本次调研吸收了实验研究中将“对照组”和“实验组”进行对比的思路，即将庭审实质化改革试点启动之前2014年的案件作为对照组，[11]将“三项规程”在全国试行后2018年的案件作为实验组。同时，不再进行介入式的试点研究，尽量将观察者对案件本身的影响降低到零，以避免“实验者期望效应”的干扰。这样一来，中国裁判文书网发布的刑事裁判文书反而成为最佳的研究对象。总体的研究思路是，在特定的检索条件下，分别选取一定数量的2014年和2018年的刑事判决文书样本，再通过人工阅读的方式，以裁判文书所反映的特定相关指标为依据，对庭审实质化改革的效果进行量化的观察和对比。
本研究的核心检索条件设定为“对案件事实有异议”和“基层法院”。首先，之所以将研究对象限定为“对事实有异议”的案件，主要是考虑到被告人认罪的刑事案件并非推行庭审实质化的主要对象，将这类案件排除出去，更便于集中精力考察庭审实质化改革的效果。其次，之所以选择基层法院的刑事判决书作为研究对象，有两个方面的原因。一是客观方面的原因：中国的基层人民法院承担着绝大多数刑事案件的审判工作，这是任何严肃的学术研究都不能忽略的研究素材。基层人民法院遍布中国3000余个县级行政区域，自然条件和法治环境千差万别，它们的判决书更能反映中国刑事审判的“原生态”。二是技术方面的原因：短期自由刑大量出现在基层法院的判决，而中级人民法院的量刑基本都是长期刑或者无期徒刑以上，因此以基层法院判决书为研究对象，才有可能对“羁押期限”和“刑期”展开有意义的量化比较。综合上述两个方面的原因， “事实有异议”和“基层法院”成为样本选取的两个核心条件。
具体取样过程如下：首先，以“事实有异议”为关键词检索全文，同时辅之以“刑事案件”“普通程序”“基层法院”“判决书”的类型限定，2014年、2018年的时间限定，可以得到符合上述条件的案件总体。其中，2014年的裁判文书共计2784份，2018年的裁判文书共计3839份。理想的做法应当是对这两个年度的裁判文书进行全样本分析，然而，由于时间、经费和人力方面的限制，只能对其进行抽样研究。为了兼顾置信度，便于观察、比较，笔者按照社会科学的研究规范将拟抽取的两个年度的样本规模统一确定为300个。[12]其次，在裁判文书总体确定的前提下，课题组又运用分层抽样的方法，以确保样本在地区分布上的合理性。[13]具体而言，根据各省份在该年度裁判文书总体中所占的比重即可计算出本年度该省份所应抽取的样本数量。[14]然后，在计算出不同年度各省份的取样数量后，进一步照顾到了样本在时间分布上的均衡性。如果某省份应当抽取的样本数量大于1，则尽量在不同月份之间均衡选取，最终得到2014年、2018年的观察样本各300个。最后，通过人工阅读，再将个别“形式上”符合检索条件但“实质上”并不属于研究对象的问题案例加以替换。比如，被告人在适用简易程序时提出对“案件事实有异议”，依法转为普通程序审理后对指控事实不再提出异议，即属于应当替换的案件。(www.xing528.com)
变量设计，亦即确定每一份裁判文书所应当观察、统计和分析的具体指标。确定指标的标准有二：一是判决书有所反映，即能够通过人工阅读的方式提取出相关信息；二是与庭审实质化相关。根据这两个标准，本研究主要设定了五类指标，包括：（1）辩护情况；（2）庭前会议召开情况；（3）非法证据排除情况；（4）证人、鉴定人出庭情况；（5）羁押期限与刑期情况。每类指标之下按照研究需要再作细分，比如，“辩护情况”需要考察“是否有辩护人”“是否为律师辩护”“是否为指定辩护”“辩护意见采纳情况”，等等。
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