新闻出版总署署长柳斌杰曾提道：“一个产业、一个行业，如果没有资本进来，做大做强就是一句空话。”我国民营图书零售业就长期处于资本匮乏的状态。一般情况下，民营书店只要有存货囤积，资金就很难周转，并且融资相当困难。零售商们也试图开展规模经营，也是由于资金匮乏和经营水平有限导致无法进行。资金不足导致网点小、品种少，对消费者不具有吸引力，对于出版社而言民营书店也是散兵游勇，造成了其旧书囤积、新书不进，严重影响销售。
就实体书店而言，近年来随着地价上涨，大都有“租金之殇”。就以国营性质的三联韬奋书店为例，其经营面积约为1400m2，以每天每平方米8元的房租计算，一年的房租大概有400万元，而在免其房租的基础上，2009年三联韬奋书店的营业总额仅为1000万元，可见，高昂的房租成本已经占到全年营业总额的一半。后书店负责人决定将门面的二楼租给“雕刻时光”经营咖啡以后，书店才勉强挽回亏损的局面。拥有16年历史的著名学术书店风入松书店由于销售额持续下滑，难以承担每个月5万元的房租，只能大幅缩小其经营面积，离开地价较高的地段，另寻新址安身。而新华书店体系则不同，它们拥有自己的地产，又有地方政府的保护政策，不但不用为高额的房租成本发愁，反而还愈来愈受益于地产涨价所带来的巨大收益，这些优势是民营实体书店望尘莫及的。[2]
就网络书店而言，目前正处于市场的开拓期，需要大量的资金来源来支持市场的开拓。并且，我国绝大多数网络书店都属于民营性质，随着国家出版发行政策的逐渐放宽，网络书店也逐渐进入了新一轮的发展机遇期，投资活动日趋活跃。但同时也面临了融资困难的现象，除网络书店申请获得银行贷款比较困难以外，且同行之间的拆借也难以实现。另外，网络书店还在税收方面存在问题。在网络书店这一新兴的电子商务运营方式作用下，传统的商业经济管理模式和运作方式不再合时宜，特别是现行的税收制度、税收管理模式受到了巨大的打击。虽然目前我国的电子商务活动仍然处于初级阶段，一些商业基础设施仍在建设和完善中，但在民营网络书店这类B to C或C to C商业模式中，在线支付平台的交易数额虽然还较少但已经出现，并且将成为未来网上购物支付的一个趋势，而相应的诸多有关这方面的税收问题尚未解决，是一个值得在实践中不断摸索、积累和探讨的问题。[3](www.xing528.com)
总体来说，民营书店在开源方面，由于创办初期就缺乏资本积累，且多以传统经营方式为主，资金的筹措本身就是一个难题。再加上国家对民营书店的政策就是只提供短期贷款，无形中又增加了民营书店的贷款利息，加重了负担；在节流方面，民营书店在房租、员工、水电、物流配送渠道等各方面的支出都不能与新华书店同日而语，没有受到任何的，比如减免税收、补贴房租等方面的政策支持。不管是实体书店还是网络书店，在资金的开源和节流上都存在较大的问题，民营图书零售业的资金已经成为发展中遇到的最大的问题。
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