间接成本一般是指为共同目的发生，却难以明确归属到某一特定课题的成本，包括设施占用成本和综合管理成本。2011年9月14日财政部和科技部印发了《关于调整国家科技计划和公益性行业科研专项经费管理办法若干规定的通知》（财教〔2011〕434号），规定：“间接费用是指承担课题任务的单位在组织实施课题过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用。主要包括承担课题任务的单位为课题研究提供的现有仪器设备及房屋，水、电、气、暖消耗，有关管理费用的补助支出以及绩效支出等。其中绩效支出是指承担课题任务的单位为提高科研工作绩效安排的相关支出。”对比以前的规定，此文件中提高了间接费用比例，增加了人员激励性绩效支出。但在实际财务管理工作中，大都将从事科研工作的相当大的一部分资源，如实验室、仪器设备、图书、水、电、暖气等，甚至部分科研材料等从教育事业费中列支，或者将科研中所使用的与教学工作共享的资源象征性地随意在科研中列支一点。由于承担科研项目的间接成本远远高于所提取的项目管理费，许多间接成本难以计入科研项目成本，高校只能依靠教育事业经费来支付，沉重的科研基础设施、科研人员绩效激励以及科研管理等方面的负担造成了高校教育事业经费的紧张。
目前参与国家科研课题的科研人员主要包括有工资性收入的人员、课题实施中聘用的无工资性收入的人员以及咨询专家三类。现行国家科技计划经费管理办法等对这三类人员费用开支分别采取不同的规定，对课题组成员中没有工资性收入的相关人员（如在校研究生）和课题组临时聘用人员支付劳务费用，给临时聘请的咨询专家支付咨询费。对于课题组成员中正式在编的有工资收入（无论工资来源渠道如何）的科研人员不允许列支劳务费用。这种缺乏对在职科研人员工资补偿的科研经费管理制度，无论是对承担科研项目的高校，还是对于科研人员个人都产生了不良影响。一方面，由于对高校科研人员国家没有专门的人员经费拨款，为了调动科研人员的积极性，高校只能自行用学校教育事业费补贴人员工资和进行科研激励，这在一定程度上给高校事业经费带来压力，影响了高校对教学的正常投入和教育质量的保障；另一方面，高校绝大多数科研人员在承担科研项目的同时，都承担有较为繁重的教学任务，而且科研任务大多是超工作量，目前的政策使科研人员的智力付出未能在人员经费中得到有效体现，科研人员的超工作量付出得不到合理补偿，从而导致部分科研人员为了补偿自己的劳务付出，通过虚假票据及虚假合同等手段来获取部分补偿，致使虚列成本支出，骗取国家科研经费等违纪违规甚至是犯罪事件的发生。(www.xing528.com)
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