从当前高校财务管理模式实施的效果来看，主要存在以下几个问题。
与政府层面的法律法规一样，高校财务管理模式的实施，也存在着责、权、利不统一的问题。而且制度性的责、权、利脱节，会使高校的财务管理在出现问题以后，相关部门推诿扯皮，责任难以认定。这是高校财务管理模式制度设计的明显缺陷，也为其实施带来了困难。在高校内部，虽然二级单位也有较明确的内部经济责任制度，也要进行年终考核，但考核往往形同虚设，考核结果皆大欢喜。设备的管理不善、丢弃，资产非正常报废、被盗，重复建设、盲目建设的基建项目不查不问、无人负责，甚至在高校因某些人的工作失职发生几十万、数百万甚至上千万的严重经济损失时，当事人往往也只是受到象征性的经济处罚。虽然在高校中也设立了纪检、监察、审计部门，但却不能落实各部门在监督经济责任制度中的具体责任，责任不明确、不细化，造成了无人追究责任、无人负责的现象。
同时高校管理信息环境的建设落后也成为制约高校发展的瓶颈。高校办学规模扩大，管理部门增多，各部门根据各自的业务运作特点和管理需要分别建立起本部门的信息系统，这些系统口径不一，又没有统一的信息编码标准，加大了数据交换的难度，使得信息共享程度低，校级财务管理部门无法及时、完整地获取经济事项的各项数据。另外，各高校出于对财务信息安全性和机密性的考虑，基于校园网的财务信息综合查询系统普遍未能建立，校内其他部门也无法及时获得有效的财务信息。
（二）高校财务管理理念问题
高校财务管理理念问题，首先表现在高校对财务管理的重视不够。随着高校经济业务的复杂化，各类决策行为更加依赖于有效的财务管理，然而我国高校的财务运行中长期存在着重核算、轻管理的现象，学校及财务部门对经济业务的记录与核算十分看重，而对资金的来源、运用、效益等缺乏必要的分析。虽然可提供有关期间和时点的财务基本信息，但在进行财务管理时缺乏科学、系统的评价指标。长期以来高校采用的财务管理指标大多为主管财政部门要求报送的“财政教育支出总量及其所占比重”“公共财政教育支出结构”“教师总量”“学生总量及结构”“教育行政事业性收费总量及结构”等固定指标，缺乏科学的高校财务运行评价指标，特别是对高校在地区文化发展及区域经济发展的推进作用等非财务因素缺乏考虑。另外，对财务指标的解读也只是停留在对财务信息的简单解释，忽视财务数据间的内在联系，对资金的状态、结构、效益缺乏系统分析，无法科学地考核学校整体和各部门资金的使用效率，对高校经济活动和事业发展状况缺乏规律性认识。
高校对财务管理的重视不够还表现在对财务管理人员队伍建设的重视不够。教学和科研一直是高校的中心，很多高校把博士学位和较强的科研能力作为招聘教师和科研人员的标准，而对于财务人员的学历水平、专业素质却很少做出规定，财务人员往往由引进人才的家属等构成，很少通过正规程序招聘，专业素质较低；在财务部分负责人的安排上也经常出现外行领导内行、外行管理内行，财务处长不具备财务管理知识的现象。
其次，公办高校管理者往往对高校的独立法人地位认识模糊，缺乏市场经济条件下的经营效益意识，致使资金效益低下，财务风险不断加剧。就拿银行贷款来说，前几年在大规模新校区建设的风潮中，部分高校缺乏对举债收益与风险的谨慎评估，缺乏对财务效益的清晰认识，盲目攀比，利用银行对公办高校的信赖超额取得长期贷款，期望通过扩招后增加的学费收入来偿还贷款，而没有考虑长期贷款的利率风险、融资成本等问题，导致现在很多高校不得不背上沉重的债务负担，发展无力。
（三）高校财务管理内容问题
1.预算管理不完善
高校财务预算管理是采用价值形式对高校经营管理活动进行的预算、调节、决策和目标控制，是集事前、事中、事后管理为一体的一种监督控制方式。做好高校财务预算管理，对保障高校各项工作运转具有十分重要的意义。然而目前部分高校预算管理理念陈旧，预算编制方法不科学，预算执行监督约束不力。预算编制主要采用“基数增长法”，虽然简便、易行，但缺乏公平性、科学性；预算管理的全员参与理念并未获得认可，编制好的预算大多不需通过全校教师代表大会讨论；纪检、审计部门的预算执行监督工作形同虚设，财务预算与预算实际执行情况不符的现象时有发生；在预算执行过程中存在只重视支出预算而忽视收入预算的现象，预算管理无法做到事前、事中、事后的全面控制，预算执行随意，削弱了预算管理的约束力，削弱了预算管理在财务管理中的职能和作用。(www.xing528.com)
2.办学经费短缺、预算外资金管理不善
