拒绝了伊丽莎白的提议，小玛丽着手为自己安排了一场以悲剧告终的婚姻，此后麻烦接踵而至。她出人意料地嫁给了达恩利勋爵亨利·斯图亚特。他英俊潇洒、野心勃勃，但算不得上一个聪明人。他是小玛丽的第一个表弟，也觊觎着英格兰皇位。和他结婚是因为小玛丽深深地迷恋着他(小玛丽在自制力上和表姐伊丽莎白有着天壤之别)，但二人之间的婚姻却是个彻底的错误：对小玛丽来说，亨利就是个噩梦。他除了奢求更多的权力以外，一无是处。即使当小玛丽怀孕的时候，还对小玛丽大打出手，希望她流产!
亨利虽没能得逞，但随后却查出了小玛丽与她的朋友、知己、秘书大卫·里乔有瓜葛。勋爵带着大批的同党闯进了小玛丽的内室，把惊恐万分的里乔拖了出来(里乔当时躲在了小玛丽裙子后面)，用乱箭将他射死。里乔身中50多箭，被丢在了那里，这一切的发生都证明了：小玛丽和里乔通奸。
小玛丽和勋爵看起来是和解了，但是儿子——未来的詹姆斯六世出生不久，1566年年末，勋爵的家就被炸得四分五裂。当市民跑到现场时，发现勋爵已经断气，躺在离家15米(50英尺)远的地方，但不是被炸死的，而是被扼窒息而死。旁边是一具仆人的尸体。(www.xing528.com)
人们立时对小玛丽和詹姆斯·赫伯恩骂声一片。赫伯恩是波斯维尔的伯爵，也是小玛丽的第三任丈夫。小玛丽可能一直都没弄清楚亨利是如何被谋害的，也没有下令查明个中原委。但大多数历史学家相信，小玛丽对于此阴谋心里是有数的，却没有采取任何措施进行阻止。但是小玛丽犯的更为严重的一个错误，便是在亨利死后3个月就和波斯维尔伯爵结婚。这看起来像是小玛丽和波斯维尔一起谋害了达恩利。苏格兰3000名清教徒的一位首领在1567年6月举兵反抗小玛丽，生擒了小玛丽(波斯维尔逃到了挪威，被囚禁之后精神失常，死在牢里)，逼她退位，把皇位传给只有10个月大的詹姆斯。小玛丽被囚在爱丁堡的监狱，后又转到列文湖城堡，在那里，波斯维尔的双胞胎儿子不幸流产。
但小玛丽的长篇故事远远没有结束。1568年5月，在一个年轻崇拜者的帮助下，小玛丽逃出了列文湖，然后举兵讨伐囚禁她的苏格兰勋爵们。她被打败之后，奔逃了90英里(140多公里)，身边只剩下了少数追随者，直到渡过了索尔威湾到达英格兰。接下来她写信给表姐：“您是女王，高高在上，我恳求你快来把我接走吧，我现在境况非常窘迫。”
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