在实践中，若有限责任公司需要实行较为广泛的股权激励机制，股东人数超过50人的，一般采用间接持股的股权激励方式，即享有股权激励权益的员工不直接以有限责任公司的股东身份持股，而是间接地通过其他载体持有股权并享有股权权益。在实践中通常有以下几种方式：
1.设立专门的员工持股公司
有限责任工作在进行大规模的员工持股计划时，可以考虑由参与股权激励的员工设立有限责任公司，专门用于持有和管理员工股权。这一模式的优点为目标公司的股权较为集中，避免股权分散带来的股东会等决策的效率低下，但设立专门公司间接持股也不得不考虑双重征税问题，持股成本较高。
在早期，中国证监会对存在通过设立有限责任公司（壳公司）持股的IPO申请的审核中，有限责任公司视同为一个股东。然而，根据目前中国证监会的发行审核标准，对于在发行人股东及其以上层次套多家公司或单纯以持股为目的设立的公司（壳公司），壳公司不再视同为一个股东，一直要追溯到壳公司后面的自然人股东，且自然人股东人数应合并计算。[3]深圳市2001年1月11日发布了《深圳市公司内部员工持股规定》，允许员工以持股公司名义间接持有目标公司的股份。员工可以通过持股公司间接办理工商登记。此外，江苏、上海等地方也出台了相类似的规定。
2.以职工持股会或工会名义持股
职工持股会是公司员工共同设立，代公司员工持有和管理公司股份，并在员工的授权范围内代理行使股东权利并履行股东义务的组织。随着民政部门不再办理职工持股会的社团法人登记，[4]2000年12月11日，中国证监会也暂不受理工会作为股东或发起人的公司公开发行股票的申请。[5]在司法实践中一般的有限责任公司亦更难通过职工持股会或工会的名义进行持股。
（1）委托持股
委托持股是指，实际股东通过约定的方式，以他人名义代为持有公司股份，并代理行使股东权利和履行股东义务。相比较前述两种方式，委托持股方式成本较低，操作简便，在实践中多通过员工代表持股方式进行，即委托某一自然人高管代为持有员工股权激励对象的股权。(www.xing528.com)
在代为持有股权过程中，如何保证隐名股东的股东权利问题亦存在问题，一方面，委托一般为单方法律行为，具有极大不稳定性；另一方面，受托人如亦为公司股东则难免存在利益冲突问题。
进一步的，委托持股亦存在不能对抗第三人的问题，如受托人擅自处理代持股权，委托人往往主张股权转让或质押无效较难得到支持，如受托人在婚姻存续期限内代为持股的，离婚时也较易引发财产分割的纠纷。在实践中亦有大量股东提出股东资格确认之诉及撤销股东会决议之诉以及离婚诉讼。
（2）信托持股
在实践中，亦有考虑信托方式进行持股，信托持股是指员工将本公司股份委托给信托公司管理和运作，股份登记在信托机构名义之下，由信托机构按委托人的意愿进行管理或者处分，委托人享有股票的收益权。
信托制相较而言较为规范，然而，根据《信托公司集合资金信托计划管理办法》等规范的出台，对合格投资者设立了较高的门槛，合格投资者必须满足如下条件之一：“（一）投资一个信托计划的最低金额不少于100万元人民币的自然人、法人或者依法成立的其他组织；（二）个人或家庭金融资产总计在其认购时超过100万元人民币，且能提供相关财产证明的自然人；（三）个人收入在最近3年内每年收入超过20万元人民币或者夫妻双方合计收入在最近3年内每年收入超过30万元人民币，且能提供相关收入证明的自然人。”然而，股权激励计划的对象员工通常无法达到前述门槛，也给选择这个模式持股设置了无法逾越的障碍。
综上所述，由于《公司法》对股东人数的限制，导致有限责任公司在股权激励时只能间接持股，而这些间接持股的方式均存在一些法律上的障碍或法律风险，相应地成本也较高。
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