2011年10月，全国最大的民营连锁书店——光合作用连锁书店宣布倒闭，有业内人士分析其破产的原因，除了刚才提到的“租金之殇”的问题之外，更重要的是由于其较为盲目的、高速的业务扩张和试图多元化经营的投资失败所导致的现金流断裂，同时它又缺乏后续资金的保障来抵御最后的风险，还要支付图书供应方大量的货款，其“猝死”也不足为奇。[1]
光合作用连锁书店反映的不只是其自身的问题，大部分的实体书店在其走上较为稳定的发展之路后，大都开始盲目地追求规模化经营，以实现更大的利润，其经营的图书品种甚至上千种，涉及的供货方有几十家、上百家。这样，图书零售商只看到了图书销售流通速度的不断加快，业务量的不断增加，但是其自身的很多基础性服务工作都做得相当不到位。有些图书在民营书商手里差不多两周卖不动就要下架退货，这时，新华书店与网络书店所具有的“长尾优势”在这里反而变成了其短板与软肋。因此，民营书店与上游出版商的业务合作就停留在了流水账一般的浅层次上，丝毫深入细致不了，这在一个方面也会引起出版社的不满，觉得零售书店不重视出版社的图书，久而久之，这种运作模式与合作态度必然会导致业务效量的不断走低。
同时，目前我国的民营图书零售企业90%以上都是中小企业。在经营规模上，民营书店大多是由“家族式”个体资本发展而来，决定了其类似于一家一户的散户经营形式，很难形成合作，在管理水平上，经营者大都是出资者，企业的发展全凭出资者的个人能力，管理者们也大多不是专业出身，没有建立现代企业管理的制度概念，不擅长对企业进行经营管理，完全市场经济制度下的职业经理人制度，以及所有权和经营权的分离根本无法实现，经营管理随意性强、规范性差。一旦书店开始扩大经营规模，就容易产生各种问题。(www.xing528.com)
另外，现在国内大多数零售书店没有基于自身发展特点与优势的思考的准确定位，店内几乎任何类型的书都可以看到，所以图书杂而不精，失去了自身经营特色与品牌，一方面读者在查找图书的时候就会很费劲，造成消费者看书、挑书、选书的困扰，另一方面，书店满足不了消费者的购买需求，顺理成章地也就必然是书店经营业绩不佳。北京市海淀区图书城的一家特色书店——九章数学书店，专门销售数学类图书，其他种类一本都没有，但是九章数学书店每天门庭若市，前来购书的学子、家长、学术研究者络绎不绝。
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