为保护国家领土完整和政治独立、有效行使国家海上主权，国家海上军事力量致力于在内水、领海、群岛水域遂行海上巡逻警戒，制止外国船舶和军用飞机在主权国家水域的非法通过和入侵、协助国家海警部队确保领土管辖权等海上非战争军事行动，以防御和抵制来自海上方向的侵略行为。1982年《海洋法公约》中有关内水、领海及群岛水域的制度性规定是海军维护国家海上主权权益的法律基础。
（一）内水
内水，又称之为国内水域，指的是领海基线向陆地一面至海岸线的水域。作为国家领水的组成部分，其包括被直线基线所划入的海湾、河口、港口等。沿着群岛最外缘的岛屿划定的基线所环绕的水域享有特殊的地位，群岛内的每个单独岛屿有权根据一般规则划出岛屿本身的基线，因此，这些单独岛屿的港口、海湾等也是国家内水的一部分。[35]
沿海国对内水享有完全的领土主权，可自由支配其内水。其他国家的船舶在内水不享有任何无害通过的权利，但那些原来是领水而后被直线基线包围成内水的海域并不适用该规则。[36]沿海国有权对其内水中的外国船舶行使管辖权以执行其国家法律，但该权利受到主权和外交豁免权的限制。通常，对于船舶内部事务一般由船旗国管辖，而因国家利益受损，沿海国须对位于其内水的军舰行使管辖权时必须获得船旗国授权或船长的同意。[37]当然，在实践中各国对在内水管辖权的政策执行存在较大差异。
在沿海国家关于内水的主权问题上，进出港口及港口内外船舶的管辖权问题须重点关注。根据习惯国际法，沿海国有权只将特定港口作为国际贸易港口对外开放，只有那些获得该国同意或通过条约规定允许进入的船舶才有权进入此对外开放的港口，关于此规则的实践可参考1601年的“英格兰贝茨案”。在不违反习惯国际法的情况下，一国可以以保护国家重大利益为由关闭其国际贸易港口，例如出于保护沿海国安全、防止海洋污染、维持港口良好的秩序等目的，然而这些主张关闭港口的理由适当与否很难被证明。
根据《联合国海洋法公约》有关沿海国可设定进入其港口的条件的相关规定，[38]国家在规定进入其港口的条件方面具有很大的自主权。在多边条约，例如在《国际海上人命安全公约》和《国际防止船舶造成污染公约》中也有很多关于国家设定进入港口条件的规定。[39]美国最高法院曾在1903年的“帕特森诉巴克·奥多拉（Patterson vs.Bark Eudora）”案件中指出，“进入我国港口的默示同意可被撤销，如果政府认为此默示同意被撤销的决定是恰当的，那么该撤销期限可以被延长”；[40]国际法院在尼加拉瓜案件中同样也指出，“沿海国基于对内水所享有的主权，可对港口的准入权进行控制”。[41]但是沿海国不能以非常不合理甚至是歧视性的理由限制别国进入其港口，否则就是对权利的滥用，可能需承担国际责任。国际法赋予遇难船舶在保护生命需要的情况下进入沿海国港口或内水避难的权利，这一习惯国际法原则在相关案件判例[42]中也被重申。在特殊情形下，须权衡船只处境的严重性与允许该船只进入内水对沿海国造成损害的可能性和危害程度，而不是一味地扩展允许遇难船只进入内水这一原则。[43]
（二）领海
领海是国家领土的组成部分，受国家主权的支配和管辖。国家在领海享有的主权权利主要包括：开发和利用领海内资源的专属权利；对领海上空的专属权利；在领海海域的航运及贸易权利；制定关于领海内航行、移民、卫生、水域保护等方面规章制度的权利；刑事管辖权和民事管辖权。[44](www.xing528.com)
外国船舶在他国领海可享有无害通过权，即连续不停地、迅速穿过他国领海，但不进入国家内水或驶往（停靠）内水以外的泊船处或港口设施。[45]外国船舶在进行上述通过时，只要不损害沿海国的和平、良好社会秩序或国家安全即被认为是无害的。1958年《领海及毗连区公约》规定，如果通过领海时“损害沿海国的和平、良好秩序及安全”或是不遵守沿海国制定的领海相关法律规章，则此通过就不是无害的。[46]1982年《海洋法公约》列举了12项船舶在领海内通过时损害沿海国和平及安全的行为。[47]潜艇和其他潜水器在通过领海时须在海面上航行并展示本国旗帜，否则也视为有害通过。[48]“外国核动力船舶和载运核物质或其他本质上危险或有毒的船舶在行使无害通过领海的权利时，应持有国际协定为这种船舶所规定的证书，并遵守国际协定中相关特别预防措施”，[49]沿海国可以要求这些船舶在其指定的航线上航行。
