90年代后期政府的高压和迫害，促使穆斯林兄弟会开始寻求与世俗反对派的跨党派政治联盟。进入新世纪，穆斯林兄弟会极力避免与政府发生直接冲突进而招致安全机构的迫害，调整政治策略，淡化宗教色彩，致力于“没有伊斯兰国家的伊斯兰主义运动”，宣布尊重民主选举的政府，承认任何宗教信仰的公民在公平的政治环境下竞选总统的权利，强调宪法关于埃及是伊斯兰教国家和沙里亚是立法基础的规定符合穆斯林兄弟会建立伊斯兰国家的诉求，思想纲领进一步清晰明确。[283]
2000年，经历5年牢狱生涯而刚刚获释的穆斯林兄弟会著名新生代思想家伊萨姆·伊利延承认，建立伊斯兰共和国的口号已经不合时宜，宪法已经规定埃及是伊斯兰国家，规定沙里亚是立法的基础，[284]另一方面，伊萨姆·伊里延反对将民主制视作西方的舶来品，强调伊斯兰国家与宪政民主的相容性和一致性。[285]2000年的议会选举期间，穆斯林兄弟会放弃“伊斯兰是出路”的口号，代之以“宪法是出路”的口号，强调多元化的世俗政治原则。[286]尤素夫·卡拉达维是50年代的穆斯林兄弟会成员，后来移居卡塔尔，2002年曾经被提名为总训导师的候选人。他认为：“尽管哈桑·班纳憎恶政党政治，然而富图瓦应当随着时间、空间和条件的变化而变化。那些曾经与哈桑·班纳相识的人一定知道，他不是一个思想僵化的人，而是根据时代环境的变化不断发展和完善自己的思想的人。”[287]2004年，伊萨姆·伊利延发表《伊斯兰运动与民主制的转变》，将哈桑·班纳的伊斯兰主义思想置于现代政治的语境之下，赞赏伊朗总统哈塔米倡导的“伊斯兰民主制”，进而系统阐述穆斯林兄弟会自1928年创建以来最具温和色彩的世俗政治纲领，明确赞同现代民主制、民众主权原则、公民权利和自由、男女之间和不同宗教之间享有平等权利，赞同市场经济和保护私人所有权。[288]当选议员的穆斯林兄弟会成员向媒体表示表示，当下的埃及已经出现了一定程度的民主，穆斯林兄弟会的使命是致力于捍卫已有的民主和争取进一步的民主，尊重宪法、司法独立、新闻自由和多党政治有助于推动民主化进程。[289]
新世纪的前五年，穆斯林兄弟会极力避免与政府发生直接冲突进而招致安全机构的迫害，主动接近其他反对派力量，吸引新生的社会阶层。[290]2002年穆斯塔法·马什胡尔死后，第二任总训导师哈桑·侯戴比之子马蒙·侯戴比当选第六任总训导师。[291]2004年马蒙·侯戴比死后，穆斯林兄弟会宣布，新任总训导师改由训导委员会取代舒拉会议选举产生，元老派穆罕默德·马赫迪·阿其夫继马蒙·侯戴比之后出任穆斯林兄弟会总训导师，新生代的地质学家穆罕默德·哈比卜和计算机工程师海拉特·沙特尔当选为副总训导师。穆罕默德·马赫迪·阿其夫与新生代保持密切的关系，新生代在穆斯林兄弟会内部的地位逐渐提高，政治影响随之扩大。[292]穆罕默德·马赫迪·阿奇夫发表演说，阐释穆斯林与科普特派基督徒的关系以及妇女的地位，呼吁穆斯林与科普特派基督徒的和解与平等，给予妇女出任公职的权利，淡化穆斯林兄弟会之伊斯兰色彩的宗教立场。[293]穆罕默德·马赫迪·阿其夫将新生代的多项思想和主张纳入新的穆斯林兄弟会政治纲领，重申穆斯林兄弟会的政治立场即致力于推动民主化进程，呼吁推动司法独立和改革选举体制，支持建立伊斯兰框架下的共和政体、公民社会和法治政府，宣称主权属于民众，倡导通过自由公正的选举实现权力交替，表示不会寻求建立伊斯兰神权政体，而是寻求建立伊斯兰教和沙里亚基础上的公民政体和公民国家，实现与伊斯兰原则相吻合的民主制、宪政制和议会制，旨在公开反击官方对于穆斯林兄弟会的诋毁，争取实现教俗反对派的广泛政治联合，可谓自1928年以来最为温和的思想主张。[294]
2005年，穆罕默德·马赫迪·阿其夫宣布，穆斯林兄弟会寻求成为在伊斯兰教指导下同时符合宪法第2款的公民政党，成为类似土耳其的正义发展党的埃及政党，穆斯林兄弟会副总训导师海拉特·沙特尔表示，改革是唯一的出路，而改革的目标是结束一党制政府的权力垄断和扩大民众的政治参与。[295]同年，曾经两次当选议员的穆斯林兄弟会成员侯赛因·穆罕默德·易卜拉欣表示：“我们相信，只有推动议会的改革，才能完成国家体制的改革……我们要让民众看到，议会正在发生着变化。”首次当选议员的穆斯林兄弟会成员哈兹姆·法鲁克·曼苏尔亦表示：“我们需要在现行的政治框架下，在议会、法律、公民社会和宪法的层面，通过自上而下的方式，实现国家体制的变革。”[296]然而，穆斯林兄弟会的世俗化进程并非一帆风顺。2005年议会选举期间，穆斯林兄弟会依然将“伊斯兰是出路”作为自己的竞选口号，俨然以伊斯兰教的象征自居，而穆斯林兄弟会内部的新生代尚未取得主导地位。[297](www.xing528.com)
