父母与代孕子女的法律关系极其复杂。在代孕关系中，代孕子女的父亲可能是以下三者之一：基因母亲的丈夫（婚生推定）、基因父亲（精子捐赠者）和意向父亲（代孕委托人）；母亲可能是以下三者之一：代孕母亲（生母）、基因母亲（卵子提供者或者捐赠者）和意向母亲（代孕委托人）。各国法律对代孕子女父母确认的规定不同，2015年《爱尔兰儿童和家庭关系法案》规定代孕母亲是代孕子女的母亲，不考虑代孕子女的基因因素。2015年波兰实行的试管婴儿技术和其他辅助生殖技术登记规则规定委托父母是代孕子女的法定父母。各国代孕子女父母确认法律规定不同可能导致代孕子女有两个父亲或者两个母亲。
各国法律对代孕子女父母关系规定不同，学者认定代孕父母子女关系理论也存在差异。有学者主张契约说，跨国代孕以合同为基础，委托父母与代孕中介机构签订代孕协议，委托父母支付全部代孕费用，中介机构寻找代孕母亲，通过医疗机构植受精卵入母体，代孕母亲孕育生子。代孕子女的出生是履行代孕协议的结果，委托父母出资是义务，获得代孕子女父母身份是权利，应当尊重当事人之间的代孕协议，在法律上确认委托父母为代孕子女的父母。有学者主张基因说，以代孕子女的遗传基因确定父母身份，卵子提供者为母亲，精子提供者为父亲。有学者主张分娩说，按照罗马法“谁分娩，谁为母”的原则确定代孕子女与父母的关系，孕育代孕子女的代孕母亲应被视为代孕子女法定母亲，不论代孕母亲与代孕子女之间是否有生物学上的联系。有学者主张子女利益说，现代社会已不再视子女为父母的私产，不再完全以血缘来确定父母子女关系，应以现代亲子法的“子本位”为基础，由法院根据客观事实，以儿童的最大利益为首要因素来确定代孕子女的父母。有学者主张婚生推定说，推定代孕母亲是代孕子女的法定母亲，代孕母亲的丈夫为代孕子女的法定父亲。[59]有学者主张收养说，依照自然法学的观点，代孕违反自然规律，违反社会公德，代孕者出租自己的子宫以及孕期，就像妓女出卖自己的性器官一样。代孕行为的产生是父权体制之下男性特权的主宰制以及女性生殖功能的被动性所致，这一行为将会导致压迫、剥削、异化、工具化、商品化以及生殖行为的商业化等结果。[60]因此，代孕行为违背公序良俗系违法行为，代孕合同违反公共秩序系无效合同，代孕子女只能通过收养与收养人建立收养关系。
跨国代孕法律关系的复杂性决定了跨国代孕法律适用立法的艰巨性。跨国代孕涉及代孕合同的效力、代孕子女的国籍、代孕子女与委托父母、代孕母亲及精子、卵子提供者的关系、领养、收养、抚养等一系列法律问题，对这一系列法律问题，国际社会尚无统一实体法规范也无统一法律适用法规范。目前，国际社会对跨国代孕的规制停留在政策调整层面，2001年海牙国际私法会议开始关注跨国代孕，启动了以确定亲子关系为主要内容的公约制定工作。海牙国际私法会议关注各国跨国代孕情势调查，截至2017年底，已经公布了5份以跨国代孕亲子关系问题为核心内容的调查报告。2017年1月3日至1月31日，海牙国际私法会议召开专家组会议，专题讨论跨国代孕问题。2015年联合国儿童权利委员会开始结合一些国家的调查报告讨论跨国代孕问题。对跨国代孕公开表态的区域性国际组织只有欧盟，2015年底欧洲议会发布《人权和民主的年度报告》决议，谴责代孕，认为损害妇女尊严，把孕母的身体和生育功能作为商品利用，是为救济利益对人体的生殖功能进行开发和利用，尤其是对于发展中国家处于弱势的妇女，应该作为一个紧急事项予以禁止。
迄今为止，各国立法尚未对跨国代孕法律适用作出专门性的规定，司法实践中，各国法院审理的跨国代孕争议案件，多以默示方式选择应适用的法律，尚无明确通过法律适用规则选择准据法。
