伊斯兰共和国的政治生态具有伊斯兰与共和的二元属性，包含宗教与世俗的双重元素。伊斯兰共和国宪法明确规定安拉主权与民众主权的政治原则，由此形成国家权力合法性的双重来源。宗教色彩的安拉主权表现为教法的实施和教法学家的监护权，以现行最高宗教领袖制作为外在形式，而世俗色彩的民众主权表现为伊斯兰共和国的共和原则，以常态化的选举政治作为外在形式。换言之，现行最高宗教领袖制在法理上源于伊斯兰共和国的伊斯兰属性，表现出自上而下和宗教政治的浓厚色彩。相比之下，常态化的总统选举和议会选举在法理上源于伊斯兰共和国的共和制属性，表现出自下而上和世俗政治的明显倾向。
伊斯兰革命后30年间，宗教政治与世俗政治经历此消彼长的变革和转换。霍梅尼时代，伊斯兰共和国的政治生态表现出浓厚的宗教色彩，最高宗教领袖作为最高领袖所代表的宗教权力凌驾于民选产生的世俗权力之上，世俗权力从属于宗教权力。进入世纪之交，伴随着民众选举的历史步伐，民选产生的总统和议会在伊斯兰共和国政治舞台上的地位日益凸显。常态化的民众选举具有鲜明的世俗色彩，承载着共和制基础上的世俗政治实践。不同政治派系的竞选纲领大都在不同程度上内含着诸多的世俗元素，折射出常态化选举政治的世俗倾向。
伊斯兰共和国建立之初，民选产生的首任总统巴尼萨德尔试图强化总统行使的世俗权力，引发世俗阵营与宗教阵营之间的激烈冲突，巴尼萨德尔被迫辞职。继巴尼萨德尔之后，民选产生的第二任总统雷扎伊亦强调世俗政治原则，再度试图强化总统行使的世俗权力，直至成为暴力袭击的牺牲品。[951]
后霍梅尼时代，旨在参与民众选举的诸多世俗政治组织相继崛起，反映出伊斯兰共和国政治生活的世俗化走向。“伊斯兰革命圣战组织”始建于1979年，原系左翼激进派政治组织，1986年被官方取缔，1991年重建，1996年进入第五届议会，与务实派议员组成议会联盟，是为议会中的“真主党联盟”。“伊斯兰革命圣战组织”的竞选纲领具有明显的世俗色彩，坚持教法学家的集体监护权，强调民主选举和民众参与是伊斯兰共和国的政治基石。[952]“建设公仆党”作为务实派政治组织，始建于1996年议会选举前夕，其竞选纲领亦具有明显的世俗属性，强调淡化伊斯兰革命的意识形态和教法学家的治国特权，主张在民众主权的框架下接受最高宗教领袖制，认为最高宗教领袖作为最高领袖源于民众的选择而不是安拉的钦定，最高宗教领袖必须根据宪法相关条款行使权力。[953]“伊斯兰伊朗参与者阵线”系改革派政治组织，始建于1998年，1999年在首次地方选举中初露锋芒，2000年在议会选举中胜出。[954]“伊斯兰伊朗参与者阵线”于2000年将“伊朗属于全体伊朗人”作为竞选口号，抨击右翼保守势力恪守的神权体制背离伊斯兰革命的传统，质疑最高领袖凌驾于宪法之上所行使的绝对权力，反对国家层面和政治领域的宗教特权，反对混淆宗教权力与国家权力，主张实现宗教权力与国家权力之间的分离，强调改革运动的驱动力来自伊斯兰革命之民主精神的回归。[955]“伊朗伊斯兰建设者联盟”系新左派政治组织，于2003年地方选举中首次浮出政坛，继而于2004年议会选举和2005年总统选举中接连胜出。相比于保守派强调强调信仰至上的政治原则，“伊朗伊斯兰建设者联盟”在其竞选纲领中明确反对宗教特权，强调国家的合法性来自物质平等基础上的社会公正，关注诸如就业、收入之类的民众物质生活。“伊朗伊斯兰建设者联盟”主导的第七届议会，自伊斯兰革命以来首次出现非教界人士出任议长的局面。[956](www.xing528.com)
