并购重组是资本市场的重要功能之一，《中国并购法报告》（2007年卷—2010年卷）详细阐述了我国2006年到2009年中国企业并购包括上市公司并购的法律研究，并且概述总结了2006年到2009年理论界和实践方面的发展情况，总结了我国2006年到2009年证券市场并购法规以及经典案例、科研成果，以及历年并购重组研讨会的主要内容，具体内容不在本书赘述。有学者从实务案例出发对我国上市公司并购重组进行分类：向特定对象发行股份购买资产、资产置换、换股吸收合并和以现金收购股权四种类型。[95]这一时期，学界对于收购的探讨比较少，对于重组以及反收购的探讨比较多。
关于上市公司的收购方面，在2006年修订的《上市公司收购管理办法》更加强调市场化。有学者分析了该办法下的我国上市公司收购制度，认为我国上市公司收购制度包括要约收购、协议收购和股东权益变动三大块内容，而收购中关注的问题包括了要约收购中股东平等待遇、股东决策时间的保护、预售撤回权、按比例出让权、被收购公司董事会行为限制、收购主体的要求以及协议收购的客体等，并认为须划分协议和收购与要约收购，以便进行有针对性地监管。[96]而中国证监会2007年先后也颁布了《上市公司披露管理办法》《上市公司董事、监事和高级管理人员所持本公司股份及其变动管理规则》《限制证券买卖实施办法》《境外证券交易所驻华代表机构管理办法》《国有股东转让所持上市公司股份管理暂行办法》《上市公司非公开发行股票实施细则》《关于修改〈外资参股证券公司设立规则〉的决定》《证券公司设立子公司实行规定》等。特别引人注目的是《限制证券买卖实施办法》，根据该法内容，证监会在调查操纵证券市场、内幕交易等重大证券违法行为时，将对被调查事件当事人受限账户的证券买卖行为采取限制措施。[97]由此，我国上市公司收购规则逐渐完善。
上市公司重组方面，首先，2008年颁布的《上市公司重大资产重组管理办法》，旨在提高上市公司的成长性，明确要求交易定价要合理，补偿措施要到位；要求重组各方严格履行程序，确保重大的重组事项体系公平性；明确以非现金股份作为支付方式向特定对象收购资产；通过重组实现战略性整合；而且监管理念由事中审核备案制度调整为事后核准制，完善了监管制度，提高了透明度和监管效率，强化了对违法违规行为的惩处，维护市场秩序，切实保护上市公司和广大投资者的合法权益。[98]其次，《国务院关于促进企业兼并重组的意见》（国发[2010]27号）是在总结前一时期我国企业并购重组成效和问题的基础上，专门就企业并购重组出台的政策性文件。该文件明确提出要充分发挥资本市场推动企业重组的作用，促进加快转变经济发展方式和调整经济结构。(www.xing528.com)
2011年8月1日，证监会正式发布了《关于修改上市公司重大资产重组与配套融资相关规定的决定》（以下简称《决定》）及配套发布的《〈上市公司重大资产重组管理办法〉第13条、第43条的适用意见——证券期货法律适用意见12号》，主要内容包括三个方面：一是明确规定借壳上市的监管范围、监管条件和监管方式，规范、引导借壳上市；二是健全和完善了发行股份购买资产的制度规定；三是支持上市公司重大资产重组与配套融资同步操作，允许上市公司发行股份购买资产与通过定向发行股份募集配套资金同步操作，实现一次受理，一次核准，有利于上市公司拓宽兼并重组融资渠道，有利于减少并购重组审核环节，有利于提高并购重组的市场效率。但也存在如下问题，第一，法律层级低、存在法律空白、法律体系不完备、不协调。建议在《证券法》中增加上市公司并购重组估值定价的规定，并适当延长估值定价的基准期。加强独立董事、专业估值定价机构等第三方机构对定价的专业意见。第二，股东决议制度方面，在《公司法》中明确就对公司合并、分立等事项表决的股东大会出席股东代表股份总数的有效比例作出规定，在此基础上再对表决通过比例作出相应的调整。增加类别股东表决规定，要求社会公众股东和全体股东对吸收合并事项分别表决，同时获得2/3以上多数通过决议。第三，异议股东保护不足，建议赋予有关合并双方异议股东股份回购请求权，采用多种方法确定股份回购价格。第四，债权人保护制度有待完善。[99]还有学者分析了我国上市公司收购中的法律实务问题，指出了包括全国社会保障基金、证券投资基金、合格境外投资者、境外BVI公司等特殊机构投资者持股变动的信息披露和交易限制问题；投资者违规超比例增持或者减持上市公司股份没有及时履行报告、公告和要约豁免等其他相关义务的问题；指出了国有股协议转让中对上市公司实际控制人未发生变化的认定问题，以及实际控制人与控股股东之间的主体发生变更或者被注销要不要履行要约豁免和信息披露义务的问题。在上市公司重大资产重组方面，指出了我国上市公司重大资产重组的程序规定不明确的问题。[100]
这一时期外资并购来势汹涌，对于反收购的可行性和合法性，我国学界众说纷纭。有学者指出我国反收购法律制度存在的缺陷，包括：对目标公司的董事、监事、高级管理人员应承担的义务规定得不够全面；把反收购的决定权赋予目标公司的董事会不合我国国情；对目标公司董事、监事、高级管理人员没有尽法定义务的处罚太轻。建议立法导向上要维护股东利益，维护证券市场正常秩序，促进资源的合理流动和优化配置；也建议在具体立法上要明确反收购决定权的归属，明确目标公司管理层在反收购中的义务，包括忠实勤勉义务和信息披露义务，赋予目标公司股东起诉的权利，并完善相关的法律责任的规定。[101]反收购立法比较散乱，难以对反收购行为进行有效规制，造成了我国反收购实践比较混乱。表现为反收购决定权归属尚未明确、未明确董事会的反收购权限、反收购措施的判断标准缺乏。[102]建议：第一，完善公司反收购的基本准则；第二，行政监管应当适度；第三，司法介入应当慎重。[103]
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