根据美国现行专利法，法院有直接认定专利权效力的职权，因此在专利侵权诉讼中，被告通常会同时提出专利无效且不存在侵权，故而侵权认定与专利效力认定是美国专利侵权诉讼中最主要的两个争议点。
通常在审理案件过程中，法院首先面临的就是两者的审理次序问题：当被告人同时提出专利无效的抗辩，法院应该先认定专利是否有效，还是先认定是否存在侵权？ 若经过审理发现不存在侵权，法官是否还应继续审理专利的效力问题？ 效力审查应由当事人提出，还是由法官主动审理？ 对这些问题目前能够统一的观点是，在一审和上诉中，认定不存在侵权后，法官有一定的裁量权决定是否接受无效审查，而在一审中，即使认定专利无效，法官也应该作出有关是否侵权的判决。然而，在实际工作中，在专利侵权和无效的认定顺序问题上，还存在比较大的分歧，美国最高院的判决意见并不一致，因此下级法院的判决也表现出不同的态度。
1.联邦最高法院的做法
联邦最高法院的大部分判决显示，即使经过审理发现被告不存在侵权，法院仍应会继续对专利效力进行审查。此种方式是由最高院在1945年Sinclair 一案中建立起来的。此案中，一审法院认定专利无效且不存在侵权，二审法院作出了相反的判决（专利有效且存在侵权）。终审法院认定专利无效，并特别肯定了原审法院同时认定专利无效和不存在侵权的做法。联邦最高法院指出，在专利无效与专利侵权两者之间，专利的效力问题影响到公众利益，因此审判中，更加适当的做法（it is a better practice to）是，法院应该通过充分询问以确定专利的效力。[8]
2.联邦巡回法院的做法
相对于最高院的做法，联邦巡回法院（在1982年巡回上诉法院设立之前的各州巡回法院）采取的却是折衷的态度。此种折衷的裁量权最先见于Harrie 案。此案中法官Hand 认为，最高院在Sinclair 中的“最佳方式”的判决并不是一种强制性的命令，而仅仅是一种谨慎的建议。法院仍然有裁量权决定什么时候进行效力审查是最方便的。只有当专利明显无效的时候，法院才应当对专利的效力进行审查。法院应该尽量避免效力问题。Harris（案）之后，大部分的法官都认同了Hand 的说法，即法官有自由裁量权去决定是否审查专利效力问题。(www.xing528.com)
在实际审理过程中，联邦巡回法院内对自由裁量的范围和应该考虑的因素仍然存在着不同的意见。在有些案件中，自由裁量权被理解成为只有当专利明显无效的时候，不做出有关专利效力的判决才是错误的。另一些案件中法院则认为，除非明显不存在侵权行为，法院都应该认定专利的效力问题。还有一部分案件中，法院考虑了专利权效力的公共属性问题，认为只有当专利权的保护期已过且不存在未决的诉讼时，或者专利技术涉及对社会贡献时，法院才可以不考虑专利的效力问题。[9]
3.联邦地区法院的做法
最高院与巡回法院的冲突判决使得地方法院的判决分成三类：第一种是和最高院的做法相同，认为专利权效力涉及公共利益问题，因此无论是否存在侵权，法院都应当审查专利权的效力；第二种是联邦巡回法院的做法，认为应当尽量避免认定专利权效力的问题，只有当专利明显无效时法院才会审查；第三种是折中方法，即法院根据情况决定是否审查效力问题，只有当专利被判定无效时法院才会在判决书中写明对效力的审查结果。
值得一提的是，当法院经过审查认为证据不足以推翻专利权效力的，联邦第九巡回法院曾经强调，判决中从来都没有必要去宣告一个专利是“有效的”，在一个相关案件中，法院只需判决宣告被告人没有成功的举证证明专利是无效的。这样的判决与宣告专利有效的实质结果是一样的，但是后者更加准确地反映出判决结果的审判依据。[10]
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