各国立法对于破产抵销权的行使程序有着不同态度。在采取当然抵销主义的国家，破产抵销权于债权对立的事实形成之时产生抵销效力，双方当事人不需要作出意思表示便自动发生抵销的效果。在采取单独行为主义的国家，破产抵销权于抵销权人作出意思表示时产生抵销效力，债权人需要作出意思表示才能使债务得以抵销。我国有学者主张当然抵销主义，认为抵销权可以不经意思表示而自动行使。也有学者认为上述观点不妥，因为当然抵销主义不符合当事人订立合同的意图，不当的扩张了原本结算意义上的抵销制度，会对正常的交易秩序产生不利影响，甚至可能出现欺诈性的订立、履行合同的现象。[18]我国破产立法并未对抵销是否需要意思表示作出明确规定，但是《企业破产法》第40条规定抵销由债权人向管理人提出。笔者认为上述规定实际上采取的是单独行为主义，即抵销应当由抵销权人向债务人作出意思表示。这符合世界上大多数国家的做法，也体现出对抵销权行使的限制精神，是一种较为合理的立法。
接下来的问题在于，破产抵销权的行使是否应当以债权的申报和确认作为前置条件。对此，我国理论上有三种不同的学说，即积极说、消极说以及折中说。积极说认为，主张抵销的债权必须是经过破产程序申报和确认的债权。其理由在于，债权申报是我国破产法的一项基本原则，强调可抵销债权的申报，不仅有利于保护破产债权人的合法权益，也有利于保护抵销权人的合法权益。[19]消极说认为，破产债权人无须申报和确认债权就能够行使抵销权。其理由在于，抵销权的行使只要向管理人以意思表示的方式作出即可，双方对抵销权行使存在的争议可通过诉讼方式解决。[20]折中说认为，由于抵销的方式以通知为准，债权是否申报不影响抵销权利的实现，但是如果管理人对于抵销存在异议，则抵销权需要经过债权申报程序。[21]其他国家针对这一问题的立法也不统一。旧的德国破产立法采取了消极说，于第53条明确规定，债权人无须申报债权就可以行使破产抵销权。日本和我国台湾地区的破产立法并未明确加以规定，理论上存在着积极说、消极说以及折中说的争议。
笔者认为，上述学说的产生是基于不同的价值衡量。积极说更重视程序，抵销权人作为破产债权人，需要通过申报债权来确认其债权；消极说更重视效率，管理人可以在破产债权人主张抵销时直接审查债权，这实际上是对破产程序的进一步简化。但是，消极说的弊端在于不当地对抵销权进行了扩张，这与限制破产抵销权行使的价值取向相违背。此外，在采取折中说的情况下，如果管理人存在异议，则需要进行债权申报，这使得管理人对债权进行了重复的审查，既扰乱破产程序又毫无效率。因此，积极说是更为合理的选择。首先，从我国破产法的法律体系上看，债权申报是我国破产法的一项基本原则。除《企业破产法》第48条明确规定不必申报之外，任何债权都需要经过申报才能获得清偿，就连有担保的债权同样需要申报。根据“举重以明轻”的法理，可抵销的债权也需要申报。其次，从债权人利益平衡的角度看，破产抵销权具有担保债权实现的功能。只有通过债权申报和确认程序，让其他债权人对可抵销的债权进行审查和确认，才能保证破产抵销权的行使对所有债权人都是公平的。在前述第一个案例中，二审法院的观点说明我国司法实践中也采用积极说。(www.xing528.com)
至于破产抵销权行使的时间，我国破产立法上并没有加以明确。对此的分歧主要在于，破产抵销权行使在破产宣告后还是破产管理人指定后？在破产财产分配方案提交之前还是破产程序终结之前？笔者认为，破产抵销应该在法院指定破产管理人之后，破产财产分配方案提交到债权人会议之前。首先，破产债权需要向管理人申报，破产债权人需要向管理人主张抵销，因此，在破产管理人确定之前破产抵销权无法行使。其次，如果破产债权人在破产财产分配方案提交到债权人会议后主张抵销，破产管理人将不得不对破产分配方案进行重新修订。这不仅会增加破产程序的复杂程度，而且使得破产分配方案的效力得不到保证。
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