分税制作为一种被广泛采用的财政管理体制，对市场经济的发展起到了关键作用。我国自1994年实施分税制以来，初步明确了中央与地方财政关系，国民经济平稳快速发展，财政收入稳步提升。但同时，在新形势下也产生诸多新问题，具体表现为：（1）政府之间事权与财权的权划分不清。1994年的分税制改革主要着眼于调整中央和省级政府间的财政分配关系，但并未明确省以下各级地方政府之间的财政关系。省以下各级政府的事权、财权是不确定的。因此，目前我国缺乏能够明确规定中央与地方分工的相关法律，各级政府间事权界定不清，造成部分财政支出责任不清，相互推诿。在此情况下，对财权的划分就更加难以做到与事权相匹配，造成了各级政府间的矛盾。且财政收入多集中于中央，而地方财权小而事权重，难以保证政府职能的正常履行，这就造成我国地方政府财政困难的主要原因。（2）转移支付制度不规范。首先，目前财政转移支付种类过多，形式过于繁杂，难以实现纵向和横向均衡；且存在资金双向流动，不便进行规范化管理。其次，转移支付结构不尽合理，弱化了公共财政均等化的首要目标，却保留了旧体制中的不合理因素，保护了既得利益。再次，转移支付的透明度不高，数额的确定缺乏科学依据，带有很大的随意性，激励了地方政府的“寻租”行为。[57]（3）财政资金缺乏有效的监督机制。财政资金的支出和使用缺乏有效的监督，导致截留、占用、挪用、浪费财政资金现象大量存在，资金的使用效率比较低。
针对上述的种种问题，如何深化分税制改革引发了理论界的高度关注，学者们提出自己的见解和策略，例如有的学者从事权与财权的合理配置出发，认为事权与财权应该适度统一[58]，并赋予事权与财权统一理念新的内涵，强调需要对转移支付制度的功能进行合理定位。转移支付制度是事权、财权配置中的必需安排，也是对事权、财权不匹配状况的矫正安排。事权与财权的统一应有法律保障，这种保障在宪法、财政法的规范中都应有所体现[59]。有的学者指出进一步的改革需要在对已有制度的效率做出判断的基础之上进行，认为构建省以下政府主体税种，[60]完善省以下的财政管理体制成为考验中国财政体制改革的关节点。[61]另外也有学者针对地方债务问题，认为应创新我国财政体制，在中央、省、市（县）三级财政管理级次下明确界定和合理划分各级政府的事权和财权以及相应的财政收支范围，建立规范化的转移支付制度，最终保障各级政府行使职能的资金需要。[62]朱大旗也持类似的观点，认为应简化我国的财政级次，修订《预算法》中五级预算制的规定，结合当前一些地方进行的“省直管县”和“乡财县管”模式的改革实践，探索建立“中央—省—市县”三级财政管理体制。[63](www.xing528.com)
此外，有学者从宪政的视角出发，认为深化分税制改革必须与我国社会主义宪政国家建设结合起来，坚持中央地方之间财政关系的立宪性是根本举措，坚持适度的财政分权是关键环节，遵循税收法定与预算法定是制度保障。[64]
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