重整程序的一个重要内容就是如何对股东的权益进行调整，股东权益调整是投资人进入企业并取得股份的前提，也是争取债权人对重整计划赞同票的可行方式。在进行股权调整时需要兼顾两组权益的平衡，即股东与债权人之间的权益平衡，大股东与中小股东的权益平衡。
1.对股东与债权人权益平衡未予重视
股东的出资是公司成立的基础，离开股东的出资，公司可谓是无本之木、无源之水，在公司资产大于负债的情形下，债权的数额是确定的且没有减损的风险，而股东享有公司剩余的索取权，因此，公司奉行“股东利益至上”理念。但是一旦由于“资不抵债”而进入破产程序，股东的债权人在重整程序中处于不利地位，基于利益平衡原则的要求，在对重整程序进行制度设计之时，理应给予其更多的倾向性保护，以使其在重整程序中作出的牺牲能得到些许补偿，因此，重整程序奉行的理念应从“股东利益至上”转变为“债权人利益优先”。[6]作为一种新兴的破产制度，重整制度涉及多方利益主体的博弈，在这场利益的博弈中每个主体都希望实现自身利益的最大化。债权人作为公司的外部人身份，对于企业进入困境并不存在过错，且基于信息的不对称性，在重整过程中应注重其权益的保护，也因充分保护债权人的利益，获得债权人的理解和支持，才能确保企业破产重整的成功及重整目的的实现。反观我国《企业破产法》，仅仅规定了：“重整计划草案涉及出资人权益调整事项时，应当设出资人组，对该事项尽心表决”，并没有出资人权益调整的具体规则。(www.xing528.com)
2.忽视大股东与中小股东之间的权益平衡
由于重整企业的资不抵债现状，若要投资人进入，现有股东必须进行股权调整，股东权益调整的具体方式是重整计划的重要内容。现行《企业破产法》第85条明确规定：“债务人的出资人代表可以列席讨论重整计划草案的债权人会议。重整计划草案涉及出资人权益调整事项的，应当设出资人组，对该事项进行表决。”但并未规定表决通过的具体标准，对此，最高人民法院《关于审理上市公司破产重整案件工作座谈会纪要》作出了补充规定。[7]但上述规定忽略了司法实践过程中广泛存在的一种情况，即大股东“一股独大”情形下中小股东的表决权问题。司法实践过程中，由于控股股东的广泛存在，中小股东话语权被剥夺的现象并不罕见。例如*ST锦化重整案件中，锦化集团是造成公司困境的主要原因，同时又持有公司超过半数的股票，在股东组进行表决时重整计划是否通过全凭其一家之言，广大中小股东在整个过程中并没有发言权，这也是中小股东强烈抵制重整计划草案的主要原因。
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