军舰是否享有无害通过权是海洋法领域颇具争议的一个问题。西方国家因其海上力量的优势而主张军舰享有在领海的无害通过权，认为如果通过领海的军舰没有从事任何1982年《海洋法公约》第19条第2款所规定的行为，那么这就是无害通过。[50]反对者认为，“军舰未经沿海国同意不得通过其领海，因为军舰不同于商船可能威胁沿海国的安全”。[51]1958年联合国第三次海洋法会议之后，赞成外国军舰在进入其领海前应获得沿海国授权或进行事前通知的国家占多数。国家试图避免在军舰行使无害通过权问题上进行直接对抗，在要求事先授权或事前通知的沿海国，外国军舰倾向于采用与沿海国进行非正式接触的模式。[52]
沿海国在领海的管辖制度主要通过1958年《领海及毗连区公约》和1982年《海洋法公约》确立的。为平衡沿海国和船旗国的利益，1982年《海洋法公约》允许沿海国制定并公布涉及航行、保护电缆和管道、捕鱼、污染、科学研究、海关、财政、移民及卫生管理方面全部或任何之一的法律，外国船舶必须遵守沿海国根据本公约制定的法律法规，并遵守普遍认可关于避免海上碰撞的国际法律规范，[53]这在国际法实践中是确定无疑的。基于领海主权原则，沿海国有权对外国船舶保留立法管辖权，但不得以立法方式阻碍船舶的无害通过。[54]军舰和非商业目的的政府船舶虽受到沿海国立法管辖，但不受其执法管辖。军舰和非商业目的的政府船舶有义务遵守沿海国的法律法规，如果因违反沿海国有关通过其领海的相关规定而给沿海国造成损失的，由船旗国负责赔偿；[55]对于不遵守沿海国关于通过领海的法规且不顾沿海国向其提出的遵守法规要求的军舰，沿海国可要求其离开领海，甚至使用必要的武力措施迫使其离开领海。[56]如果沿海国在其领海内受到外国船舶的攻击，在穷尽其他自卫方法的情况下，可以对该外国船舶实施必要的武力自卫。[57]
（三）群岛水域
《联合国海洋法公约》第46—54条详细规定了“群岛水域”的概念。群岛是指“一群岛屿，包括若干岛屿的若干部分、相连的水域和其他自然地形，彼此密切相关，以至于这种岛屿、水域和其他自然地形在本质上构成一个地理、经济和政治的实体，或在历史上已经被看作这种实体”。[58]群岛国则是“全部由一个或多个群岛构成的国家，并可包括其他岛屿”。[59]按照《公约》规定划法确定的群岛基线所包围的水域，不论深度或距离海岸的距离如何，均为群岛国的“群岛水域”。[60]群岛国的主权及于其群岛水域和群岛水域的上空、海床、底土以及其中的资源。群岛水域的通过问题分为无害通过和群岛海道通过两种。其他国家享有通过群岛水域的无害通过权以及在群岛国海道内的群岛海道通过权，但需要在水域的船舶和飞机毫不延迟地、继续不停地通过。[61]
用于国际航行的海峡是指在国际海运和航行中具有重要价值、两端连接公海或专属经济区的海洋通道。《联合国海洋法公约》第34—45条对“用于国际航行的海峡”作出详细规定，根据适用通行制度的不同，可将用于国际航行的海峡分为：无害通过制度的海峡、自由航行制度的海峡、过境通行制度的海峡、专门条约通行制度的海峡。用于国际航行的海峡的通过制度并不影响海峡内水、领海、毗连区、专属经济区及公海的法律地位。从实践来看，沿岸国对过境通行中的船舶比对无害通过中的船舶拥有更多的管辖权。不过在这两种通行制度下，所有国家的船舶均享有在海峡连续不停、毫不延迟通过的权利，但通过海峡的外国船舶在通过时不得损害沿岸国的和平、良好秩序与安全，不得对沿岸国的主权、领土完整及政治独立进行任何威胁或使用武力。
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