截至2015年1月20日，提交WTO争端解决机制解决的、与《TRIPS协定》的执行和实施有关的争端案件34件。[57]其中，2007年4月，美国贸易代表施瓦布宣布就“中国知识产权保护”和“出版物市场准入”两个与中国有关的贸易议题向WTO提起启动争端解决机制。[58]除了巴西-美国“专利法典案”等案件，大多数案件的原告是美国、欧共体、澳大利亚、加拿大等发达成员。
从上述争端涉及的权利来看，药品专利是争端的利益焦点，因为药品专利的保护意味着对全球市场的控制，保证了制药跨国公司的高额利润；而药品测试数据的保护则保障了药品专利的衍生利益和更多的市场优势。从争端的解决后果来看，巴基斯坦、阿根廷、巴西、印度等被诉的发展中成员在其国内知识产权制度中改善了对药品和农用化学品的专利保护、与药品和农用化学品有关的未披露测试数据的保护。在被诉的发达国家，美国也获得了令其满意的后果。[59]利用《TRIPS协定》的争端解决机制，美国的版权企业也很好地维护了自己的利益。就案件的解决情况来看，WTO的知识产权争端解决机制是有效率的。
2007年之前的几年，是知识产权争端的静默期。主要原因是《TRIPS协定》的实施激起了强烈反弹，发展中国家发现自己承担了太多的义务，《TRIPS协定》的强行实施的副作用会更大。如果《TRIPS协定》的合法性受到质疑，后果可能更糟。
2007年4月9日，美国贸易代表苏珊·施瓦布在华盛顿宣布，将于4月10日就中国的知识产权保护问题和出版物市场准入问题向WTO提出两起申诉。[60]4月10日，美国就“中国——与知识产权保护和实施有关的措施”和“中国——影响部分出版物和视听娱乐产品贸易权和分销服务措施”向中国提出WTO磋商。8月13日，美国宣布，由于与中国的磋商没有获得满意结果，将在8月31日WTO争端解决机构会议上要求WTO成立专家组。这一请求被中国拒绝后，在9月25日WTO争端解决机构的会议上，美国再次请求设立专家组。依据世贸组织规则，在第二次提出设立专家组的要求后，专家组将自动设立。该案的专家组报告于2009年3月20日由争端解决机构通过，裁决中国的《著作权法》，尤其是第4条第1句与中国根据《伯尔尼公约》（1971年）第5条第1款（该条款已经并入了《TRIPS协定》第9条第1款）及《TRIPS协定》第41条第1款承担的义务不符；中国的海关措施违反了《TRIPS协定》第59条。中国遂于2010年初修订了《著作权法》和《知识产权海关保护条例》，从而履行了裁决。[61]。
美国提起的两起案件，既有联系，又有区别。前者涉及中国知识产权保护和执行的特定措施，后者为文化产品市场准入问题。[62]两者的争端焦点集中在以下三个方面：第一，关于中国惩治盗版和假冒注册商标商品的刑罚门槛；第二，关于中国海关处里没收侵犯知识产权货物的规则；第三，关于中国对涉及版权保护的文化产品市场准入问题。美方这次就中国知识产权问题向WTO提起申诉，与近年来渐趋频繁的中美贸易纠纷以及中美巨额贸易顺差紧密相关。2007年4月10日，我国商务部新闻发言人表示，中方对美国政府的行为“表示非常遗憾和强烈不满”。国家知识产权局局长田力普认为，美方此举无视中国政府加强知识产权保护和执法力度所付出的巨大努力，以及取得的重大成果。在2007年中国保护知识产权高层论坛上的主旨演讲中，吴仪副总理也强烈抨击了美国的这一做法，严正指出：在WTO内一个成员对另一个成员一次提出两个诉讼案，这在历史上还是第一次，是罕见的，将会造成极坏的负面影响。另外，也势必对中美商贸联委会框架下双边知识产权合作带来严重影响，有损双方在出版物市场准入方面业已建立的合作关系。中国政府对此表示强烈不满，我们决定按照WTO相关规则积极应诉，将奉陪到底！[63](www.xing528.com)
2009年1月26日，中美知识产权WTO争端案专家组报告向WTO各成员公布，对三项争议措施分别作出了裁决。3月20日，WTO争端解决机构会议审议通过了该专家组报告。关于刑事处罚的门槛，专家组裁定：美国没能证明中国有关刑事门槛的规定不符合《TRIPS协定》。关于海关措施，专家组认为，虽然海关对进口冒牌货仅摘除非法标志的处置方式不符合《TRIPS协定》，但美国没能证明捐赠给社会公益机构、卖给权利人等处置方式不符合《TRIPS协定》；美国也没能证明中国有关拍卖的规定影响了海关销毁货物的权力。关于中国《著作权法》，专家组部分支持了美方观点，认为中方对未能通过审查的作品、通过审查的作品中被删除的部分不提供著作权保护，不符合《TRIPS协定》和《伯尔尼公约》，但在从未提交审查的作品、在等待审查结果的作品、通过审查作品之未修改版本等方面，美国未能证明中国的做法不符合协定。专家组还强调，其裁决不影响中国的内容审查权。[64]学者们普遍认为，专家组报告驳回了美方的绝大部分主张，广泛地肯定了中国的知识产权制度。
目前，未决的WTO知识产权争端仍然凸显了知识产权与公共健康的突出问题。2010年5月，巴西、印度因荷兰海关扣押过境的、印度生产的仿制药品而对欧盟及荷兰提出磋商。[65]该争端再次触及药品知识产权保护与公共健康的冲突问题。[66]该案仍在磋商当中。
2012年及2013年乌克兰等成员对澳大利亚提起的知识产权争端再次引起了国际社会对《TRIPS协定》与公共健康的关注。2012年3月，乌克兰在WTO争端解决机构内向澳大利亚提出磋商，并认为澳大利亚《2011年香烟平装 法 案》违 反 了《TRIPS协 定》第1.1条、第2.1条、第15条、第16条、第20条有关商标保护的规定，歧视与香烟有关的商标，对商标的使用构成了不合理的障碍；违反了《TRIPS协定》第27条的规定，由于技术歧视而妨碍了香烟商品的专利权的利用和享有。[67]之后，洪都拉斯、多米尼加、古巴、印度尼西亚也就此向澳大利亚提出磋商。[68]我国、印度、美国、欧盟等WTO成员是这些案件的第三方。[69]
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