2015年司法部、原环境保护部联合出台的《关于规范环境损害司法鉴定管理工作的通知》第2条鉴定事项提到，环境诉讼中需要解决的专门性问题包括：①确定污染物的性质；②确定生态环境遭受损害的性质、范围和程度；③评定因果关系；[21]④评定污染治理与运行成本以及防止损害扩大、修复生态环境的措施或方案等。从语义上看，第三项“评定因果关系”更倾向于法律判断而非事实认定，且法律上的因果关系与事实上或科学上的因果关系并不等同，将其纳入鉴定事项似有篡夺法官法律审判权之嫌。这主要是因为环境污染损害中污染源和污染结果复杂多样，污染发生的作用原因复杂，科学机理较强。绝大多数法官在缺乏专业环境鉴定的支撑下无法作出正确的法律判断，因而将因果关系鉴定纳入环境污染损害司法鉴定事项乃是现实需要。
在“魏某、姜某污染环境案”中，[22]魏某的辩护人辩称：“倾倒行为与损害之间的因果关系并未查清，也就无法查清环境污染造成的损失。”一审法院在判决时认为，公诉机关并未提交证据证实倾倒的废酸与龙泉水务有限公司设备损坏之间是否具有因果关系，因而支持了辩护人的该辩护意见。对比之下，在“盛某等人污染环境案”中，[23]江苏省环境科学学会对涉案环境污染损害作出技术鉴定，并由鉴定人出庭说明情况，对环境污染损害评估的方法及结论进行了详细解释。出具的《淮安市淮阴非法倾倒废事件环境污染损害技术鉴定报告》补充说明了倾倒行为与损害结果的因果关系，有力地反驳了辩护意见。(www.xing528.com)
可见，因果关系为各环境污染损害刑事案件中的重点问题，因果关系鉴定并非对案件审判盖棺定论，而是作为科学证据以证明案件事实，形成和增强法官心证，真正的法律判断权仍全然掌握在法官手中。与此相似的还有医疗损害司法鉴定中医疗过错行为与损害结果之间的因果关系鉴定。
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