独立学院是由普通高校和社会力量合作举办的，从性质来说它不是原来意义上的公办学校；独立学院建设和发展的经费投入，不是靠增加国家和地方财政性的教育经费支出来实现，而主要是出资方承担或者以民办机制共同筹措，并按照国家有关民办高校招生收费政策收取学费。这种筹资体制和渠道保证了独立学院成为在现有高等教育投资体制之外，依靠民办机制新增的高等教育资源。如果偏离了这个重要的大方向，完全利用财政性教育经费和现有公办高等教育的资源去举办，就失去了举办独立学院的意义。比如有少数独立学院投资主体仍是公办母体大学，即主要利用现有公办母体大学资源举办二级学院，这部分独立学院没有充分吸纳和利用社会资金与资源，没有引入民办机制，也未突破母体大学的传统办学模式，只是利用所谓“二级学院”，变相搞收费“双轨制”。这不仅违反了国家现行高校收费政策，而且有悖教育公平，容易引发不同类别学生之间的矛盾。独立学院筹资渠道的多样化，要求独立学院的举办者和管理者做好生财、理财和聚财这篇文章，在投资方投资、学院收取学生学费这些常规筹资渠道的基础上，多方位挖掘潜力，通过人才培养、与地方政府和企业合作，争取各种专项经费、基金、奖学金和捐赠等，千方百计吸纳资金，增加办学经费。随着办学条件的改善、科研力量的不断加强，加上民办机制的灵活性，独立学院通过产、学、研可以创造越来越多的收入。随着中国经济的不断发展，中国的企业实力越来越强。作为社会发展的中流砥柱，越来越多的企业会支持教育这个社会公益性事业，独立学院也应积极争取这方面的支持。为此，国家也制定了对高校捐赠的优惠措施，由财政部和国家税务总局下发的文件（财税〔2004〕39号）规定，自2004年起对纳税人通过中国境内非营利团体、国家机关向教育事业的捐赠，准予在企业税前扣除，这项政策的出台对独立学院的筹资也是有积极意义的。独立学院的资金来源是非财政性资金，这就要求学校在经济允许的条件下，从每年的收益中提取部分经费成立学校的发展基金，通过基金的运作和管理增加基金基数和投资收益，为学校的长远发展奠定基础。市场已呈现出多元化经济并驾齐驱的局面，这致使以国家为主的高等教育投资体制显现出不协调的一面。高等教育投资多元化，既可改变我国高等教育经费单一的格局，也有利于公立高校与私立高校的竞争与互补，从而达到扩大高等教育资源和不断提高办学质量与水平的目的。(www.xing528.com)
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