史稿》之举’。书名下一‘稿’字，旨意明确，所有未臻完善之处，以待将来……九月三日赵尔巽病逝，遗书向张作霖推荐柯劭忞（1850—1933）代馆长职，袁金铠（？—1947）办理刊印《清史稿》事务。袁金铠到馆后，又荐金梁（1878—1926）入馆，实质执行编印工作。”[27]但金梁到馆后，作《校刻记》，自称总阅，更动了原编清史馆人员职名录，修改了《艺文志序》，增加了康有为、张勋合传及张彪附传等。如此的《清史稿》成形后，于1928年年初，先发行了五十册，至端午前，陆续完成一千一百部的发行量。因北伐军即将入京，时局紧张，金梁便私运了四百部至东北，此即后来所称之“关外本”。同年六月九日，国民革命军和平开入北京，南京国民政府接收故宫博物院，并令故宫就近接管清史馆。故宫乃邀原清史馆协修朱师辙协助清点清史馆馆藏，发现原《清史稿》被金梁修改，并运走了四百部最初刊行的书籍，便及时报告了馆长柯劭忞，经商议，由金兆蕃重撰卷首职名录，朱师辙负责将金梁变动处择要抽换重印，此即所谓之“关内本”。1929年10月，赵尔巽旧部属刘赞廷建议正式发售《清史稿》，引发国民政府内部对《清史稿》的质疑，国务会议决议行文故宫，将印好之《清史稿》与清史馆所有馆藏悉数移送南京，以便审查。因清史馆馆藏多为原清国史馆旧藏，所以故宫不愿移送，他们一面与南京中央协商，一面将原属清国史馆之档案与图书移存至南三所（故宫文献馆），后又列举《清史稿》十九条谬误，吁请政府封存，禁止发行。提出由故宫编纂“清代通鉴长编”以为重修清史之预备。几经努力，原清国史馆馆藏、清史馆馆藏的大部分档案及图书得以为故宫所存留。这其中便包含有大量的“《清史稿》未刊稿”，“这些稿本是清史馆前后百余位纂修，经历了十三四年的努力成果”，以台北故宫博物院所藏看，便“有《清史稿》的初纂本、复纂本与定本；有不同纂修人撰写的同一类史稿；有纂修前的史料长编；也有未被《清史稿》采用的稿本”[28]。《吴廷琛列传》稿当属“初纂本”，而最终未能被收入《清史稿》。
无论是关外本，还是关内本，在其所列人员分工职责中，陈能怡均为“协修”[29]，而由正稿本（即关内本）职名所列总纂、纂修、协修六十八人皆为到馆之人可知，陈能怡确为到馆之人。复从“有到馆而未留稿者、有留稿而未用者尚不少”的情形看[30]，陈能怡属后一种“有留稿而未用者”之类。(www.xing528.com)
关于列传部分传主筛选、传记编纂材料资取等，《吴士鉴陈纂修体例》有较清楚的说明：
列传以国史馆本传为依据，本传限于官阶，不论其人之足传与否，例得立传，其中既无勋绩又无章奏更无著述者皆从删削，将其人散列于大臣、疆臣表中，若其人足以入史传者，先以国史馆旧稿为底本，参以私家传状碑铭，其取材大都不外乎钱氏《碑传集》、缪氏《续碑传集》、李氏《耆献类徵》、钱氏《文献徵存录》诸书，钱、缪、李三书全录传状碑铭原文不加改窜，用为史料可称渊薮，《徵存录》虽属自撰，然雅赡有法，（李氏《先正事略》较逊，亦可备检核。）其不足者再求之名人专集、证以官书档案，已可十得八九矣。往时国史馆撰传每年只进呈十六篇，故应立传者积压甚多，往往前一二十年之人尚未立传，而在后者转已先成，大约以数据不齐遂尔庋置也，今撰史传，如其人确应有传而毫无依据，当牵连钩考，俾底于成。又，国史馆旧传，失之冗者有之，而失之略者尤复甚多，大臣中在庶僚之时有关系之封章尚多采摭，及为卿贰以后则往往无甚事实，良以有清定制，部臣于政事兴革皆以部为主体，而非以人为主体也……[31]
据学者研究可知，现藏清史馆列传稿本，主要分为两大类：一类是属于清朝国史馆的传包内所存清史各种列传初稿；另一类是民初清史馆所纂修的清史各种列传稿本。而台北故宫博物院现藏清史馆的列传稿本，除《清史稿》选刊的列传外，也还有颇多未经选刊的列传稿本。[32]从这一实际情况看，陈能怡所撰《吴廷琛列传》稿亦属后者，即民初清史馆所纂修之列传稿本而“未经选刊”者。所以如此认定，一是台北故宫博物院所见《吴廷琛列传》稿本仅此一种，该本版心顶格皆有“清史馆”三个红色大字，再就是陈能怡在稿本末注有“采朱珩撰吴廷琛墓志铭”数字（今按文中“朱珩”当为“朱珔”之误）。实际上，朱珔所撰吴廷琛墓志铭除见录于缪荃荪《续碑传集》外，亦见载于李桓辑《国朝耆献类徵初编》，文字上略有不同，下文将另行说明。
《清史稿》的编纂总体上看，还是组织涣散、非常粗疏混乱的。后来那些为数不少的未用之稿，各有其被淘汰的原因，当亦有如易培基所言“以好恶为去取”的缘故，也应与后期经费短缺、时间紧张未能尽可能多地收录已有文稿不无关系。两岸学者曾共谋出版的《清史稿未刊稿丛编》[33]，对清史研究界而言，无疑是具有重大意义的。
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