在小玛丽窘迫不堪的时候，伊丽莎白故意带了个小盒子，里面装着小玛丽的画像；小玛丽逃亡英格兰后，接踵而至的便是接连不断的麻烦。伊丽莎白不想让别人误解，她在苏格兰内战中大力扶持小玛丽，她首先想到的是把小玛丽送回苏格兰。如今苏格兰当政的清教徒可不希望小玛丽再回去，伊丽莎白认为这些人应该和她站在同一条战壕里，特别是法兰西如打算乘苏格兰内乱而进攻之时。
这时，伊丽莎白被小玛丽缠住无法摆脱，内心生出矛盾的情绪。一方面小玛丽这回真把自己推进了火坑，她太轻率了，而这种轻率、鲁莽是她伊丽莎白一生都避之不及的；另一方面，她是真同情这个年轻的女人，困境中的小玛丽向伊丽莎白乞求母亲般的、出自于亲人般本能的庇护。小玛丽打出的这张亲情牌聪明至极；1568年被囚禁在苏格兰的时候，她写了一首十四行诗[2]给伊丽莎白女王，诗里这样写道：
“因此，亲爱的姐姐，这封信满载着
我急于见到您的殷切盼望，
悲苦便将是我的宿命，
除非我的等待能让我如愿以偿。”
伊丽莎白不会见小玛丽，可能是怕这个声名赫赫的女人会让自己动摇信心，做出违背自己利益的事情。相反，她决定把小玛丽关在条件还不错的博尔顿城堡，后来转到谢菲尔德城堡，直到自己想明白怎样处置小玛丽为止。(www.xing528.com)
这让伊丽莎白顿感自责，她被自己以及小玛丽困住；另外，事情可能会比预想的更麻烦，伊丽莎白的下臣要求审判谋杀亲夫的小玛丽。1568年末对小玛丽的一场审讯牵出了一个首饰盒——一个银质的首饰盒里装的貌似是小玛丽的亲笔信，这让人不得不怀疑小玛丽与达恩利的死有关。但讯问方最后得出的结论是：没有足够的证据证明小玛丽是有罪的。其实结果并不出人意料，唯一的结论就是，这些都不过是为了取悦伊丽莎白而已。
不管怎么样，伊丽莎白不是想放人就能放的，因此这种斯文的囚禁一直持续了19年。在这期间，小玛丽一直在写信请求见伊丽莎白一面(“我要对你敞开心扉，把内心的秘密告诉你”)。小玛丽还悄悄地写信给西班牙国王腓力二世，说如果愿意帮助她出逃，“3个月之内，英格兰的皇位便如我的囊中之物。”
小玛丽以为自己很容易地就能将这么受欢迎的女王取代，这恰恰证明了她有多么异想天开。一个最明显的原因是她身陷城堡，不允许她踏出一步，也不允许外面的人与之接近。由于一直处在什鲁斯伯里伯爵夫人的监视下，小玛丽大部分的时间都在做绣品。她把一些密语和一些笑话绣了进去，比如她绣了一只橘色的花斑猫戴着皇冠，威胁着一只老鼠。
与此同时，小玛丽几乎立刻就成为了焦点。罢免、甚至刺杀她表姐的阴谋似乎都与她脱不了干系。第一次是1569年的北方叛乱。诺森伯兰郡、威斯特摩兰郡的伯爵们举兵营救小玛丽，势在必得。接下来的是1571年的里多菲阴谋。一位意大利的银行家联合天主教诺福克公爵、西班牙腓力二世，企图把小玛丽嫁给诺福克公爵，为的是二人一起统治英格兰。他们的阴谋也没有得逞，主谋被处死，导致教皇开除了伊丽莎白的教籍。
随着时间的流逝，阴谋迭起，小玛丽被看得更紧了。最后在1585年1月她被转到了都铎荒凉的大本营——塔特伯里城堡，看管她的不再是和善的什鲁斯伯里(和所有的男人一样，他也深深地爱上了小玛丽)，而是埃米亚斯·波利特。此人是个极端的清教分子，不易为小玛丽的美色所动。伊丽莎白还安排了能与当今世界克格勃或美国中情局相匹敌的间谍、智囊团的首领弗朗西斯，拦截小玛丽的信件并拆封阅读。这样，伊丽莎白和她的谋臣们才得知了巴宾顿阴谋。
在当时众多的天主教徒中，有一个年轻人被小玛丽女王(她当时已有42岁)多舛的故事所打动，对她深表同情。这个24岁的年轻人安东尼·巴宾顿，决定派出6个人刺杀伊丽莎白，同时安排100名同党解救小玛丽。这个年轻人愚蠢地写信告知小玛丽自己的计划。更愚蠢的是，没有意识到有间谍搞破坏的小玛丽给安东尼还回了信，说需要国外的资金援助，还说自己美好的祝愿会伴随安东尼和他的杀手们。
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