传统上，每位主教座下都有两名官员，即教区审判官，他们调查主教区中是否存在异教徒或异端。教会的秘密改组引发了相关谣言，即国王也想在尼德兰引入所谓的西班牙宗教裁判所。历史上很少有机构能像西班牙宗教裁判所这样，成为如此多寓言和虚构故事的素材。这一切都与黑色传奇（Black Legend）有关。它是一种神话和寓言复合体——部分基于事实，部分完全虚构——用负面的眼光描绘西班牙的历史，这种历史在某些圈子中从古至今一直流行着。[45]西班牙教区审判官的工作方法有严格的规范。该国的大部分人将宗教裁判所的活动视为一种精神上的医疗保健：人们可以证明自己的虔诚，从而制止虚假的指控和谣言。他们中的大多数人不仅不惧怕宗教裁判所，反而对其表示欢迎，而例外的是被迫改变信仰的摩里斯科人（moriscos）和犹太人（conversos）。[43]西班牙的几个著名城市惊现“异端”路德宗集会，这引起了教会内部的惊恐和抱团。[44]砍头和焚烧是惩罚的世俗形式，与之相比，宗教裁判所的方法人道得多：严格制定和遵守审判程序。如果需要用施加痛苦的方式讯问犯罪嫌疑人，那么只有一种酷刑是被允许的：将犯罪嫌疑人的胳膊在背后绑在一起并吊起来。这种刑罚的持续时间和频率都有非常明确的规定，而且有些人具有豁免权，例如，孕妇可以不受酷刑讯问。此外，通过酷刑获得的口供必须经自愿复述才能合法生效。腓力二世从未打算在尼德兰引入西班牙宗教裁判所，他反驳道：尼德兰现有的宗教裁判所比西班牙的宗教裁判所更多、更严苛。怎么会这样呢？
16世纪，持有异议的宗教人士数量增加，故而除了已有的教区审判官外，又任命了教廷审判官。其中最臭名昭著的是彼得·蒂特尔曼斯（Pieter Titelmans）。他于1545年被任命为荷兰和佛兰德法语区的审判官，在此后到1566年的20余年间，他处理了1500多件异端案件，其中127件以死刑结案。他的“成功”很大程度上归功于布鲁塞尔中央政府的支持，这使他能够抵御地方当局的阻力。(www.xing528.com)
在低地国家还有一位活跃的西班牙奥古斯丁会修士，洛伦佐·德·比亚维森西奥（Lorenzo de Villavicencio）。他是布鲁日西班牙商人的神父，同时也是国王的追随者。比亚维森西奥完全相信尼德兰的绝大多数人都是忠诚的罗马天主教徒。尽管如此，他仍然能在各地看到“异端”和“异端”活动。而且，他不信任许多高级“土著”官员和城市的领导人，尤其是布鲁日的领导人。他给西班牙的书信和报告决定了腓力二世对低地国家这片领地上宗教状况的看法。比亚维森西奥认为，维格留斯是当地政权的主要领导者，应为纵容异教徒承担责任。然而，比亚维森西奥在腓力二世和玛格丽特（帕尔马的）那里诋毁维格留斯并没产生什么影响。[47]他认定政府金字塔底层的城市官员，尤其是那些受雇用的人，犯下了放过异教徒的罪。在他的眼中，他们和维格留斯是一丘之貉。腓力二世付给比亚维森西奥200达克特的酬金，并允许他直接写信向自己汇报情况。即使在帝国最遥远的角落，国王也对低地国家的异端案件了如指掌。例如，他听说在泰瑟尔岛（Texel）的教堂里（当然是天主教教堂），神父与许多门诺派教徒之间就宗教和儿童洗礼的问题发生了公开争议。每个人都可以一眼认出门诺派教徒，但治安官为了捞回自己当初买官花费的钱，对此放任不管。因为法官们既不想审判自己的同胞，也得不到海牙的荷兰省政府的支持。[46]
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