由于勃艮第和哈布斯堡王侯的政治联盟，尼德兰形成了一个相对较新的国家，其边界与当时已有的教会分界并不完全重合。低地国家传统上分属于法兰西的兰斯（Rheims）大主教区和德意志的科隆（Cologne）大主教区。格罗宁根周围的土地属于明斯特主教区。只有四个主教负责低地国家人民的宗教福利：乌得勒支主教、阿拉斯主教、图尔奈主教和康布雷主教（除最后一位外，其他三位主教均由国王任命）。皇帝查理五世治下已经制订了新的教会组织计划，但是国际政治的发展阻止了它们的实现。然而，作为一个反宗教改革派天主教徒，腓力二世想认真地进行重组工作。一个由维格留斯领导的委员会以最秘密的方式准备了这些计划。之所以必须采取这种谨慎措施，首先是为了避免法兰西和德意志的主教因为即将失去大部分富裕领地而动武，其次则是因为低地国家中可能会有许多反对意见，因为新结构会不可避免地影响部分人的既得利益。想要给出令人满意的答卷是十分困难的，最后当此大任的是罗马的弗朗西斯库斯·桑尼乌斯（Franciscus Sonnius），也就是后来斯海尔托亨博斯（’s-Hertogenbosch）的首任主教以及安特卫普主教。1559年5月12日，教皇签署了重组计划。[39]正当腓力二世打算从泽兰出发前往西班牙时，教皇同意重组计划的消息传来了。
从那时起，尼德兰成了一个自治的教会省，下分三个大主教区。说法语的各省和瓦隆布拉班特归康布雷大主教区。地位重要人口稠密的佛兰德省和布拉班特省合为一个大主教区，大主教在梅赫伦。最后，从前的乌得勒支主教区升格为第三个大主教区，涵盖了主要河流之上的所有省份和泽兰。这三个大主教区总共划分为十四个主教区。此外，现在要想担任主教，至少也要拥有神学或教法的学位。那些喜欢让幼子担任主教的贵族现在不得不先将他们的孩子送入大学。新的主教们被迫永久居住在他们的主教区里，建立神学院来培养神父，并定期检查所有教区。同样地，教皇也应国王的要求，在尼德兰的杜埃（Douai）建立了一所新大学。之所以选择这个讲法语的佛兰德小镇，是因为印刷机还没来得及在那里传播异端思想。来自低地国家的讲法语的学生现在必须在那里学习，讲荷兰语的学生则去了鲁汶（Leuven），而出国留学则只能去罗马或其他有特别许可的地方。[41]腓力二世任命格兰维尔为梅赫伦大主教亦即尼德兰的“首席主教”。后来，教皇又将他提升为红衣主教格兰维尔声称他本人与这些计划毫无关联，但从头到尾，他一手提拔的维格留斯毫无保留地向他汇报了一切。[40]
从教会的角度来看，重组是非常明智和负责任的举措。既然教会的不法行为、下层神职人员的无知和高层的滥用职权遭到了如此猛烈的批评，那么教会引入改革肯定是广受欢迎的。比起加强监督教义和信徒对教义的实践，更重要的是落实这些改革。作为一个人文主义者和伊拉斯谟的支持者，维格留斯早已深信，暴力迫害毫无意义。他认为，击败异端最好的且唯一的方法，就是在罗马天主教廷内部进行改善，从而消除问题根源。但别人却不是这么理解这些计划的。几乎所有人都认为，是红衣主教格兰维尔在幕后操纵一切，首先是为了提高王权在教会内的影响力，但同样也是为了他自己的个人利益。传统上，高级神父比高级贵族更享有优先权，现在轮到格兰维尔来享受这个优先权了。1562年，当奥伦治亲王回到国务委员会时，他发现格兰维尔已占据首席，而他自己只好屈居第二。(www.xing528.com)
此外，教会内部也不断出现批评的声音。为了在财务方面给主教区的行动创造空间，人们决定，每位主教都将兼任其教区中富裕修道院的院长。主教在修道院设一名代理，修道院的收入则惠及“主教的餐桌”，即主教的家庭支出。因此，哈勒姆（Haarlem）主教将成为埃格蒙特修道院院长，安特卫普主教被任命为地处海米克瑟姆（Hemiksem）的圣贝尔纳德修道院院长，梅赫伦大主教则获得了阿夫利赫姆修道院（Affligem Abbey），等等。因为修道院院长们经常参加各省议会的会议，任命主教为修道院院长因而具有一定的政治影响。例如，阿夫利赫姆修道院的院长是布拉班特议会中最重要的教会成员之一。这些议会的世俗领袖是布雷达男爵（Baron of Breda），即奥伦治亲王威廉。一个绝佳的例子可以证明在布拉班特议会占有一席之地的重要性，那就是佛兰德执政埃格蒙特伯爵为了议会的席位而买下了布拉班特哈斯贝克（Gaasbeek）的领地。人们普遍认为，日后国王将通过任命主教为修道院院长的权力来提高自身在议会的影响力。[42]
后来，格兰维尔和其他相关人士承认，吞并修道院是一个错误1564年7月30日吞并被撤销后，批评声有所减弱，然而，从那以后修道院院长每年必须向主教区交纳8000荷兰盾。主教们依旧占据着议会而让腓力二世大为恼火的是，他们实际上并非简单的应声虫。他们经常投票支持本省的利益，即使那不符合腓力二世的利益。反对主教的声音持续不断，安特卫普市和布拉班特议会的不满者们甚至派了代表向身在西班牙的国王表达了他们的不满，并要求实行其他解决方案例如，安特卫普担心更严格的宗教控制会损害贸易和商业。但他们的努力都白费了——国王和教会不断将他们的意志强加于尼德兰。
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