《纽约公约》体现了国际商事仲裁中当事人的意思自治。仲裁是指争议双方当事人依据事先达成的或者发生争议后达成的协议，自愿将该争议提交中立的第三者个人或是专门的仲裁机构，由其按照一定的程序对纠纷进行审理并作出对当事人都有拘束力的仲裁裁决的一种非司法的纠纷解决程序（李旺，2011：325）。然而，仲裁裁决作出后，仲裁机构或仲裁员并非国家的司法机构，不具备强制执行仲裁裁决的权力。而《纽约公约》为仲裁裁决跨国执行提供了司法保证。作为外国仲裁裁决的承认与执行领域的国际条约，《纽约公约》拥有的缔约国数量最多[6]且影响最为广泛，《纽约公约》是当前世界各国承认与执行外国仲裁裁决的最主要依据，被誉为“国际仲裁大厦赖以存在的最重要的支柱”（Wetter，1990：93）。
《纽约公约》的目标是在最大程度上便利仲裁裁决的承认和执行，并给予缔约国法院决定是否承认和执行外国仲裁裁决的机制和依据的指导。《纽约公约》在支持和倡导仲裁机制的同时，也非常尊重当事人的意思自治，并努力维护公共利益。
国际商事仲裁中的当事人意思自治原则又称协议仲裁原则，可与国内合同法中的合同自由原则相呼应。当然，国际商事仲裁程序启动的前提——仲裁协议，其本身就是当事人意思自治原则的重要体现。当事人的合同争议中所要解决的事项，由当事人自己管理并自己负责。如果选择了仲裁，就可以依据仲裁协议来解决争议；反之，就只能通过传统的法院诉讼或其他方式来解决。
当事人意思自治原则主要表现在对仲裁程序的选择以及对仲裁法律适用的选择上。《纽约公约》既极大地尊重了当事人意思自治原则，也对意思自治在“公共秩序或公共利益”下进行了限制。
第一，法院在确定仲裁协议效力时，应当首先考虑当事人约定适用的法律（《纽约公约》第2条、第5条第1款第1项）[7]。因此，在适用法律的选择上，公约体现了对当事人意思自治的尊重。同时，“尽量使仲裁协议有效”原则的发展也体现了当事人意思自治原则。该原则表明，当事人只要在协议中明确地表达了通过仲裁裁决解决争议的意思，那么法院或仲裁机构就应当尽量尊重当事人的意思表示，选择仲裁程序解决他们之间的争议。如果仲裁协议存在可能缺陷，法院或仲裁机构可以在当事人真实意思的基础上，在法律强制性规定的范围内，通过对法律语言的灵活应用加以解释，以尽可能使得仲裁协议有效（赵秀文，2009：7）。(www.xing528.com)
第二，依当事人申请始得适用的拒绝承认与执行外国仲裁裁决的事由（《纽约公约》第5条第1款）。该条款说明，如果被申请人没有提出公约规定的抗辩事由，法院不得主动适用这些拒绝承认与执行外国仲裁裁决的事由。因此，在《纽约公约》之下，只有在作为裁决执行对象的当事人“提出证据证明”该款所列理由时，才可以根据当事人的要求，拒绝承认及执行。[8]
第三，《纽约公约》中所使用的“公共政策”（public policy）的概念反映了对当事人意思自治的限制。公共利益一般是指不特定社会成员的利益（梁上上，2016：7）。在国际商事仲裁中，公共利益往往与国家利益同义。人们也习惯于在“公共政策”的名义下谈及公共利益（庞德，2004：204）。
《纽约公约》第5条第2款规定了法院依职权可拒绝承认与执行外国仲裁裁决的事由，包括争议事项的可仲裁性和公共秩序。广义而言，这两项事由都可归入公共政策，这体现了对缔约国公共利益的保护，以及对当事人意思自治的适度限制。本款规定，倘申请承认及执行地所在国之主管机关认定有下列情形之一，亦得拒绝承认及执行仲裁裁决：（甲）依该国法律，争议事项系不能以仲裁解决者；（乙）承认或执行裁决有违该国公共政策者。
对于争议事项的可仲裁性而言，各国对“非商事争议”是否具有可仲裁性存在不同的规定。这是因为“非商事争议”往往涉及各国国内的一些重要法律问题或对当事人的人身、财产有重大影响的议题。此外，公共政策与国家利益甚至国家主权具有紧密的联系。例如，印度法院认为，如果某项裁决的执行会违反“印度的利益”，那么它就是违背公共政策。[9]而俄罗斯联邦最高仲裁法院援引公共政策概念拒绝承认和执行那些将导致违背“公认的道德和伦理规则，或将威胁公民生命健康和国家安全”的裁决。[10]
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