现行科技活动管理体制中，科技事权分散于大量同级部门之间，导致部门之间科技事权划分边界模糊，各职能部门的资金投入自成体系，科技支出多头管理、条块分割现象严重。从中央层面来看，科技事权分散于国家发展改革委、教育部、工业和信息化部、农业农村部、中国科学院、自然科学基金委、国防科工局等部门和机构。以科技工作宏观管理事权为例，根据《中华人民共和国科技进步法》，“科技行政部门是科技进步工作的宏观管理和统筹协调的具体负责部门，其他有关部门在职责范围内负责相关科学技术进步工作”。但实际上，科技部门作为科技行政主管部门的职能作用被多个部门分散。例如，国家发展改革委高技术产业司等部门具有科技管理与政策制定职能；教育部科技司具有制定科技发展规划职能；中国科学院前沿科学与教育局、重大科技任务局、科技促进发展局等有各自的科技战略制定任务。在行业管理上，部门间的重复交叉现象也十分突出。例如，国家发展改革委制定工业行业规划、指导行业技术法规和行业标准拟订的职能，与工业和信息化部的工业规划、产业政策等职能重复交叉；国家发展改革委统筹推进战略性新兴产业发展、研究提出激励和引导高技术产业发展投入相关政策的职能又与科学技术部的相应职能重复交叉。
与科技事权分散相对应的是，各部门支出分散，未形成合力，支出责任实际演化为部门权力。落实到具体项目安排，存在重复投入问题，部门间利益掣肘严重，造成科技事权混乱和资源利用低效。财政科技支出由各职能部门分头管理、自成体系的投入机制势必造成科技项目信息流通不充分，导致创新活动支持不足与交叉立项、重复支持并存，科研成果与产业应用之间脱节，造成财政科技资金配置的低效。由于上行下效，省级科技事权职能部门设置也存在大量交叉同构的现象。(www.xing528.com)
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