涉外合同及与港澳台地区有关的合同纠纷包罗万象、纷繁复杂，不能概用《法律适用法》第41条调整。对特殊合同，《法律适用法》等法律规定了专门的法律适用条款，特殊合同应当适用专门法律适用规则确定准据法，特殊规则不足以调整时方可适用《法律适用法》第41条。实践中，特殊合同争议弃特别规定适用《法律适用法》第41条的情况并不罕见。
台湾地区居民王耀钦与长安国际信托股份有限公司（以下简称“长安信托公司”）信托合同纠纷案的性质是一起信托合同争议。[131]2011年4月，王耀钦和长安信托公司于签订了一份信托合同，合同履行过程中出现亏损。王耀钦认为长安信托公司存在违约行为，应该依据合同法解除合同，同时要求信托公司全额返还其支付的信托资金。双方协商未果，王耀钦诉至法院。一审、二审法院都认定本案性质为信托合同纠纷，但都依据《法律适用法》第41条规定适用当事人选择的中国法律作为准据法。《法律适用法》第17条专门规定了信托合同的法律适用，本案应适用专门规定，不应适用《法律适用法》第41条。
香港地区居民戚务诚与陕西省宁陕县冰晶顶旅游开发有限公司（以下简称“冰晶顶公司”）合同纠纷上诉案是一起合资合同案。[132]2013年4月24日，双方当事人签订了《冰晶顶理想人居生态旅游度假工程联合开发合同》，约定共同投资开发旅游项目。就戚务诚的投资，冰晶顶公司承诺用项目的股权作为质押保证。合同履行过程中，戚务诚认为冰晶顶公司没有履行出资义务，双方发生纠纷涉讼。法院认为，本案是涉及香港地区的合同纠纷，合同当事人在一审过程中所适用的法律都是中国法律，且本案《联合开发合同》履行地在中国境内，依据《法律适用法》第41条规定，本案应适用中国法。法院确定准据法过程中没有意识到本案是涉及香港地区的合同纠纷，应适用《合同法》第126条第2款规定确定准据法，法律适用规范选择出现了错误。(www.xing528.com)
智义投资有限公司（以下简称“智义公司”）与傅际综转让鑫隆石油设备有限公司（以下简称“鑫隆公司”）股权纠纷一案的法律适用亦未区分一般合同与特别合同。[133]2004年7月28日鑫隆公司注册成立，系中外合资经营企业，傅际综是持股比例最大的股东，智义公司也是该公司的股东之一。2015年5月27日，智义公司作为卖方与买方傅际综签署一份股权转让协议，约定：智义公司将其持有的鑫隆公司的24.5%股权中的20%转让给傅际综，股权转让的价款为8000万元。该协议第9条第12款约定：本协议的订立、效力、解释、签署及其项下产生的任何争议的解决应适用并遵守中国法律。一审法院认为：本案系涉港股权转让纠纷，双方当事人在股权转让协议中约定协议项下争议的解决应适用中国法律，该约定符合《法律适用法》第41条之规定，依法予以确认。本案的实质是合资公司法律关系下的纠纷，法院将该案争点定性为一般合同纠纷并依《法律适用法》第41条确定适用中国内地法律，这在一定程度上混淆了一般合同和特别合同，该案争点为“法人内部事项”问题，应考虑适用《法律适用法》第14条第1款规定确定准据法，本案是中外合资经营企业合同股权转让纠纷，应适用《合同法》第126条第2款规定确定准据法。
高兰香、丁静等与河南职工国际旅行社、河南新华飞扬国际旅行社有限公司旅游合同纠纷上诉案，[134]法院将该案定性为一般合同纠纷，依据《法律适用法》第41条确定适用中国法律。本案为旅游合同纠纷，实质是消费者购买旅游服务，故应定性为消费者合同纠纷，应适用《法律适用法》第42条规定确定准据法。
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