墨西哥战争结束后，美国国内最终对于蓄奴制合法性以及地方与中央的权利划分的问题矛盾迅速升级和尖锐化。最终一切矛盾在1861年以战争的形式爆发，血腥的南北战争宣告开始。但是颇具讽刺意味的是，内战前夕美国海军陆战队最著名的一次行动是在日后南军著名将领罗伯特·李的指挥下，镇压旨在解放黑奴的所谓“约翰·布朗叛乱”。1859年10月19日，约翰·布朗以及其追随者占领了哈勃渡口的联邦军火库，美国政府紧急征召尚在休假中的李前往该地指挥当地的海军陆战队进行镇压。
1847年墨西哥战争期间，陆战队在墨西哥贝达克杜兹登陆
1847年墨西哥战争期间，陆战队在墨西哥贝达克杜兹登陆
南北战争中陆战队向菲舍尔要塞发起攻击
平息约翰·布朗叛乱
内战初始，北方联邦战争部部长斯格特制订了一个名为“水蟒”的宏伟计划，顾名思义，这个计划就是想通过北方的绝对海军优势封锁南方各个重要港口，像水蟒一样绞杀，困死南方邦联。这个计划不仅意味着需要动用大量海军，而且还需要一定数量的登陆部队进行岸上攻击，斯格特自然而然地希望陆战队能够担任这个任务。但是，海军陆战队时任总司令约翰·哈里斯上校却对此颇有保留，他觉得大兵团陆上作战应该是陆军扮演的角色，陆战队只需要负责海军船只和海岸要塞的安全即可。不过，北方联邦国会还是在1861年通过法案，授权战争部将海军陆战队扩充至3000人。在南北战争第一次大规模会战即第一次公牛跑战役中，约1个营的海军陆战队作为侦察兵力参战。不过此战中陆战队如同绝大多数北军一样最终从战场溃退，这也成为哈里斯反对斯格特设想的一大现实依据。所以在之后的战斗中，陆战队再没有参加过正规的陆上会战，而把将重点放在了两栖登陆。陆战队先后参加了对新奥尔良、菲舍尔要塞以及查尔斯顿的登陆攻击。陆战队通常作为先头部队引导陆军主力上岸。在整个内战期间，北方联邦海军陆战队一共阵亡148人，另有17人获得了国会荣誉勋章（Medal of Honor）。至于南方邦联，也在1861年3月建立了自己的海军陆战队。南方的海军陆战队相较于北方其规模小了很多，截至1864年一共只有539人。而双方在质量上也相差颇大，负责指挥南军陆战队的是一个对陆战队以及海军事宜一窍不通的前陆军少校劳艾德·比尔。战争期间，南方陆战队主要负责数个海军港口以及港内海军舰只的安全保卫。总体而言，其在整个战争中的作用颇为有限。(www.xing528.com)
1847年墨西哥战争期间，陆战队在墨西哥贝达克杜兹登陆
1847年墨西哥战争期间，陆战队在墨西哥海岸登陆
1847年墨西哥战争期间，陆战队在墨西哥海岸登陆
1847年墨西哥战争期间，陆战队在墨西哥海岸登陆
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