面对统治整个国家的问题，阿尔瓦公爵可以寻求三个附属委员会的支持，但没有中央官僚机构。三级会议一直抵制这样的行为阿尔瓦公爵从西班牙带来了一小部分官僚，因为他不信任当地的官员。然而，他带来的官员不通当地语言，只能依赖当地的信息来源，故而经常得到错误的消息，甚至对很多事毫不知情。此外，官僚机构不仅人手不足，还因为内部争论产生了分裂。[14]在这种情况下，机构腐败盛行。这是阿尔瓦公爵意料之中的事，实际上，只要军队能按时得到报酬，他就不关心钱的问题。[15]如果他采取了与十年后的帕尔马相同的宗教战略——让政见不同者要么成为顺民要么移居国外——冲突的结局将截然不同。但阿尔瓦公爵不仅坚决维护罗马天主教信仰，还禁止任何形式的移民。
公爵抵达布鲁塞尔一周后，立即成立了暴动事件委员会。随后的逮捕和审判实际上都是政治性的。他指控那些前一年参与动乱的人犯有叛国罪，借此证明成立该委员会的合法性，说明它不涉及特权问题。表面上，这个由低地国家里忠于国王的天主教徒组成的委员会受阿尔瓦公爵控制，实际上，它的权力掌握在两名西班牙顾问大臣的手中。两名顾问大臣中的一个叫路易斯·德尔·里奥（Lui del Río），他的母亲是佛兰德人，他完全听命于另一位顾问大臣胡安·德·瓦尔加斯（Juan de Vargas），对其言听计从。瓦尔加斯只不过是个普通的恶棍，他在西班牙时被指控虐待继女，来低地国家就是为了逃避西班牙的审判。[16]那些喜欢强调阿尔瓦公爵高贵的绅士风度和文化的人从来不提瓦尔加斯的名字，但若没有公爵的保护，瓦尔加斯就不会如此猖狂，若不是阿尔瓦公爵的权力衰落了，瓦尔加斯也不会离开。瓦尔加斯处决了1037人，下达了11130项没收财产的裁决。[17]死刑判决的数目其实更多，但许多被告人早已离开尼德兰，是在缺席的情况下被判刑的。所有逃亡者的财产都被没收了。这些规则在审判期间得到严格执行，但大量罚款在一定程度上也是因为新的制度需要资金支持。事实上，在阿尔瓦公爵离开后，再没有人被判死刑，这足以证明此前的判断和决定存在偏见。
很快，普罗大众就把法院称为“血腥委员会”（Blood Council）。受害者的人数被严重夸大了。在大众的想象中，委员会采用的酷刑是没有底线的。埃格蒙特伯爵和霍恩伯爵只是两个级别最高的受害者。实行正规法律流程是不可能的。两位伯爵没有纸笔来为自己辩护，也不能与律师交谈。判决可能不是事先设定好的，但不敬君主、损害王权的指控足以使他们死罪难逃。[18]埃格蒙特伯爵的秘书被推上肢刑架，被迫泄露了其主人的政治计划。曾于1566年3月14日在安特卫普市冒着生命危险镇压了一次起义的市长安东·范·斯特拉伦（Antoon van Straelen），同样遭受了可怕的酷刑，被处决了。1567年10月4日，暴动事件委员会判处蒙蒂尼侯爵死刑。十天后，他在西班牙的监狱里被处死，不是根据贵族特权用剑执行，而是被秘密勒死的。冲撞腓力二世是导致他不光彩结局的一个因素吗？我们很难断定，不过腓力二世宣布蒙蒂尼侯爵是自然死亡的。
阿尔瓦公爵强调，所有这些镇压措施针对的都是“反叛者”而不是那些信奉不同信仰的人。他想以此来避免低地国家的受害者们引发德意志路德宗诸侯们的同情。阿尔瓦公爵与德意志新教和天主教的诸侯们保持着通信，向他们保证他的良好意愿，态度亲切但非常坚定。[19]在总督任期快结束时，他越来越多地将自己的使命视为与异端战斗。(www.xing528.com)
阿尔瓦公爵对奥伦治亲王威廉毫不留情。他逮捕了亲王12岁的儿子腓力·威廉（Philip William），将当时正在鲁汶大学（Leuven University）读书的少年作为人质送往西班牙。在那里，腓力·威廉可以在阿尔卡拉大学（University of Alcalá）继续学习，也享有一定程度的行动自由，但直到30年之后，也就是1596年，他才获准返回尼德兰。[20]
与广受憎恶的暴动事件委员会相比，阿尔瓦公爵的积极成就之一是刑事司法的法典化和人性化。鉴于前文所述，我们很难立即将这一成就与公爵联系起来。阿尔瓦公爵蔑视尼德兰的司法惯例他说：“在低地国家，正义是可以买到的，就像从屠夫那里买肉一样。”[21]他指示法学家们将刑法和刑事司法管理统一起来，这一进程的高潮是1570年《刑事秩序》（Criminal Ordnances）的推行。[22]这一成就实际上应该归功于低地国家的法学家。长期以来，他们始终认为分析和协调差异化的法律规则有助于发展尼德兰的中央政府。阿尔瓦公爵非常赞成这一点，并对此进行鼓励。之后，虽然《根特协定》废除了暴动事件委员会和《刑事秩序》，实际上，1570年施行的全新的、人道的刑法在西属尼德兰仍然有效。
对罗马天主教会和天主教徒来说，要想最终任命那些早就被任命但还没有正式举行仪式的主教，阿尔瓦公爵的强大武装是必需的。此外，公爵还要确保那些在荷兰语地区任职的主教可以讲荷兰语。
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