《汉书·艺文志》著录有《吴孙子》和《齐孙子》，魏晋以后却只有一种《孙子》流传于世，再加上各类文献对孙子生平的介绍语焉不详，导致历代学者长期以来将两位孙子误认为同一人。对此，前文已经提及，这里将对这一问题予以详述。
《史记·孙子吴起列传》说：“孙武既死，后百余岁有孙膑。膑生阿、鄄之间，膑亦孙武之后世子孙也。”司马迁在《报任少卿书》中又说：“孙子膑脚，兵法修列。”可知战国时期齐国的孙子为受膑刑之人，其名不详，也有兵法传世，即《汉志》所录《齐孙子》，而八十九篇、图四卷应该也有后人附益的篇章。
曹操注解《孙子兵法·九地》“投之亡地然后存，陷之死地然后生”一句时，引用了孙膑的话“兵恐不投之死地也”。而《孙膑兵法》在《隋书·经籍志》以后就已不再见于著录了，唐人的著作中虽然也有零星引用孙膑之语的情况，但是很可能转引自其他文献。因此，这部兵书应该亡佚于魏晋南北朝时期。
到了宋代，就开始有学者质疑《孙子兵法》的作者和成书年代了。北宋梅尧臣为《孙子兵法》作注，认为孙子可能确有其人，但此书为“战国相倾之说也”，并非孙子所作。南宋叶适在《习学记言序目》中则认为《孙子兵法》是春秋末至战国初“山林处士”所作，理由是《史记》称该书有十三篇，《汉志》却称八十二篇，显然是前后矛盾的。另外，既然孙子为吴王阖闾时人，其事迹为何不见于《左传》？清末民初时，梁启超也认为《孙子兵法》“未必孙武所著，当是战国人依托”。日本汉学家斋藤拙堂的《孙子辨》认为孙武、孙膑为同一人，历史学家钱穆也持相同观点。清代牟庭相甚至认为孙子即伍子胥。(www.xing528.com)
另外，也有持相反论点者，如明代宋濂在《诸子辨》中说：“春秋时，列国之事赴告者则书于策，不然则否。二百四十二年之间，大国若秦、楚，小国若越、燕，其行事不见于经传者有矣，何独武哉？”这一看法颇有见地，因孙子在吴军中主要扮演军师角色，辅佐伍子胥，就像孙膑辅佐田忌，所以史书对两位孙子的记载都不多，却并不代表二人不存在。
历史上的争论，在二十世纪七十年代得到了彻底解决。1972年，在山东临沂银雀山汉墓中出土了《孙子兵法》和《孙膑兵法》竹简。此次发现的《孙子兵法》是现存最早的《孙子兵法》写本。根据考证，这些竹简随葬入土的时间大约是汉武帝时期，书写年代可能追溯到秦或汉代文景之际。竹简以墨书写，隶书体，每简约三十五字，简与简之间以三道编绳连缀在一起。《孙子兵法》为上、下编两部分，上编与传世本十三篇的内容大体一致，现存共一百五十三枚；下编包括《吴问》《四变》《黄帝伐赤帝》《地形二》和《见吴王》五篇佚文，任宏所编的八十二篇可能就取材于此。《孙膑兵法》也分为上、下编，按《孙子兵法》体例，上编可能为孙膑本人所作，包括《擒庞涓》《见威王》《威王问》《陈忌问垒》等十五篇；下编大概为其弟子、后学所作，或者是秦汉间的兵家杂著，在西汉时与原书合编在一起。
这批竹简的出土及相关研究，基本上为《吴孙子》《齐孙子》之辨下了定论，不但孙武、孙膑各有其人，而且《孙子兵法》与《孙膑兵法》也各有其书。
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