明确央地事权的前提是理清科技领域政府和市场边界。如果边界不清，意味着事权划分的“总篮子”是不合理的，也就会使财政支出的效果大打折扣。在科技工作中，没有明确界定政府职能边界，导致目前我国财政科技投入缺乏明确定位，政府缺位与越位现象大量存在。
一些本可由市场调节或社会组织提供的事务，政府包揽过多。例如，大量财政资金投入个别企业和个别项目，实际上扭曲了市场要素价格，对于我国创新活动的整体效率提升和长远发展都会产生不良影响。一些地方政府由于受经济发展短期行为的影响，财政资金大量投入见效期短、本应由市场机制解决的产业化、工程化项目上，这既不利于财政资金公共职能的充分发挥，也不利于充分利用市场机制配置创新资源。以江苏省为例（见表3-3），省级支出在全省科技领域一般公共预算支出中省级支出占比不足20%，这就意味着超过80%的财政支出来源于市县财政。而科技活动在市县一级的体现形式主要是对于个别企业和项目的补助，一定程度上反映了大量财政资金实际上应用在会对市场行为发生扭曲的领域。
表3-3 2014—2018年江苏省级一般公共预算支出决算表（科技支出）(www.xing528.com)
数据来源：2014—2018年度江苏省级一般公共预算支出决算表，一般公共预算支出执行情况。
一些本应由政府承担的市场失灵环节，政府承担不够。例如，出于对短期投资收益回报的追求，应用研究和实验发展更受各部门支出青睐。而“基础研究”由于前期投入较大，且投资收益期较长，平均10～15年才能获得回报，常常被置于较后的序位，基础研究投入严重不足。从财政支出结构来看，2018年，基础研究在科技财政支出中仅占12%，而应用研究、技术研究与开发两项占比为70%。从全社会研发经费投入来看，2018年，全国基础研究经费仅占比5.5%。近年来，我国基础研究投入占全社会研发经费的比始终为5%左右，而工业化国家这一比例维持在10%～20%，基础研究投入不足严重影响了我国原始创新能力的提高。
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