公司的合同纠纷或财产权益纠纷能否申请仲裁，除了前述第一个问题中强调的仲裁协议外，在纠纷发生后更要注意以下问题：
（一）仲裁前的准备工作
1.仲裁时效的认知。仲裁时效是指权利人向仲裁机构请求保护其权利的法定期限，也即权利人在法定期限内没有行使权利，即丧失提请仲裁以保护其权益的权利。仲裁分为商事仲裁和劳动仲裁两个大类。在公司纠纷处理事务中仅指商事仲裁。《仲裁法》第74条规定： “法律对仲裁时效有规定的，适用该规定。法律对仲裁时效没有规定的，适用诉讼时效的规定。”
对于商事仲裁时效，纵观中国现行法律的相关规定，并未见涉及商事仲裁时效的特别规定，由此，依照《仲裁法》第74条的规定，商事仲裁时效适用相关诉讼时效的规定，具体包括：
《民法通则》第135条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为2年，法律另有规定的除外；第136条规定，下列的诉讼时效期间为1年：身体受到伤害要求赔偿的；出售质量不合格的商品未声明的；延付或者拒付租金的；寄存财物被丢失或者损毁的。
《合同法》第129条规定，因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为4年。
《劳动争议调解仲裁法》第27条规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为1年。
2.仲裁时效的计算。仲裁时效期间应从权利人知道或者应当知道权利被侵害时起计算。同样，《民法通则》有关诉讼时效中止及中断的规定也应适用于商事仲裁时效和劳动仲裁时效。在仲裁时效期间的最后6个月内，权利人因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，仲裁时效中止，从中止的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算；权利人提出要求或者义务人同意履行的行为可构成仲裁时效中断，从中断时起，仲裁时效期间得以重新计算。
（二）具体仲裁程序
1.提出仲裁申请。提出申请是仲裁程序开始的首要手续。各国法律对申请书的规定不一致。在我国，根据《中国国际经济贸易仲裁委员会仲裁规则》(2012版）之规定，当事人依据本规则申请仲裁时应：
(1）提交由申请人或申请人授权的代理人签名及/或盖章的仲裁申请书。仲裁申请书应写明：申请人和被申请人的名称和住所，包括邮政编码、电话、传真、电子邮件或其他电子通讯方式；申请仲裁所依据的仲裁协议；案情和争议要点；申请人的仲裁请求；仲裁请求所依据的事实和理由。(www.xing528.com)
(2）在提交仲裁申请书时，附具申请人请求所依据的证据材料以及其他证明文件。
(3）按照仲裁委员会制定的仲裁费用表的规定预缴仲裁费。
2.组织仲裁庭。根据我国仲裁规则规定，申请人和被申请人各自在仲裁委员会仲裁员名册中指定1名仲裁员，并由仲裁委员会主席指定1名仲裁员为首席仲裁员，共同组成仲裁庭审理案件；双方当事人亦可在仲裁委员名册中共同指定或委托仲裁委员会主席指定1名仲裁员为独任仲裁员，成立仲裁庭，单独审理案件。
3.审理案件。仲裁庭审理案件的形式有两种：一是不开庭审理，这种审理一般是经当事人申请，或由仲裁庭征得双方当事人同意，只依据书面文件进行审理并作出裁决；二是开庭审理，这种审理按照仲裁规则的规定，采取不公开审理，如果双方当事人要求公开进行审理，由仲裁庭作出决定，也可以公开审理。
4.作出裁决。裁决是仲裁程序的最后一个环节。裁决作出后，审理案件的程序即告终结，因而这种裁决被称为最终裁决。根据我国仲裁规则，除最终裁决外，仲裁庭认为有必要或接受当事人之提议，在仲裁过程中，可就案件的任何问题作出中间裁决或者部分裁决。中间裁决是指对审理清楚的争议所作的暂时性裁决，以利对案件的进一步审理；部分裁决是指仲裁庭对整个争议中的一些问题已经审理清楚，而先行作出的部分终局性裁决。这种裁决是构成最终裁决的组成部分。仲裁裁决必须于案件审理终结之日起45天内以书面形式作出，仲裁裁决除由于调解达成和解而作出的裁决书外，应说明裁决所依据的理由，并写明裁决是终局的和作出裁决书的日期、地点，以及仲裁员的署名等。
仲裁裁决书和调解书与法院的判决书具有同等的效力，可直接向法院申请强制执行。当事人对于仲裁裁决书，应依照其中所规定的时间自动履行，裁决书未规定期限的，应立即履行。一方当事人不履行的，另一方当事可以根据我国法律的规定，向我国法院申请执行，或根据有关国际公约，或中国缔结或参加的其他国际条约的规定办理。
5.仲裁裁决的执行。仲裁裁决的执行到被执行人住所地或者被执行的财产所在地的中级人民法院申请；如果涉及域外执行，则应到执行当地法院申请启动执行程序，在纽约公约成员国申请执行将不受实质审查，普遍会得到支持。
按照各国仲裁规则的一般规定，仲裁裁决如系在无仲裁协议的情况下作出或以无效的仲裁协议为依据作出的裁决；仲裁员的行为不当或越权所作出的裁决；以伪造证据为依据所作出的裁决；或裁决的事项是属于仲裁地法律规定不得提交仲裁处理的裁决等，当事人可在法定期限内，请求仲裁地的管辖法院撤销仲裁裁决，并宣布其为无效。
以上仲裁程序可用示意图表示如下：
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