目前高校科研经费预算存在的问题及原因不仅可以从科研项目承担个人和单位的主观方面分析，更需要从科研具体实际和国家相关政策的客观方面分析。从单位和个人这一主观角度来看，预算编制是一个复杂的系统工程，编制的前瞻性必然受到编制人员对预算的认识、科目的理解和市场价格变化的掌握等多种因素的影响。一是部分项目负责人对经费预算的严肃性和重要性认识不充分；二是由于大多数项目负责人预算编制常识匮乏，在缺乏科研和财务部门有效指导的情况下，对科研项目经费预算只是凭经验估计；三是高校科研管理部门和财务管理部门参与项目预算编制工作不够，缺乏相关专家进行科学性、合理性的评估；四是有关部门组织的项目经费预算审核，存在财务专家决定科研工作所需经费，简单地按比例核减预算经费的现象，有些项目在研究中需要的费用被核减了的情况也时有发生。从科研实际和国家政策这一客观角度来看，首先科研项目研究往往不是一个短期过程，很多情况事先难以预料，如自然科学类研究往往存在较强的探索性，对于未知的知识和技术研究无法精确估算成本；其次是国家现行财务开支标准的调整往往跟不上经济社会快速发展的实际，如很多国家级科研项目，对科研过程中所使用的材料费和加工费按现行标准提出了明确的测算依据，然而随着社会经济的发展将有很大的波动，可能在几个月的时间内有几倍甚至十几倍的变化，这样必然导致对现行标准的突破，原来预算经费显得不足；最后是目前科研经费预算科目与高校会计体系不相适应，高校是按照事业单位会计准则进行核算，而科研经费的预算项目是按照自定的项目进行管理，两者之间有一定差异，无法做到预算内容与会计核算科目无缝对接。上述原因导致科研项目预算编制不能全面、真实地反映所需的成本，经费支出结构安排不合理，经费支出预算不能反映项目研究内容与进程，预算与实际开支偏差大，这必然导致在项目研究工作开展过程中必须对预算进行调整的后果。
国家为规范科研经费管理，强调“严禁违反规定自行调整课题经费预算。按规定，课题经费预算一经批复，必须严格执行，一般不做调整。由于课题研究目标、重大技术路线或主要研究内容调整以及不可抗力造成意外损失等原因，对课题经费总预算造成较大影响的，可以进行调整，但必须按原程序上报批准后执行。对于课题经费预算科目之间的调整，调整幅度超过10%的，必须按原程序上报批准后执行；调整幅度不足10%的，需在课题结题报告中详细说明调整的理由、金额等情况，并在课题验收时予以确认”。目前，虽然《财政部、科技部关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》中简化了项目预算调整的程序，将部分预算内容的调整审批权下放给了承担单位，但未下放审批权的预算内容调整基本无法实现，这使得部分科研人员不得不降低研究目标、缩减研究内容，简化甚至虚化研究成果。(www.xing528.com)
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