在调查清楚皇家海军的状况后，皇家海军调查委员会制定了重整皇家海军的一系列机制。皇家海军调查委员会将皇家海军每年的支出，包括常规和非常规两个部分的总和上限定在每年三万英镑，要求皇家海军将还能服役的军舰重新整修，同时建造新的军舰。以上这些工作必须在五年内完成。皇家海军调查委员会下令解雇超编的海军军官，提升海军军官的工资待遇。皇家海军调查委员会不仅制定出了明确的改革方案，而且计算出了执行改革方案需要的详细费用。根据皇家海军调查委员会的改革方案，皇家海军需要将军舰数量控制在三十艘内，但总吨位必须比伊丽莎白一世统治时的英格兰军舰总吨位多出三千零五十吨，这意味着军舰的外形必须增大，每艘军舰的吨位需要超过五百七十吨。到1624年，上述改革要求基本完成。
皇家海军的改革要求已经完成，接下来需要整顿的就是皇家海军的管理制度。很明显，诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德已经不再适合担任皇家海军上校。1619年，在得到丰厚的退休金后，诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德还从接任者白金汉公爵乔治·维利尔斯那里得到三千英镑的补偿金。皇家海军调查委员会对海军内部贩卖职位的风气十分不满。贩卖职位的风气已经持续很久，在高级别海军官员中尤为普遍。接任皇家海军上校职位的是正热衷炫耀的白金汉公爵乔治·维利尔斯。白金汉公爵乔治·维利尔斯是英格兰历史上是最受争议的历史人物之一。在白金汉公爵乔治·维利尔斯的管理下，皇家海军发展飞速。正是因为白金汉公爵乔治·维利尔斯亲力亲为，所以与约翰·科克爵士等兢兢业业的下属产生工作矛盾。皇家海军开始进行系统的、彻底的大变革。皇家海军财务主管、测量员、审计员和文书等人过往的办公场所都被禁止使用，皇家海军调查委员会的委员们开始负担起全部管理工作。
约翰·科克爵士
尽管皇家海军调查委员会魄力十足地整顿了皇家海军军队和管理层，但皇家海军内部监管缺位等问题并未彻底解决。在查理一世统治期间，皇家海军的不良风气甚至有卷土重来的迹象。詹姆斯一世十分重视皇家海军的发展，但斯图亚特王朝的君主都存在效率低下、好高骛远的通病，他们无法与议会和谐相处，很难得到议会的巨额拨款。因此，只能对手下因工资短缺而实施的贪腐行为视而不见。善于欺诈的皇家海军官员不仅暗中掠夺国王的钱财，还榨取手下士兵和水手可怜的薪酬和食物。在达特茅斯勋爵威廉·莱格和塞缪尔·佩皮斯进餐完毕后一同回家时，达特茅斯勋爵威廉·莱格曾经一针见血地向塞缪尔·佩皮斯指出斯图亚特王朝历代君主的性格缺陷。塞缪尔·佩皮斯在日记中写道：“达特茅斯勋爵威廉·莱格指出，国王殿下和约克公爵[5]虽然表现出善于发号施令和勉励手下遵守纪律的优点，但无法以身作则、为手下做出表率，导致手下官员人人自危。”斯图亚特王朝君主的上述特征在查理二世和詹姆斯二世身上体现得淋漓尽致。尽管查理二世和詹姆斯二世十分贤明，但他们统治下的皇家海军一直被贪得无厌的海军官员掌控，存在军需短缺和管理不善等问题。皇家海军中为查理二世和詹姆斯二世服役的水手，只能被海军官员尽情剥削，全部责任却被归到英格兰国王身上。(www.xing528.com)
塞缪尔·佩皮斯
达特茅斯勋爵威廉·莱格
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