相比于议会选举，总统选举表现出进一步的世俗倾向。纵观后霍梅尼时代历届总统选举中胜出的拉夫桑贾尼、哈塔米和艾哈迈迪内贾德，其竞选纲领无论强调经济振兴和政治改革抑或保护低收入的弱势群体，无不具有浓厚的世俗色彩和明确的世俗内涵。1997年总统选举期间，哈塔米以自由派和改革者的形象登上伊斯兰共和国的政治舞台，被选民寄予改革现行体制的厚望。[957]哈塔米在其竞选纲领中反复提及公民社会和法治原则，反对宗教义务的强迫，强调开放和宽容的伊斯兰共和国将会受到民众的广泛支持和拥护。[958]哈塔米在竞选期间呼吁提高女性的社会地位，消除男权社会的性别歧视，给予女性与男性同等的政治地位和社会地位，同时强调国家利益至上，主张国家之间相互尊重的和平外交，倡导不同文明的对话取代不同宗教之间的对抗。[959]哈塔米认为，选举政治的局限和民选权力的弱势是伊斯兰共和国的明显缺陷，导致国家与社会的脱节和对立，而完善选举政治和强化民选机构的权力是伊朗发展的首要任务，促使公民社会走向成熟则是沟通国家与社会进而推动民主化进程的必由之路。哈塔米的竞选理念被保守派指责为试图以民主和自由的名义使国家走向世俗化，保守派报纸“伊斯兰共和国”则质疑哈塔米对于最高宗教领袖制的忠诚。相比之下，哈塔米的竞选对手努里持保守派政治理念，被称作是塔里班式的激进组织者。努里在竞选期间强调欧莱玛在国家体制中占据核心地位，声称“是欧莱玛策划了伊斯兰革命，罢免了国王，从巴尼萨德尔之辈的手中拯救了伊斯兰革命”，“在伊玛目隐遁期间，最高领袖享有与伊玛目和先知同样的权力，最高领袖的意愿就是所有人应当服从的命令和承担的义务”。[960]保守派的抨击和努里的竞选纲领之宗教色彩，折射出哈塔米的竞选纲领之世俗性。2005年大选期间，改革派的延续哈塔米的竞选理念，呼吁强化民选总统的世俗权力和削弱最高宗教领袖的宗教权力，强调拯救伊朗的唯一出路是民主制。务实派试图弥合意识形态的分歧，自称“激进组织改革派”抑或“保守的改革派”，主张务实的内外政策和推动变革，承诺致力于推动经济增长、提高生活水准和建立廉洁政府，呼吁通过强力政府解决社会问题和实现社会稳定，俨然是改革派中的保守派和保守派中的改革派。务实派引入新的竞选方式，包括时尚的流行音乐、时装展示和彩色广告，旨在吸引选民和争夺选票，表现出浓厚的世俗色彩。[961]新左派支持的总统参选人艾哈迈迪内贾德亦极力淡化意识形态，表示“通常认为回归革命仅仅是披戴头巾。实际上，国家目前面临的主要问题是就业和住房，并非是否披戴头巾”，其世俗倾向显而易见。[962]
伊斯兰共和国选举产生的最初两届议会，处于伊斯兰共和党的主导之下，其人员构成表现出浓厚的宗教色彩。据资料统计，在第一届议会全部327名议员中，具有宗教背景的议员161人，占据49%的议会席位，在第二届议会全部277名议员中，具有宗教背景的议员149人，占据54%的议会席位。自80年代后期开始，随着伊斯兰共和党退出政坛，议会构成的宗教色彩逐渐淡化。宗教学者即欧莱玛中当选议员者，第三届议会为80人，占据29%的议会席位，第四届议会为63人，占据25%的议会席位，第五届议会为53人，占据20%的议会席位，第六届议会为37人，占据12%的议会席位，第七届议会为43人，占据15%的议会席位，第八届议会为44人，占据15%的议会席位。[963]与此同时，世俗背景的议员所占据的议会席位数量呈不断上升的趋势，议会作为选举产生的国家权力机构，其世俗化程度随之明显提高。
1980年选举产生的首任总统巴尼萨德尔，尽管具有阿亚图拉的家庭背景，其本人却非宗教学者，而是来自世俗知识界。1981年选举产生的第二任总统雷扎伊，出身商人家庭，本人亦非宗教学者。[964]相比之下，此后历任选举产生的总统，包括哈梅内伊、拉夫桑贾尼和哈塔米，皆系宗教界人士，尽管并非阿亚图拉，却皆具有霍加特伊斯兰的宗教职衔，而世俗人士尚无竞选总统的政治空间。1997年总统选举前夕，“战斗的欧莱玛联合会”回归政坛，欲提名具有世俗背景的前总理穆萨维作为总统候选人，挑战总统竞选的惯例，遭到官方的否决，而哈塔米之当选总统则被视作延续宗教学者主导政坛的重要标志。哈梅内伊表示，哈塔米在选举中胜出，证明选民忠于伊斯兰教、忠于教法学家和忠于伊斯兰共和国的现行体制，而司法总监叶兹迪进一步呼吁非宗教背景的世俗人士应当离开伊斯兰共和国的政治舞台。艾哈迈迪内贾德出身世俗知识界，于2005年在总统选举中胜出，继而于2009年连任，打破宗教学者出任总统的惯例，成为后霍梅尼时代首位世俗背景的总统，可谓伊斯兰共和国世俗化政治进程的里程碑。[965]
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