宗教诉诸信仰，你相信一种宗教，就要接受这种宗教的教义、教规等一切
第一，各不相干。
宗教的起源，至少宗教意识的起源，应该说要比科学早得多。比如，人们无法回避的关于死亡的话题，就给了宗教很大的发展空间。虽然古希腊时代已经出现明确的科学意识，但当时的科学还着眼于对人的知性的探讨上。毕达哥拉斯以数作为世界的本元，虽然已经进入本体论的范畴，但无论是科学还是宗教，当时都还处于很原始的阶段，有着各自的拓展空间，所以两者可以并行不悖。
20世纪，人们认为，对于上帝的信仰与对于物理世界的认识根本就是两回事，宗教（准确地说，是基督教）的工作就在于阐发《圣经》的启示。神学思想家卡尔·巴特在其巨著《教会教义学》中把这一观点付诸实践，全书刻意回避了任何与科学有关的观点和方法，仅以基督教会的信经为基本论题，阐述了五个基本信义，即上帝论、基督论、圣灵论、教会论和救恩论。
第二，尖锐冲突。
冲突的直接引爆点就是哥白尼的日心说。在这个冲突中，教会利用它的权势对科学进行了强力的打压。然而，科学毕竟是科学，最后的结果是教会一败涂地。其后，达尔文的进化论也使得上帝造人的说法丧失了“理论基础”（关于这方面，本书将专章讨论，这里不赘述）。
需要说明的是，近代科学的成功给宗教的打击完全可以称得上毁灭性，不少唯物主义哲学家甚至发出了取消宗教的声音。
第三，强调分家。
按一般人的理解，既然“上帝造人”“地球是宇宙的中心”等天主教的核心概念已经被科学否定，那么，天主教的“大厦”（基础）也就应该坍塌了。结果当然不是这样，因为宗教与人的关系确实是太复杂了。
首先，信徒根据科学的发展对宗教教义作出了新的诠释。比如，伊甸园的故事并非说上帝创造了人这么一个生物体，而是告诉人们一些规矩，比如羞耻心、人与自然的和谐相处等。宗教并不试图回答“怎么样”的问题，只回答“为什么”的问题，而且从一个最根本的层面上解答人们的困惑。
实际上，这涉及人为什么需要宗教这样一个深刻的理论问题。宗教起源于人的无知以及由无知产生的恐惧，所以，宗教给人提供的最大帮助在于精神上的慰藉。一个虔诚的信徒，可以从宗教里获得宁静和希望。虽然后来人的认识能力不断增强，而且许多东西都能通过科学作出唯物主义的解释，但总体来说，人类依然面临着太多未知。
爱因斯坦曾有一个表述，大意是人所知道的东西构成一个圆，人们不知道的东西就围绕着这个圆周。人知道的东西越多，这个圆就越大，但圆周也越长，围绕着圆周的未知也就越多。
科学，至少目前尚不是无所不能的，应该说永远也不可能做到无所不能。从最直接的效果而言，科学主要还是在于解决人与物的关系问题，在许多非物质的层面如感情方面，科学的效果还未能凸显出来。所以，在人们的精神层面，宗教依然牢固地占据一席之地。
另一方面，宗教本身也随着社会的进步不断被完善。像天主教之类在世界范围有影响力的宗教，其基本教义在于匡扶世道人心，引人向善向上，而其中的忏悔更是鼓励人们自省，这都是宗教存在的积极意义。
第四，试图融合。
典型的例子是中世纪哲学家、神学家托马斯·阿奎那。13世纪的经院哲学已经颇成体系，而科学也借助《几何原本》（古希腊数学家欧几里得所著的一部数学著作）的影响力深入人心。所以，阿奎那试图对两者加以融合，以“科学”的方法来阐明神学的道理。
阿奎那提出，信仰和理性是两种不同却又互相关联的获取知识（认识）的途径。研究科学需要信仰和理性，研究神学同样需要信仰和理性。他主张运用理性来理解有关天主的真相，并且透过真相获得最终的救赎。
阿奎那认为，天主的存在并非不证自明，但也并不是无法证明的。他在《神学大全》一书中试图证明天主的存在，而他的具体证明方法含有明显的《几何原本》的印迹。
他首先提出了五个天主可能具有的属性。
第一，天主是简单的，没有各种组成的部位，例如身体灵魂、物质或形式。
第二，天主是完美的、毫无破绽的。天主与其他事物的差异在于完美无瑕这个特征上。
第三，天主是无限的。天主不像其他事物一般有着实体上、智能上或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。(www.xing528.com)
第四，天主是永远不变的，其本质和特征是无法改变的。
第五，天主是一致的，天主自身并没有多样的特征存在。
这显然类似于《几何原本》的公理。其后，他从五个方面证明天主是存在的。
其一，从事物的运动和变化方面论证天主的存在。事物的运动和变化都是由其他事物引起的，但第一个事物的运动和变化是哪里来的？因而，必然存在一个不受其他事物推动的第一推动者，那就是天主。
其二，从动力因的性质方面论证天主的存在。现实世界中存在一个动力因的秩序，然而，我们却找不到一个自身就是动力因的事物。这个自身的动力因，或说第一动力因，就是天主。
其三，从可能性与必然性方面论证天主的存在。事物的存在不仅是可能的，而且一些事物的存在还具有必然性。这些必然存在的事物，其必然性是由其他事物引起的。由此上推，就不得不承认有一个东西，它自身就是自己存在的必然性，这就是天主。
其四，从事物中发现的真实性的等级方面论证天主的存在。一切事物都存在美好、真实、尊贵等等级上的差别，那么一定存在一个最美好、最真实、最尊贵的事物，这个事物也只能是天主。
