亨利花了3年的时间想要把国家的一切整理地井井有条。许多年前，征服者威廉把英格兰的司法体系分为了非宗教和宗教：圣职人员——执事、僧侣、牧师这些人只能在宗教法庭受审，宗教法庭早就因为徇私枉法而臭名昭著了(根据法律规定，宗教法庭不允许对犯人处以极刑)。表面上这就给了那些圣职人员杀人的权力。亨利发现，在他短短任期内不下一百起谋杀案竟都是出自这些圣职人员之手。(由此而产生了一个特殊的强盗阶层，他们假扮圣职人员随意抢掠，自称由宗教法庭赦免。)
亨利坚持圣职人员应在非宗教法庭受审。这一想法是合理的，他也希望贝克特能支持他。毫无疑问贝克特也意识到宗教法庭惩治罪恶的不力，他也知道国王早知此事，亨利很快就会大刀阔斧地进行改革。所以在1163年的10月，当亨利要求贝克特和他的主教们发誓不管做任何事情都要忠于自己时，贝克特坚持保留教会的特权作为条件，这下激怒了亨利。
两人的矛盾开始迅速激化。亨利没收了贝克特最好的两处房产；贝克特利用自己的职权拒绝亨利的弟弟结婚，以此来还击亨利。他还不嫌麻烦地去包庇那些拦路抢劫、搞谋杀的圣职人员，或自称为圣职人员的人。结果，1164年的1月，在克拉伦登的一次会议上，亨利下令起草了“十六条”，也就是后来人们所知的《克拉伦登宪章》。其中第三条就包括了对圣职人员的民事审判。
尝到了国王的厉害，贝克特开始犹豫了。起先他反对这个宪章，还指使他的主教们也照他的做。当国王像咆哮的狮子一样怒吼，甚至拿剑指着他的主教们来威胁他时，贝克特霎时就变得温顺了。他不会签这个宪章，但私下里却同意遵守。之后，亚历山大教皇看到一份宪章的复印件，同意协助贝克特，这让贝克特后悔不已，当初怎么就妥协了呢?(www.xing528.com)
贝克特又改了主意，不过对亨利来说时间已经足够了。他决定罢免贝克特大主教一职，这一决定得到了贝克特许多主教们的支持，他们觉得贝克特倔强、意志不坚定，有损于这个职位的尊严。
1164年11月，亨利在议会上控告贝克特藐视君主、在任枢密大臣期间盗用公款。贝克特带着主教的十字架来到庭上，声称自己是为了保护教堂。亨利对此坐视不理，坚决要求法庭裁决贝克特。他拒绝等待这迟早要来的裁决，只是走出了法庭，走向了高声呼喊着“叛徒”的人群。
当晚，贝克特假扮僧侣，逃出了英格兰，最后逃到了路易七世当权的法国。直到5年之后他才再次回到英格兰。
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