跨国代孕合同虽是近年来出现的一种新型合同，但其法律适用同样遵循合同法律适用的一般原则，由当事人合意选择应适用的法律。跨国代孕合同法律适用有其特殊性，多为双方当事人默示选择的代孕行为地法，而且只能选择代孕行为地法。这是因为跨国代孕出现的重要原因是各国对代孕的法律规定不同，有的国家允许代孕，有的国家禁止代孕，禁止代孕国家的委托父母要到允许代孕国家寻找代孕母亲代孕，只有适用代孕行为地法才能保证代孕合同合法、有效，当事人权利的维护和义务的履行才能有法律保障。(www.xing528.com)
跨国代孕的目的，是委托父母以跨国代孕方式获得代孕出生的子女，之后将代孕子女作为自己的子女带回其国籍国或者居所地国共同生活，在法律上建立委托父母与代孕子女之间的亲子关系。委托父母与代孕子女之间的亲子关系不仅要得到代孕子女出生地国法律的认可，同时还必须获得其国籍国或者居所地国家国内法的认可，否则，必然出现“跛足亲子关系”，代孕子女无法进入委托父母国籍国或者居所地国，或者进入委托父母国籍国或者居所地国后无法建立亲子关系，从而影响代孕子女诸多权利的取得。跨国代孕中，代孕子女与委托父母之间的亲子关系要受到代孕行为地法和代孕子女接受国法的双重约束。
各国法律对跨国代孕规定的不同，导致委托父母与代孕子女亲子关系认定的做法有着本质性差异。承认跨国代孕合法化的国家，依据法院地国家法律适用规范或者跨国代孕行为地国家法律适用规范援引实体法，以该实体法来认定跨国代孕亲子关系。跨国代孕行为地国通常是代孕母亲的国籍国、经常居所地国、代孕子女出生地国，澳大利亚（维多利亚等州）、哥伦比亚等国家通常适用这些连接点指引的属人法确定代孕父母与代孕子女之间的关系。
禁止跨国代孕国家的委托父母通常采用请求承认外国法院判决的方式确定其与代孕子女之间的关系。在禁止代孕国家，代孕行为非法，但在禁止代孕国家，同样有代孕的需求，于是出现本国人到国外寻找代孕母亲代孕子女，子女出生后带回本国的现象。为使代孕子女在本国获得法律认可的亲子地位，委托父母大都在代孕行为地国家获得一个确认亲子关系的法院判决，然后回国申请本国法院承认外国法院判决。外国法院作出的委托父母与代孕子女之间存在父母子女关系的判决显然违反本国法律，应以承认外国法院判决违背本国公共秩序为由不予承认。拒绝承认外国法院判决，代孕子女成为无国籍人或者外国人（代孕行为地国家给予代孕子女国籍），本国给予儿童的权益其无法得到，这对代孕子女不公平，因此，维护本国公共利益与儿童利益最大化始终处于博弈之中。在这场博弈中，保障儿童利益最大化最终胜出，许多国家认为承认外国法院作出的委托父母与代孕子女之间存在父母子女关系的判决不违反本国公共秩序。德国柏林法院、上诉法院和最高法院就承认美国加利福尼亚州最高法院作出的确认德国委托父母与美国代孕母亲所孕育的代孕子女存在法律上的父母子女关系所作出的三份判决，真实地反映出博弈的状况。[61]不仅在德国，在日本也出现了同样的现象。2014年，日本公民重田光时在泰国寻找代孕母亲生育了13个孩子，为把这些孩子带回日本抚育，重田光时在泰国曼谷中央少年法庭提起诉讼，请求法院确认其与13个代孕子女具有亲子关系。2018年，泰国法院认可重田光时提供的证据，认为重田光时家族有足够的财力抚养这13名由泰国代孕母亲孕育、在泰国出生的儿童。在所有的代孕母亲放弃母子权利之后，曼谷中央少年法庭确认重田光时享有唯一的孩子的监护权。法院判决做出后，重田光时将13个代孕子女带回日本抚养。[62]
除通过司法程序确认委托父母与代孕子女之间的亲子关系外，法国等国家直接认可代孕子女出生地国出具的证明亲子关系的文件，德国等国家允许委托父母以收养方式收养具有委托父母基因的代孕子女。
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