西班牙无敌舰队开始撤退时，诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德命令亨利·西摩勋爵留在唐斯，与拿骚的贾斯汀努斯一起封锁帕尔马公爵亚历山大·法尔内塞控制下的港口。诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德率领英格兰军舰一路跟随西班牙无敌舰队抵达福斯湾，在途中没有下令攻击西班牙军舰，也许是因为皇家海军舰队军需短缺，也许诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德认为无须将西班牙人赶尽杀绝。抵达福斯湾后，诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德命令皇家海军舰队掉头撤退回到泰晤士河入海口。英格兰人仍然坚信帕尔马公爵亚历山大·法尔内塞会出面参战，甚至有些皇家海军将领害怕遭到西班牙无敌舰队的突然反攻。若干月后，西班牙无敌舰队最终战败的消息传播开来。西班牙无敌舰队一直向北行进，直到西班牙海军领航员建议梅迪纳·西多尼亚公爵阿隆索·佩雷斯·德古兹曼·索托马约尔向南方航行更加安全，西班牙无敌舰队的损失才逐渐降低。在与皇家海军舰队的战斗中，西班牙无敌舰队共损失九艘军舰。在返回西班牙王国的途中，西班牙海军舰队因海难又损失了五十四艘军舰。从苏格兰北部启程回国后，西班牙无敌舰队遭遇连续的狂风暴雨。由于缺乏领航员和海图，再加上航海能力有限，西班牙海军舰队无力抵御暴风雨的侵袭，十九艘军舰在苏格兰和爱尔兰海岸被风暴击碎。在伊丽莎白一世统治地区遭遇沉船的西班牙人均被皇家海军军官下令以残忍的手段赶尽杀绝。最终，仅剩一半西班牙军舰安全回国。在西班牙军舰上，由于坏血病迅速蔓延，最终抵达西班牙的港口的军舰基本变成了空船。再加上军需供给的匮乏，很多西班牙船员饿死，为数不多的几位西班牙指挥官最终幸存下来。阿隆索·德·莱瓦在“拉塔”号沉舰事故中丧生。米格尔·德·奥肯多虽然得以幸存，却在心力交瘁和战败的愧疚中离世。梅迪纳·西多尼亚公爵阿隆索·佩雷斯·德古兹曼·索托马约尔回到西班牙王国后，一直把自己关在房间里捂脸痛哭，他早已筋疲力尽、神情恍惚。梅迪纳·西多尼亚公爵阿隆索·佩雷斯·德古兹曼·索托马约尔离开西班牙时还是个意气风发的绅士，回国后就变成两鬓斑白的“老人”。迭戈·弗洛雷斯·德·瓦尔德斯继续担任西班牙无敌舰队的指挥官。
后世认为西班牙无敌舰队的失败影响深远，腓力二世的失败拯救了英格兰和全欧洲的新教教徒。虔诚的基督教教徒们认为，西班牙无敌舰队是因为没能得到上帝的保佑才失败的，现代理性人士和爱国人士自然不会接受此类说法，但西班牙无敌舰队的失败确实与自身的脆弱及指挥者的无能有关。除了在加来使用火攻船，皇家海军没有再次将梅迪纳·西多尼亚公爵阿隆索·佩雷斯·德古兹曼·索托马约尔逼入绝境。西班牙无敌舰队的失败完全是咎由自取。梅迪纳·西多尼亚公爵阿隆索·佩雷斯·德古兹曼·索托马约尔决定撤退时，虽然西班牙无敌舰队实力尚存，但西班牙人已经士气大伤，或许是因为西班牙士兵发现西班牙军舰并不适合海战，或许是因为西班牙士兵意识到梅迪纳·西多尼亚公爵阿隆索·佩雷斯·德古兹曼·索托马约尔毫无指挥才能。即使在西班牙海军舰队陷入危险境地时，诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德也不愿与西班牙人近距离战斗。有人猜测诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德之所以在福斯湾放走西班牙人，是因为诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德预见西班牙无敌舰队不久后会遭遇海难。但这种说法缺乏合理性。诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德根本无法预料到1588年8月下旬的海上风暴会如此剧烈，极端天气会导致西班牙无敌舰队损失惨烈。总而言之，最终西班牙无敌舰队入侵英格兰的行动失败。如果西班牙人事先改装军舰，或许还能减轻损失。在1588年入侵英格兰王国的行动中，上千名西班牙海员死于坏血病和饥饿，但这就是当时海上远征的普遍代价。皇家海军对福斯湾北部海域不熟悉，如果诺丁汉伯爵查尔斯·霍华德坚持追击西班牙无敌舰队，他率领的皇家海军军舰也将遭遇海难，虽然损失也许不会像西班牙无敌舰队那样惨重。海上风暴并不是造成西班牙无敌舰队在英吉利海峡败北的直接原因，但仍然是关键因素。(www.xing528.com)
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