其五，从世界的秩序或目的因方面论证天主的存在。人或其他生物，其行为总带有一定的目的性。整个世界就是由一个指挥者指挥着，按照一定的目的、遵循一定的秩序活动着。那么，这个指挥者是谁？当然是天主。
从今天的角度看，阿奎那的论证无疑是牵强且缺乏说服力的，他只不过是采用仿科学的方法（准确地说，是仿《几何原本》的方法），为天主的存在寻找一些理由。然而，这种有明确意识的仿照已经足以说明神学界对科学思想的重视：天主或上帝已不是一个单纯的信仰问题，而是要力图诉诸理性，寻求科学的证明。
天主或上帝已不是一个单纯的信仰问题，而是要力图诉诸理性，寻求科学的证明
从文明史角度看，这无疑体现了一种进步，即反映了人们对于理性的尊崇。我们今天已经意识到天主（或上帝）存在或不存在的问题，至少目前都无法用科学或哲学的方式予以证实或证伪，这只能是一个诉诸信仰而非诉诸理性的问题。但是，今天对于宗教观念的这种信仰认识，与阿奎那之前的信仰认识已经有本质的区别。
今天，关于科学与宗教融合的声音主要还是来自于科学家。科学发展到今天，已经深深意识到自己的“无能”，比如人类的死亡，如果按照纯科学的理解，那就是一种不可逆的毁灭的物理现象。然而，这样一种“科学”的解释不但让人很难接受，而且从更深层次分析，它对于现世的人所引发的一系列负面问题，比它所解决的这个物理学问题要复杂得多。虽然今天可以借助技术的进步给人们的物质生活带来极大的丰裕，但是，我们却很难相信自己的内心也因此获得了相应的充实感。由于技术效应的双重性，环境和核武器等甚至造成了人类的普遍恐慌。
所以，科学家也希望宗教能够向科学提供帮助，并努力推进两者的对话。恰如本书的主题，科学能够改变人的生活，然而，宗教却可以改变人的生命。对于一个虔诚的宗教信徒而言，他对生命意义的理解，乃至于他对于生命的处置方式，都与其宗教信仰密切相关。
对于中国人来说，最困惑的一个问题是：既然科学已经无可辩驳地证明人不是上帝创造的，那么，为何一些声名卓著的科学家还会信仰宗教？他的关于上帝造人的宗教信仰与关于进化论的科学知识研究，是如何做到协调统一的？
其实，严格来说，所谓“无可辩驳地证明”的说法本身就是武断的。就算世人已经普遍接受关于人类起源的进化论观点，但是，作为以探究终极原因为己任的宗教，它依然在世界起源这个议题上享有相当的话语权。目前最流行的科学观点是所谓的大爆炸宇宙论，即宇宙起源于一次大爆炸。且不说这一理论本身缺乏严密的科学确证，就是这一假说本身，那种神秘的大爆炸的一瞬，类似于牛顿的上帝第一推动之说，同样成为人们愿意考虑的一个选项。
另一方面，宗教本身也因应科学的发展而有了相当大的改变。神学家仍在宣讲上帝造人之类的教义，但从本质上讲，他们已经放弃以神学观点来解释自然现象。他们普遍采取的态度是不再认为通过对自然的研究可以加深人们对上帝的认识，而是认为，正是由于对上帝的信仰，促进了世人对自然的研究。许多大科学家就是从这个角度坚持自己的宗教信仰的。
1988年6月，在梵蒂冈举行的“当代神学与科学对话”的国际会议上，时任教皇约翰·保罗二世就表态说：“科学可以使宗教免于谬误和迷信；宗教也可以使科学免于偶像崇拜和虚假的绝对主义。它们彼此可以把对方吸引到更广大的世界之中，在这个世界之中，二者都可以兴旺。”
科学史的发展也表明，宗教在科学研究中的积极作用也在于信仰这种精神魅力。
第一，科学研究本身很难说有多么强的功利性，尤其是一些纯理论研究。在当年那个时代，或许可以为研究者带来荣耀或某些桂冠，但未必能带来现实的物质利益。第二，科学研究是一件很辛苦的事情，且具有极大的风险。在这个问题上，真不能说“有多大投入就有多大收获”，机缘、运气、灵感等难以琢磨的因素都在科研活动是否成功中起着相当大的作用。所以，一个人要投入科学研究，一定需要对科学研究有一种信念、执著。这方面，许多大科学家都坦率地承认：是宗教或上帝，赋予了他们这种信念和执著。
比如，哥白尼的日心说给了天主教致命的一击，但哥白尼却虔诚地信奉上帝。他研究天文学的目的就在于更好地理解上帝。他在其划时代著作《天体运行论》中引用了柏拉图的话——“任何人缺乏关于太阳、月亮和其他天体的必不可少的知识，都很难成为或被人称作神职人员”，从而得出结论——天文学“与其说是人文的倒不如说是神灵的科学”。
再如，弗兰西斯·培根是实验科学的创始人，他认为科学研究应该使用以观察和实验为基础的归纳法。然而，他依然认为：“感觉犹如太阳，展示了大地的面貌，却遮掩了天国的情况。” 因此，人类要想获得真正的、可靠的知识，必须“抛弃人类理性的小舟，登上教会的大船，只有这只大船才有正确地指出航程的神圣的指针”。
牛顿就更不用说了，前面已经引述，他说过：“我的一生，就是在为证明上帝的存在而工作。”他在其《光学》一书中也说：“自然哲学的主要任务，是从现象出发，而不是臆造假说，从结果推到原因，一直推最初的第一因，这第一因肯定不是机械的……从现象中不是可以看出有一位神吗？他无实体，却生活着，有智慧而无所不在。他在无限空间中，正像在他的感觉中一样，看到万物的底蕴，洞察万物，而且由于万物与他泯合无间， 还能从整体上领会万物。”
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