自然资源利用与保护领域的行政管制方法，主要是指对自然资源的开发、利用、保护和分配基本适用行政控制—命令的方法。但是，力图进行风险与收益再分配的政府管制不能赔偿其他自然资源利用者的损失。“一刀切”的行政管制也难以根据环境管制对象间的差异与区别适用管理手段。“自上而下”的行政管制如果对管制风险和控制方式的选择等信息缺乏足够了解或存在权力寻租时可能起到事与愿违的作用。
我国台湾地区学者叶俊荣教授也指出，由于以下原因环境行政管制的措施的效果难以预测：①“科技关联性”。环境行政管制往往牵涉浓厚的科技关联性，导致决策风险的提高。可能由于决策信息的欠缺，决策的对错即使在事后也难以检证，往往“决策于未来之中”；②“利益冲突”。由于环境行政管制往往触及相当广度的利益冲突，裁量空间扩大，往往造成行政管制的拖延、社会成本的增加；③隔代平衡。环境行政管制的核心是资源的使用与配置。这就有可能造成这一代人的有关自然资源决策后果需由下一代人承担的“隔代公平”问题。由于隔代公平问题的存在，在环境行政管制中容易衍生代表性危机，以及伦理意味浓厚的现象；④国际关联。环境资源的整体性及经济全球化使得环境问题会演变成外交、国防、政治等问题。[2]
朱迪·丽丝在《自然资源分配、经济学与政策》中也提出不能设想政府管制甚或国家所有权就意味着资源产业的运作会更接近普遍的“公众利益”。她分析到何谓公众利益？这从来是不清楚的。实践中它倾向于是一个受众多、改变政策方向的既得利益操纵以谋私利的概念。在公共决策的复杂过程中，各种目标之间以及各利益集团之间的冲突，意味着一系列特定措施时有变化，以便来对付特定的“危机”。最后的实施结果可能并不能显著改进资源部门的表现，按某些标准看来实际上还可能削弱其表现。[3](www.xing528.com)
世界银行指出，政府的行政管制有时会鼓励低效能，而这些低效能可能会反过来引起环境资源的破坏。例如，对农业的能源投入和对伐木等活动进行补贴、按经过政府补贴的价格提供一些服务、公共部门排污不承担责任以及对公共土地和资源的低效能管理等。由于这些政府管制的失误，可能会加重由于市场缺陷引起的环境污染和资源破坏。[4]
政府管制也体现了政府与市场之间的关系。管制是政府按照特定的行政管理目标建立的非市场制度，用于纠正市场的失灵。然而，组织和实行行政管制的政府仍然会受制于决策信息的不完全和有限理性，受制于管制实施者、参与者与相关人之间复杂的利益博弈与互动，以及可能发生的专制和管制成本的约束。从根本上说，仅靠强化管制、行政垄断来解决自然资源利用问题，无异于扬汤止沸。如何约束政府，使政府提供更加有益于自然资源的物尽其用与永续利用的管理制度，保障使用者的权益，并在自然资源开发过程中实现政府管制与市场调节之间、公共利益与个体利益之间的共赢目标或者相对平衡状态，是政府主导下各相关利益主体之间不断博弈并作出必要妥协的复杂过程。[5]必须强调政府管制或者国家干预自然资源利用的合理性、适度性和有效性，把握好国家干预的范围、力度和方式，遵循自然资源利用的生态规律、经济规律和社会规律。
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