1.立法目的不明确。（1）“维护秦岭水源涵养、水土保持功能，保护生物多样性”的规定意图穷尽秦岭的生态环境功能，但并没有包含秦岭的全部生态环境功能。如调节气候、森林炭汇与造氧等功能。（2）“规范秦岭资源开发利用活动”的规定具有鲜明的经济色彩和传统环境法“经济优先”的旧有痕迹，容易导致开发失序，影响秦岭生态环境。（3）“促进人与自然和谐相处”的规定，反映了在对待自然上“主体支配客体的错误理念”，不能完全做到“尊重自然、敬畏自然、顺应自然”的生态文明新理念。
2.法律原则含义混乱，难以操作。（1）把“坚持统筹规划”作为第一个法律原则，但到底是“统筹规划”环境保护，还是“统筹规划”“合理利用资源”，规定的并不清楚，很容易导致孰先孰后的认识混乱。（2）“科学利用”也存在一定的矛盾性。因为不明确“利用”的是环境生态，还是山林矿产。“利用”的主体是单位、个人，抑或政府？但不管是谁，都很难逃脱个体的局限性甚至自利性，并产生违背自然的利用活动。（3）“严格管理”主要针对已有的开发项目，无从解决项目初始的“合法性”问题，极易导致“以罚代管”，难以从根本上消除开发对秦岭生态环境的破坏。
3.财政扶持手段的规定过于原则，流于形式。（1）第9条规定了两项经济扶持手段：专列财政预算；建立专项资金，均为原则性规定。如何建立，资金来源，资金额度，实施主体，扶持的对象和范围、资金取得程序等没有明确规定，经济扶持手段不具有现实操作性。（2）第10条规定的建立生态环境补偿机制，但补偿什么？谁来补偿？补偿给谁？怎么补偿？也没有作出明确规定。具体补偿工作只能靠随机性政策来勉强“兑现”，很难补偿到位。
4.水源保护存在明显的制度缺漏。对“饮用水水源保护”的规定均指向的是当地城市集中式饮用水水源的保护，并不包括南水北调中线工程引水水源的保护。自然保护区及旅游景点水源保护、小村庄及分散居住的农户、山区农家乐饮用水水源保护等，都缺少针对性的规定。不仅影响秦岭地区人民群众的饮水安全，对南水北调中线引水、对秦岭水资源的可持续利用都存在较大影响。(www.xing528.com)
5.法律责任不完全，缺乏系统性、完整性。（1）对政府及其工作人员的责任只有第75条的规定，基本的责任形式只有“给予行政处分”一种，并未明确适用的条件和具体责任形式，法律责任明显偏轻。（2）针对单位的责任，主要是“取缔”“责令停止”违法行为，并处罚款等。没有明确违法单位的“生态修复责任”，以及针对单位的罚款额度最高只有200万元以下，甚至不抵一套违建别墅的价格，设置的违法成本明显偏低。（3）法律责任难以覆盖相关权利义务规定。如山区村庄不统一收集垃圾、建设排污设施；未经批准在自然保护区开放旅游；单位不按要求植树造林等违法行为都不包括在依法处理之列，反映法律责任的规定具有不完整性。
6.其他具体问题。（1）提高森林覆盖率的规定缺乏强制性。没有相应的提高幅度、时间期限等规定，容易造成对“提高”的扭曲性理解。（2）“秦岭矿产资源开发规划”的审批权赋予省政府，存在“由开发者审批开发规划”的某些痕迹。（3）“根据经济社会发展状况”制定移民搬迁规划未能体现生态脆弱地区环境保护的现实需要和生态文明建设的客观要求，对生态移民的规定不到位。
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