目前，我国高校经费来源单一，办学经费短缺。公办高校的财政补助作为高校办学经费的主要来源占学校总经费的比重在不断下降，重点研究型大学还能够争取到一定数额的科研经费，而且学校获取的社会资助捐赠也相对较多，然而对于大多数普通的教学型高校而言则缺乏这方面的优势。这类学校的自主创收能力有限，在财政拨款不断下降的情形下只有更加依赖学费收入，但是学生欠费现象严重。随着我国高等教育从精英教育过渡到大众教育，高校招生规模不断扩大，不可避免地增加了贫困生的人数和比例，同时高校财务管理制度的缺陷也使得恶意欠费的学生比例不断增加。另外，我国缺乏高校处理欠费学生的政策、法律支持，社会公众对待欠费学生也比较宽容，从而使得高校在解决此项问题上不能形成有效的制约机制，致使学生欠费问题在各个高校日益普遍、日趋严重，造成学校教育经费短缺，影响和制约了学校的发展。
另外，预算外资金在高校综合预算收入中所占的比重在不断上升。在高校财务管理不利的情况下，预算外资金在账外循环，形成“小金库”和“账外账”，给高校发展带来了严重的危害。首先，下属二级单位的预算外资金创收自收自支，造成学校国有资产的严重流失，对学校的决策和发展形成误导。其次，因高校多项改革均与经济利益调整相关，预算外资金管理不善严重阻碍了改革进程，特别是不利于推进高校后勤社会化。最后，“小金库”和“账外账”追求小集体甚至个人利益，致使学校财务管理失控，造成校内经济秩序混乱，同时也滋生了不正之风和经济腐败。总之，预算外资金管理不善给高校财务管理工作带来了难题。
3.固定资产管理低效
从财务管理的角度看，目前高校固定资产的显性和隐性流失均没有引起足够的重视，存在重购置轻利用、重占有轻流通的现象。在不采用完全成本核算、占用资源与收入分配不挂钩的情况下，不能做到固定资产在全校范围内的资源共享，使得学校购置的设备往往为某个部门所占有和使用，致使资产使用效率低，浪费现象突出。高校内的每一个部门根据其职能，掌握着数量不等的固定资产，形成收益，同时也需要少量经费进行维护。二级单位利用所掌握的固定资产，譬如利用体育场馆设备、音乐器材、美术器材等办班创收，把教室、实验室、学生宿舍、礼堂、办公用房等对外出租收取租金等等，调剂利用，以增加办学经费，改善办学条件。其实这本身无可非议，问题是各部门的资产性质、数量各不相同，资产收益部门化，很容易造成高校内部资源配置的不均衡，不同部门的职工收入不均衡，从而导致教职工心理失衡，影响其工作积极性。另外，允许二级单位运用所辖资产创收，很可能引发二级单位在学校总体资产不足、正常的教学科研活动得不到满足的条件下，利用学校的有限资产进行创收，进而影响学校的正常教学科研活动，造成教学质量的下降。同时，固定资产的出租出借等非常规使用必定使得资产的维护和保养费大量增加，损坏、丢失的可能性加大，如果不在财务管理中按照收益配比原则明确相应的管理和财务支出责任方，很可能导致高校资产的流失。
（四）高校财务管理制度问题
1.高校会计核算的收付实现制基础
目前，我国高校执行以收付实现制为基础的全额事业单位会计制度。在收付实现制度，当现金收到或付出时只记录收入的实现和费用的产生，而收入和费用的归属期间与现金收支行为的发生与否是紧密地联系在一起的。换言之，现金收支行为在其发生期间全部记作收入和费用，而不考虑与现金收支行为相关联的经济业务实质上是否发生。在这种记账基础上，高等学校财务报表中的收支只是以现金实际收支的部分，并不包括当期已经发生但尚未用现金支付的部分，无法全面、客观地反映高校的财务状况。这与国际惯例不相符，国外高校普遍以权责发生制为核算基础。
2.校长领导下的总会计师负责制推行不利
教育部出台的《国家中长期教育改革和发展规划纲要》第58条，是继原国家教委1987年制定的《高等学校总会计师工作试行规程》后，再次要求在我国高校推行有关总会计师制度的文件，但目前我国设立总会计师岗位的高校寥寥无几。在高校债务不断增加的情形下，为缓解债务压力，不少高校选择合作办学、吸引社会投资等方式，将闲置的土地资源、人力资源、知识产权资源等与合作方组合。在此过程中，如果学校内部没有专业人士把关经济合同的签订，很容易带来经济风险，加重高校的财务压力。而目前我国非经管类高校的财务管理力度不强，分管财务工作的校长、副校长大多数不是财务专业人士，高层次财务管理工作实施起来存在较大障碍。同时高校虽然以教学科研为中心，但涉及的工作很复杂，像一个小社会，绝不是一般事业单位财务管理的单项内容。总会计师负责制的推行不利影响了高校财务管理水平的提升。
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