由于官方严禁组建宗教政党，穆斯林兄弟会无法取得作为政党的合法地位，只能与其他世俗反对派政党组成竞选联盟，或者以独立候选人的名义竞选议会席位。议会选举是穆斯林兄弟会实现政治参与的主要途径，然而几乎在每次议会选举期间政府都要对穆斯林兄弟会发动政治攻势。尽管如此，穆斯林兄弟会无疑具有广泛的社会渗透力和政治影响力，是穆巴拉克时代最重要的反对派组织，在实现民众动员和推动民众政治参与的进程中发挥出无可替代的巨大作用。穆斯林兄弟会的政治实践，提供了实现民众动员和推动民众政治参与的历史舞台。“伊斯兰是出路”既是穆斯林兄弟会的标志性竞选口号，亦是反映民众诉求的政治呼声。2005年总统选举前夕，穆斯林兄弟会呼吁民众参与选举，不投票支持暴君，将空白票投入票箱。[298]2005年议会选举，穆斯林兄弟会取得前所未有的胜利，来自21个省的88名穆斯林兄弟会成员进入议会，反映出穆斯林兄弟会动员民众实现政治参与和竞选议会席位的巨大政治能量，而推动政治改革进程则是穆斯林兄弟会议员的首要目标。[299]
2000—2010年，穆斯林兄弟会议员关注的重点，是世俗领域的政治改革和经济社会立法，其宗教色彩逐渐淡化。[300]自2000年起，穆斯林兄弟会议员致力于争取政治自由、公民自由、完善法治和保障公民权利的政治诉求，呼吁结束紧急状态法，遭到主导议会的执政党的否决。[301]2005年大选之后，新一届穆斯林兄弟会议员反对执政党提出的总统选举法即总统选举在一天内完成，反对非司法人员进入总统选举委员会，坚持总统选举必须分阶段进行，以便保证法官对于选举程序的有效监督。[302]2006年3月，穆斯林兄弟会议员提出议案，呼吁推进司法独立，反对行政机构干预司法事务，寻求司法权与行政权的分离，以便确保法官的中立性和独立地位。同年12月，穆斯林兄弟会议员反对总统提出的关于修订宪法第34款即禁止建立宗教政党和宗教组织从事政治活动的建议，提出新的政党法草案，寻求放宽组建政党的限制，保障政党的政治自由。[303]2007年3月，穆斯林兄弟会议员表示，修订后的宪法第34款与宪法第2款即伊斯兰教是埃及的国教和沙里亚是立法的主要源泉的原则不符，修订后的宪法第76款实际上将独立候选人排除于总统竞选之外，修订后的宪法第88款明显削弱了选举程序的司法监督，修订后的宪法第179款以所谓的反恐法取代紧急状态法严重侵犯公民权，进而退出关于宪法修订的讨论，呼吁抵制宪法修订案的全民公决。[304]2008年12月，穆斯林兄弟会议员呼吁制定新的法律，给予公民组建职业协会和工会以及其他非政府组织的自由，简化申请程序。同年，政府提交法案，禁止在清真寺内举行民众集会，遭到穆斯林兄弟会议员的反对，后者指责政府旨在压缩民众的有限政治空间。2009年，穆斯林兄弟会议员呼吁修改现行法律，给予进一步的新闻自由。[305]与此同时，穆斯林兄弟会议员通过质询政府官员、评估财政预算和举行新闻发布会的方式，呼吁在经济社会领域保护下层民众，指责政府的相关政策导致腐败蔓延、失业率上升、通货膨胀和工资下降，加剧贫富分化和社会动荡。[306]2000—2005年，穆斯林兄弟会议员连续表态反对政府提交的财政预算案，批评政府在改善教育、医疗、低收入者住房以及增加就业方面投入不足，指责政府的税收政策损害下层民众利益，抨击政府官员的腐败行为。[307]2005—2010年，穆斯林兄弟会议员继续表态反对政府提交的财政预算案，要求削减财政赤字，加大公共投入，增加就业岗位，调整税收政策，改善民生，打击腐败。[308]此外，2000—2010年两届议会期间，穆斯林兄弟会议员不仅致力于推动政治改革进程和经济社会立法，而且关注宗教、文化和道德规范，指责政府公职岗位解除关于女性服饰的禁令与尊重自由和人权的法律原则不符，呼吁给予爱资哈尔大学以更大的独立性和自主性，建议推广伊斯兰银行以应对全球金融危机。[309]
穆斯林兄弟会的以往惯例是总训导师终身任职。2010年，穆斯林兄弟会改变惯例，结束总训导师的终身任职；81岁穆罕默德·马赫迪·阿其夫宣布辞职，无意谋求新的6年任期，首开总训导师非终身制的先例。[310]鲜为外界熟知的穆罕默德·巴迪取代穆罕默德·马赫迪·阿其夫，当选穆斯林兄弟会第八任总训导师。66岁的穆罕默德·巴迪亚在任职时表示延续合法参与的政治传统，遵循“要参与，不要统治”的政治原则，避免跨越红线进而与穆巴拉克政府发生直接冲突。面对政府的高压和威胁，穆斯林兄弟会回避敏感的政治话题，偃旗息鼓，蓄势待发。[311]
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