1911年8月20日，黄万里出生在上海的一个名门世家。他的父亲黄炎培是清末的举人，也是著名的爱国民主人士，早年加入同盟会，有着刚正不阿的品性，这种品性后来也传给了黄万里。
1932年，黄万里以优异的成绩从唐山交通大学毕业，他学的是铁路桥梁工程。毕业之后，他在江杭铁路工地上为工程师做助手。如果不是席卷中国南北的两场大洪水，出身名门却很低调的黄万里，可能就会专心做一名铁路桥梁工程师。然而，1931年长江、汉水泛滥，仅湖北省云梦县一个地方，就有7 万条生命被洪水吞噬；1933年，黄河水灾，大堤决口十几处，人财物的损失无法估量。
这两场洪水的肆虐，激发了许多青年学习水利知识的决心。当时，唐山交通大学的毕业生中有三人放弃了铁路桥梁工程师的职位，计划出国学习水利，22 岁的黄万里就是其一。1934年年初，黄万里赴美国留学，从天文、地质、气象、气候等基础学科学起，先后取得了康奈尔大学硕士学位、伊利诺大学博士学位。
1937年，黄万里学成归来。当时，国内有好几所大学邀请他去任教，他都一一婉拒了，理由就是自己考取的是公费留学，花的是老百姓的钱，所以要亲身参与中国的水利事业，不能辜负百姓。
就这样，黄万里成为四川省水利局的一名工程师，继任涪江航道工程处处长，开始了长江上游干支流之间的行走。从1938年到1943年，他和属下先后6 次长途考察，培养了40 多名工程师。他从长江走到黄河，因对黄河之水、黄河之沙的独特理解，他的生命就跟九曲黄河连在一起，不可分割了。自此，他就走上了治水之路。
1949年后，黄万里在清华大学水利系任教。他当年的助教回忆说，黄万里先生最大的特点就是为人耿直、敢说敢言，无论什么时候，在什么人面前，都是照说不误。他的这种性格，在对三门峡工程的意见中，得到了充分的体现。
20世纪50年代初，中国请苏联拟定一个在黄河下游兴修水利工程的计划。1955年，原列宁格勒设计院拿出了他们的设计方案。不过，由于苏联境内少有泥沙量大的河流，因此他们的专家对于泥沙河流的治理经验并不完善，他们给出的方案整体思路就是蓄水拦沙，要在黄河干流建造46 个水坝，三门峡大坝只是其中之一。
1957年6月，周总理召集水利部70 多位学者和工程师在北京召开会议，对苏联专家给出的方案进行商讨。在这次会议中，除了一位叫温善章的人提出改修低坝以外，其他人都表示赞同，只有黄万里一个人从根本上否定了苏联专家的方案。(www.xing528.com)
黄万里认为，三门峡水利枢纽工程是建立在一个错误设计思想基础上的工程，违背了“水流必须按趋向挟带一定泥沙”的科学原理。如果修建拦河高坝，泥沙就会在水库的上游淤积，导致黄河上游的水位逐年增高，堵住渭河的出口，把黄河在河南下游的灾难搬到上游陕西。他还认为，“黄河清”只是一个虚幻的理想，在科学上难以实现。在七天的研讨会上，黄万里据理力争，和“高坝派”一直辩论，最后整个会议竟成了以他为焦点的批判会。
1960年9月，三门峡工程建成。可就在建成的第二年，黄万里的预言就不幸被言中，大坝内泥沙多达16 亿吨，淤积严重。第三年，潼关河床淤高4.6 米，渭水河口形成拦门沙，导致渭河航运窒息，渭河平原地下水位上升，土地盐碱化不可避免，两岸百姓生计受到影响。
三门峡水利枢纽改建势在必行，1964年，在黄河两岸凿挖两条隧洞，铺设四条管道，泄水排沙，同时，8台发电机组炸掉4台，剩余4台每台机组发电量5万千瓦，共20 万千瓦，只是原设计发电量120 万千瓦的零头。一次改建不行，又开始二次改建。相关资料显示，三门峡水利枢纽工程，1964年动工改建，1973年12月改建才最后完工。
黄万里强调，自己反对修三门峡水库是出于科学的良知，他说“如果我不懂水利，我可以对一些错误做法不做任何评论，别人对我无可指责。但我确实是学这一行的，而且搞了一辈子水利，我不说真话，就是犯罪。治理江河涉及的可都是人命关天、子孙万代的大事。”
2001年8月8日，在黄万里去世的前几天，他依然念念不忘长江的洪水，并留下这样的遗嘱：治河原是国家大事，“蓄”、“拦”、“疏”及“挖”四策中，各段仍以堤防“拦”为主。汉口段力求堤固，堤临水面宜打钢板椿，背水面宜砌石，以策万全。盼注意，注意。万里遗嘱，2001年8月8日。
无论是科学的或行政的决策，都应当允许甚至鼓励质疑和反对的声音存在。质疑的存在，往往会给设计者和决策者提供一个全新审视事物的角度，发现可能被忽略的问题。质疑者的初衷，自然也是为了追求真理，让一件事物更加安全合理。
没有一种建设会百密而无一疏，没有一项工程有百利而无一弊。但是，像黄万里这种敢于质疑、敢于提出反对意见的科学精神，却是不容置疑的。无论走到哪里、做什么事情，我们都需要这样的精神和态度。
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