问题主要存在于以下三个方面：
1.主动公开与依申请公开信息的区分
《条例》对主动公开、依申请公开和不予公开这三类信息作了原则性规定，但实践中仍存在模糊认识，在一定程度上影响了目录编制和总体政府信息公开工作。目前矛盾的焦点在于主动公开与依申请公开信息的区分上，认识较为混乱。根据课题组对国家部委相关规定的整理来看，目前主要有三种情形：
第一种是将依申请信息严格界定为申请人的自身信息。如国家人口计生委《人口和计划生育技术服务机构信息公开办法（试行）》（人口厅发［2009］3号）第七条规定除主动公开的信息以外，申请人可以申请人口和计划生育技术服务机构向其提供“与自身有关”的信息。文化部《政府信息公开实施办法（试行）》（文办发［2008］23号）第十条规定“依申请公开是指对于只涉及特定主体权利义务，且不涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的政府信息，可以依申请向申请人公开”。上述规定显得过于狭窄，不符合《条例》精神。从《条例》第九条至第十二条有关主动公开，第十三条有关依申请公开的规定，以及第二十五条有关税费缴纳、社会保障、医疗卫生等自身信息的规定来看，并不能得出依申请公开的信息仅限于申请人自身信息的结论。
第二种是将主动公开之外的信息，包括应当主动公开但条件尚未成熟的均列为依申请公开信息。如交通运输部《施行〈政府信息公开条例〉办法》（交办发［2008］13号）第十一条规定，申请人可以根据自身生产、生活、科研等特殊需要，申请获取本办法第十条[18]以外的其他相关政府交通运输信息。
第三种是不区分主动公开与依申请公开信息。如环保部《环境信息公开办法（试行）》（2007年4月11日环保部令第35号）第五条规定，公民、法人或其他组织可以向环保部门申请获取政府环境信息。这种不加区分的做法似乎也与《条例》精神和规定不符。而且，如果不区分主动公开和依申请公开，实践中会出现行政机关逃避主动公开义务，而放到依申请公开的情形。
课题组认为，在主动公开信息与依申请公开信息的区分上，应当采取以下做法：
首先，在内容上采用排除法则，在尽可能明确主动公开、不予公开的信息范围的前提下，将其余信息均纳入依申请公开信息范围。
其次，在公开方式和程序上，无论是主动公开，还是依申请公开，公民、法人或者其他组织均可通过依申请的方式向行政机关获取。
最后，对于上述三类信息的区分，应当是一种动态过程，而不宜在《条例》中作细化规定。从目前实际出发，应在坚持“主动公开为主、依申请公开为辅”的原则下，交由行政机关根据实际情况自行判断，并通过编制目录的方式加以规范。
2.政府信息公开目录的分类(www.xing528.com)
从应然性讲，政府信息的公开目录应当包括主动公开、依申请公开和不予公开等三类目录。但《条例》第十九条对此并未明确，仅提到应当分类。《规定》第十五条第一款则明确行政机关应当编制主动公开目录和依申请公开目录。实践中，上海还要求有条件的单位应当结合实际编制不予公开的政府信息目录，内部掌握，同时作为上级机关监督和考核的依据。
从国外情况来看，在目录编制上也没有统一做法。从课题组整理的情况来看，大致有以下三种类型：一是编制（包括公布）的文件目录仅限于可以主动公开的信息。如英国2000年《信息自由法》第十九条规定公共机构必须编制所掌握信息的公开目录，列明其公开或者准备公开的具体信息种类，报信息专员批准，并以适当方式对社会公布。二是笼统规定政府机构的目录编制义务。如瑞典1981年《秘密法》第十五章规定，除了新闻剪辑等四类情形以外，所有公共机构必须登记其接收或起草的所有文件。三是明确规定政府机构必须编制保密文件目录。阿塞拜疆2005年《获取政府信息权利法》最为超前，第二十九条不仅要求编制保密文件的目录，并且该目录还应当主动公开；第十二条要求公共机构必须对自己掌握的重要文件进行电子注册（会计凭证、问候、通信以及备忘录等不在此限），除了文件本身以外，获取方式、文件类型以及对公开的限制等，均应记录。综上，在政府信息的目录分类上，课题组倾向于所有行政机关均应当编制主动公开目录和依申请目录，有条件的行政机关可以编制不予公开目录。主要考虑有：
首先，区分主动公开目录和依申请公开目录是《条例》应有之义。《条例》第九条至第十二条明确了主动公开的范围，符合这些规定的政府信息自然应编入主动公开目录；第十三条对依申请公开作了规定，在此情况下，要求行政机关编制依申请公开目录，方便申请人按图索骥，无疑将从根本上有助于规范政府信息公开行为、保障当事人的知情权。
其次，对编制不予公开目录不作硬性规定，而由各地区、各单位具体掌握，以符合实际。
3.主动公开、依申请公开和不予公开目录的转换问题
这涉及两方面问题：首先，是否应当要求行政机关定期对不予公开目录中的信息进行审查和评估，并通过解密等方式及时将一部分符合公开条件的信息纳入公开目录。从最大化公开的角度出发，这显然符合政府信息公开制度的宗旨，应当肯定。
其次，对本来属于依申请公开的信息，基于申请人众多，需要社会公众广泛知晓，是否要求行政机关将之调整到主动公开目录中；反之，对法定属于主动公开的信息，因条件不具备或者维护社会稳定等正当考虑，而放到依申请公开目录中。前一种做法符合《条例》以主动公开为主的精神，应予提倡和支持。国办《5号意见》第五点对此也作了规定，[19]确立了依申请公开向主动公开的转换机制。
问题的关键在于后一种做法，涉及行政机关不履行主动公开义务，是否应当承担法律责任的问题，目前存在一定争议。
根据本课题上述第四部分的研究，行政机关未履行主动公开义务时，不应一律追究责任，而应通过监督检查，要求其及时向社会公布，同时，也应要求其编制主动公开目录和依申请公开目录，报送上级主管部门，并接受社会监督。正如英国政府信息公开专家Toby Mendel先生所言，要想让知情权真正发挥作用，光靠公共机构满足公民的公开申请是远远不够的，更重要的是，即便没有人申请，公共机构也要主动公开其掌握的关键信息。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
